Il s'agit de la commande giira qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
giira - Identification des gènes incorporant des données RNA-Seq et des lectures ambiguës
SYNOPSIS
giira -iG génomeFichier.fasta -aller rnaFile.fastq -libChemin
DESCRIPTION
GIIRA (Gene Identification Incorporating RNA-Seq data and Ambiguous reads) est une méthode pour
identifier des régions génétiques potentielles dans un génome sur la base d'une cartographie RNA-Seq et intégrant
lectures mappées de manière ambiguë.
OPTIONS
-h : texte d'aide et sortie
-iG [pathToGenomes] : spécifiez le chemin d'accès au répertoire avec les fichiers de génome au format fasta
-aller [pathToRna] : spécifiez le chemin d'accès au répertoire avec les fichiers de lecture rna au format fastq
-scripts [absolutePath] : spécifiez le chemin absolu vers le répertoire contenant le
scripts d'aide requis, PAR DÉFAUT : répertoire de GIIRA.jar
-en dehors [pathToResults] : spécifiez le répertoire qui doit contenir les fichiers de résultats
-outName [outputName] : spécifiez le nom souhaité pour les fichiers de sortie, DEFAULT : genes
-avoirSam [samfileName] : si un fichier sam existe déjà, fournissez le nom, sinon un mappage est
effectué. REMARQUE : le fichier sam doit être trié en fonction des noms de lecture !
-NT [numberThreads] : spécifiez le nombre maximal de threads autorisés à être utilisés,
PAR DÉFAUT : 1
-mT [tophat/bwa/bwasw] : spécifiez l'outil souhaité pour le mappage de lecture, DEFAULT : tophat
-mem [int] : spécifiez la quantité de mémoire que cplex est autorisé à utiliser
-maxReportedHits [int] : si vous utilisez BWA comme outil de cartographie, spécifiez le nombre maximal de
hits signalés, PAR DÉFAUT : 2
-procaryote : si spécifié, le génome est traité comme procaryote, aucune lecture épissée n'est
acceptés et les gènes de structure sont résolus. PAR DÉFAUT : n
-minCov [double] : préciser la couverture minimale requise de l'extraction du gène candidat,
DÉFAUT: -1 (est estimé à partir de la cartographie)
-maxCov [double] : seuil de couverture maximale facultatif, peut également être estimé à partir de la cartographie
(DÉFAUT)
-endCov [double] : si la couverture tombe en dessous de cette valeur, le candidat actuellement ouvert
le gène est fermé. Cette valeur peut être estimée à partir de la couverture minimale (-1);
DÉFAUT: -1
-dispCov [0/1] : estimer (1) l'histogramme de couverture pour le mappage de lecture, DEFAULT : 0
-intervalle [int] : spécifie la taille minimale d'un intervalle entre les gènes candidats proches, si
"-1" correspond à la longueur de lecture. DÉFAUT: -1
-splLim [double] : spécifiez la couverture minimale requise pour accepter un site de raccordement,
si (-1) le seuil est égal à minCov, DEFAULT : -1
-rL [int] : spécifie la longueur de lecture, sinon cette information est extraite du fichier SAM
(DÉFAUT)
-samForSequential [pathToSamFile] : si l'on souhaite analyser des chromosomes dans un
manière séquentielle, fournir un fichier SAM trié par chromosome en plus de celui
trié par noms de lecture, DEFAULT : noSequential
-noAmbiOpti : si spécifié, les résultats ambigus ne sont pas inclus dans l'analyse
-settingMapper [(liste de paramètres)] : Une liste séparée par des virgules des paramètres souhaités
pour TopHat ou BWA. Veuillez fournir
pour chaque paramètre une paire d'indicateur et de valeur, séparés par un signe d'égalité.
A noter que les paramètres destinés aux 3 parties différentes (indexation, aln, sam) de BWA
doivent être séparés par une barre minuscule
Mise en situation : -settingMapper [-a=est_-t=5,-N_-n=5]
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