Il s'agit de la commande glam2-purge qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
glam2-purge - Supprime les séquences redondantes d'un fichier FASTA
SYNOPSIS
glam2-purge filet But [Options]
DESCRIPTION
glam2-purge est une version modifiée de Andrew Neuwald's purge programme qui supprime la redondance
séquences d'un fichier FASTA. Ceci est recommandé afin d'éviter des
séquences déformant la recherche de motifs. La purge fonctionne avec l'ADN ou la protéine
séquences et crée un fichier de sortie tel que deux séquences n'ont pas de local (sans espace)
score d'alignement supérieur à un seuil spécifié par l'utilisateur. Le fichier de sortie est nommé
. . Le score d'alignement est basé sur la matrice BLOSUM62 pour les protéines, et sur un
Schéma de notation +5/-1 pour l'ADN. La purge peut également être utilisée pour masquer les répétitions en tandem. Il utilise le
programme XNU à cet effet.
OPTIONS
-n
Les séquences sont de l'ADN (par défaut : protéine).
-b
Utilisez la méthode heuristique de souffle (par défaut pour les protéines).
-e
Utiliser une méthode exhaustive (par défaut pour l'ADN).
-q
Gardez la première séquence dans l'ensemble.
-x
Utilisez xnu pour masquer les répétitions en tandem des protéines.
Utilisez glam2-purge en ligne en utilisant les services onworks.net
