Il s'agit de la commande gmod_make_gff_from_dbxref.plp qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gmod_make_gff_from_dbxref.pl - un outil pour créer un fichier gff3 à partir d'une liste de dbxrefs et
fichiers fasta.
SYNOPSIS
% gmod_make_gff_from_dbxref.pl --fasta_dir --tmp_dir \
<dbxref_list
LIGNE DE COMMANDE OPTIONS
--fasta_dir Répertoire contenant les fichiers fasta (obligatoire)
--tmp_dir Répertoire temporaire (par défaut : / Tmp)
--type SO terme à utiliser pour les fonctionnalités créées (par défaut : région)
--source Colonne 2 du fichier GFF (par défaut : .)
DESCRIPTION
Cet outil prend une liste d'identifiants et d'accessions de base de données séparés par des tabulations sur la ligne de commande
(comme gmod_extract_dbxref_from_gff.pl produirait) avec un répertoire contenant
fasta et crée un fichier GFF. Le script essaie plusieurs options pour identifier le
adhésion dans la ligne de description fasta. Ce sont les types de choses qu'il
essaie:
>mi|5419616|mn|TC130707|
pour obtenir TC130707
>gi|34072055|fr|CG180994.1|CG180994
pour obtenir CG180994.1
>mi|12821100|mn|2_11498(1330441)|
pour obtenir 2_11498.
> 123456
pour obtenir 123456 (c'est-à-dire toute la ligne, qui est le dernier recours).
Si vous avez une ligne de description différente de celle-ci et que vous souhaitez de l'aide pour modifier
ce script pour travailler avec vos données, veuillez envoyer un e-mail à la liste de diffusion du schéma :
[email protected]. Si vous modifiez vous-même le script pour qu'il fonctionne avec votre
données, veuillez également envoyer un e-mail à la liste de diffusion du schéma pour signaler vos modifications afin qu'elles puissent être
inclus.
Utilisez gmod_make_gff_from_dbxref.plp en ligne à l'aide des services onworks.net