gmx_d - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

gmx - suite de simulation de dynamique moléculaire

SYNOPSIS

gmx [-[non]h] [-[pas]silencieux] [-[pas]version] [-[aucun]droit d'auteur] [-agréable ]
[-[pas] de sauvegarde]

DESCRIPTION

GROMACS est une suite complète de programmes pour effectuer des simulations de dynamique moléculaire,
c'est-à-dire pour simuler le comportement de systèmes avec des centaines à des millions de particules en utilisant
Équations newtoniennes du mouvement. Il est principalement utilisé pour la recherche sur les protéines, les lipides et
polymères, mais peut être appliqué à une grande variété de recherches chimiques et biologiques
des questions.

OPTIONS

D'autres options:

-[non]h (non)
Imprimer l'aide et quitter

-[pas]silencieux (non)
N'imprimez pas les informations de démarrage ou les devis courants

-[pas]version (non)
Imprimer les informations sur la version étendue et quitter

-[aucun]droit d'auteur (Oui)
Imprimer les informations de copyright au démarrage

-agréable (19)
Définir le nicelevel (la valeur par défaut dépend de la commande)

-[pas] de sauvegarde (Oui)
Écrire des sauvegardes si des fichiers de sortie existent

GMX COMMANDES

Les commandes suivantes sont disponibles. Veuillez vous référer à leurs pages de manuel individuelles ou gmx
aider pour plus de détails

Trajectoire selon une analyse de l’Université de Princeton
gmx-gangle(1)
Calculer des angles

distance gmx(1)
Calculer les distances entre les paires de positions

volume sans gmx(1)
Calculer le volume libre

gmx-pairdist(1)
Calculer les distances par paires entre des groupes de positions

gmx-rdf(1)
Calculer les fonctions de distribution radiale

gmx-sasa(1)
Calculer la surface accessible au solvant

gmx-sélectionner(1)
Imprimer des informations générales sur les sélections

Génération topologies ainsi que les coordonnées
gmx-editconf(1)
Modifier la boîte et écrire des sous-groupes

gmx-x2top(1)
Générer une topologie primitive à partir de coordonnées

gmx-solvate(1)
Solvater un système

gmx-insérer-molécules(1)
Insérer des molécules dans des postes vacants existants

gmx-genconf(1)
Multiplier une conformation dans des orientations "aléatoires"

génération gmx(1)
Générer des ions monoatomiques sur des positions énergétiquement favorables

gmx-genrestr(1)
Générer des restrictions de position ou des restrictions de distance pour les groupes d'index

gmx-pdb2gmx(1)
Convertir les fichiers de coordonnées en topologie et en fichiers de coordonnées compatibles FF

Fonctionnement a simulation
gmx-grompp(1)
Créer un fichier d'entrée d'exécution

gmx-mdrun(1)
Effectuer une simulation, faire une analyse en mode normal ou une minimisation d'énergie

gmx-convertir-tpr(1)
Créer un fichier run-input modifié

Voir trajectoires
gmx-nmtraj(1)
Générer une trajectoire oscillante virtuelle à partir d'un vecteur propre

vue gmx(1)
Visualiser une trajectoire sur un terminal X-Windows

En cours énergies
gmx-enmat(1)
Extraire une matrice d'énergie d'un fichier d'énergie

gmx-énergie(1)
Écrit les énergies dans les fichiers xvg et affiche les moyennes

gmx-mdrun(1)
(Re)calculer les énergies pour les trames de trajectoire avec -rerun

Façonnage fichiers
gmx-editconf(1)
Convertir et manipuler des fichiers de structure

gmx-eneconv(1)
Convertir des fichiers énergétiques

gmx-sigeps(1)
Convertir des combinaisons c6/12 ou c6/cn vers et depuis sigma/epsilon

gmx-trjcat(1)
Concaténer les fichiers de trajectoire

gmx-trjconv(1)
Convertir et manipuler les fichiers de trajectoire

gmx-xpm2ps(1)
Convertir les matrices XPM (XPixelMap) en postscript ou XPM

Outils
gmx-analyser(1)
Analyser des ensembles de données

gmx-dyndom(1)
Interpoler et extrapoler les rotations de structure

filtre gmx(1)
Trajectoires de filtre de fréquence, utiles pour faire des films fluides

gmx-mentir(1)
Estimer l'énergie libre à partir de combinaisons linéaires

gmx-morphe(1)
Interpoler linéairement entre les conformations

gmx-pme_error(1)
Estimer l'erreur d'utilisation de PME avec un fichier d'entrée donné

gmx-imposture(1)
Calculer les énergies libres ou d'autres histogrammes à partir d'histogrammes

gmx-spatial(1)
Calculer la fonction de distribution spatiale

gmx-traj(1)
Tracer x, v, f, box, température et énergie de rotation à partir des trajectoires

gmx-tune_pme(1)
Temps mdrun en fonction des rangs PME pour optimiser les réglages

gmx-wham(1)
Effectuer une analyse d'histogramme pondérée après l'échantillonnage parapluie

gmx-vérifier(1)
Vérifier et comparer des fichiers

gmx-dump(1)
Rendre les fichiers binaires lisibles par l'homme

gmx-make_ndx(1)
Créer des fichiers d'index

gmx-mk_angndx(1)
Générer des fichiers d'index pour 'gmx angle'

gmx-trjorder(1)
Ordonner les molécules en fonction de leur distance à un groupe

gmx-xpm2ps(1)
Convertir les matrices XPM (XPixelMap) en postscript ou XPM

distances jusqu'à XNUMX fois structures
cluster gmx(1)
Structures de cluster

gmx-confirms(1)
Ajuster deux structures et calculer le RMSD

gmx-rms(1)
Calculer des RMSD avec une structure de référence et des matrices RMSD

gmx-rmsf(1)
Calculer les fluctuations atomiques

distances in structures plus de fiable
gmx-mindiste(1)
Calculer la distance minimale entre deux groupes

gmx-mdmat(1)
Calculer les cartes de contact des résidus

gmx-polystat(1)
Calculer les propriétés statiques des polymères

gmx-rmsdist(1)
Calculer les distances de paires d'atomes moyennées avec une puissance -2, -3 ou -6

Masse distribution propriétés plus de fiable
gmx-gyrate(1)
Calculer le rayon de giration

gmx-msd(1)
Calcule les déplacements quadratiques moyens

gmx-polystat(1)
Calculer les propriétés statiques des polymères

gmx-rdf(1)
Calculer les fonctions de distribution radiale

gmx-rotacf(1)
Calculer la fonction de corrélation rotationnelle pour les molécules

gmx-rotmat(1)
Tracer la matrice de rotation pour s'adapter à une structure de référence

gmx-sans(1)
Calculer des spectres de diffusion de neutrons aux petits angles

gmx-sax(1)
Calculer les spectres de diffusion des rayons X aux petits angles

gmx-traj(1)
Tracer x, v, f, box, température et énergie de rotation à partir des trajectoires

gmx-vanhove(1)
Calculer les fonctions de déplacement et de corrélation de Van Hove

L'analyse collé interactions
angle gmx(1)
Calculer les distributions et les corrélations pour les angles et les dièdres

gmx-mk_angndx(1)
Générer des fichiers d'index pour 'gmx angle'

Structural propriétés
gmx-anadock(1)
Structures de cluster des exécutions Autodock

bundle gmx(1)
Analyser des faisceaux d'axes, par exemple des hélices

taille de cluster gmx(1)
Calculer les distributions de taille des clusters atomiques

gmx-disre(1)
Analyser les contraintes de distance

gmx-hbond(1)
Calculer et analyser les liaisons hydrogène

commande gmx(1)
Calculer le paramètre d'ordre par atome pour les queues de carbone

gmx-principal(1)
Calculer les axes principaux d'inertie d'un groupe d'atomes

gmx-rdf(1)
Calculer les fonctions de distribution radiale

gmx-saltbr(1)
Calculer les ponts salins

gmx-orienter(1)
Analyser l'orientation du solvant autour des solutés

gmx-spol(1)
Analyser l'orientation et la polarisation du dipôle du solvant autour des solutés

cinétique propriétés
barre gmx(1)
Calculer les estimations de la différence d'énergie gratuite à l'aide du taux d'acceptation de Bennett

gmx-courant(1)
Calculer les constantes diélectriques et la fonction d'autocorrélation du courant

gmx-dos(1)
Analyser la densité d'états et de propriétés en fonction de cela

gmx-dyecoupl(1)
Extraire la dynamique des colorants des trajectoires

gmx-principal(1)
Calculer les axes principaux d'inertie d'un groupe d'atomes

gmx-tcaf(1)
Calculer les viscosités des liquides

gmx-traj(1)
Tracer x, v, f, box, température et énergie de rotation à partir des trajectoires

gmx-vanhove(1)
Calculer les fonctions de déplacement et de corrélation de Van Hove

gmx-velacc(1)
Calculer les fonctions d'autocorrélation de vitesse

Électrostatique propriétés
gmx-courant(1)
Calculer les constantes diélectriques et la fonction d'autocorrélation du courant

gmx-diélectrique(1)
Calculer les constantes diélectriques dépendantes de la fréquence

gmx-dipôles(1)
Calculer le dipôle total plus les fluctuations

potentiel-gmx(1)
Calculer le potentiel électrostatique à travers la boîte

gmx-spol(1)
Analyser l'orientation et la polarisation du dipôle du solvant autour des solutés

génération gmx(1)
Générer des ions monoatomiques sur des positions énergétiquement favorables

Spécifique aux protéines selon une analyse de l’Université de Princeton
gmx-do_dssp(1)
Attribuer une structure secondaire et calculer la surface accessible au solvant

gmx-chi(1)
Calculez tout ce que vous voulez savoir sur le chi et les autres dièdres

gmx-hélice(1)
Calculer les propriétés de base des hélices alpha

gmx-helixorient(1)
Calculer le pas local/la flexion/la rotation/l'orientation à l'intérieur des hélices

gmx-rama(1)
Calculer les tracés de Ramachandran

roue gmx(1)
Tracer des roues hélicoïdales

Interfaces
bundle gmx(1)
Analyser des faisceaux d'axes, par exemple des hélices

densité gmx(1)
Calculer la densité du système

gmx-densmap(1)
Calculer des cartes de densité 2D planaires ou axiales-radiales

gmx-densorder(1)
Calculer les fluctuations de surface

commande gmx-h2(1)
Calculer l'orientation des molécules d'eau

gmx-hydrorder(1)
Calculer les paramètres de tétraèdre autour d'un atome donné

commande gmx(1)
Calculer le paramètre d'ordre par atome pour les queues de carbone

potentiel-gmx(1)
Calculer le potentiel électrostatique à travers la boîte

Covariance selon une analyse de l’Université de Princeton
gmx-anaeig(1)
Analyser les vecteurs propres

gmx-covar(1)
Calculer et diagonaliser la matrice de covariance

gmx-make_edi(1)
Générer des fichiers d'entrée pour l'échantillonnage dynamique essentiel

Normal modes
gmx-anaeig(1)
Analyser les modes normaux

gmx-nmeig(1)
Diagonaliser la toile de jute pour l'analyse en mode normal

gmx-nmtraj(1)
Générer une trajectoire oscillante virtuelle à partir d'un vecteur propre

gmx-nmens(1)
Générer un ensemble de structures à partir des modes normaux

gmx-grompp(1)
Créer un fichier d'entrée d'exécution

gmx-mdrun(1)
Trouver un minimum d'énergie potentielle et calculer la Hesse

DROIT D'AUTEUR

2015, équipe de développement GROMACS

Utilisez gmx_d en ligne à l'aide des services onworks.net