Il s'agit de la commande gmx-dyecoupl qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gmx-dyecoupl - Extraire la dynamique des colorants des trajectoires
SYNOPSIS
couple de colorant gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-pas [<.xvg>]]
[-oo [<.xvg>]] [-o [<.dat>]] [-rhiste [<.xvg>]]
[-khiste [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-toi ]
[-[maintenant] [-xvg ] [-[non]pbcdiste] [-[no]norme]
[-bacs ] [-R0 ]
DESCRIPTION
gmx coup de colorant extrait la dynamique des colorants des fichiers de trajectoire. Actuellement, R et kappa^2
entre les colorants est extrait pour les simulations (F)RET avec un couplage dipolaire supposé comme dans le
Équation de Foerster. Il permet en outre le calcul de R(t) et kappa^2(t), R et
kappa^2 histogrammes et moyennes, ainsi que l'efficacité FRET instantanée E(t) pour un
rayon Foerster spécifié R_0 (commutateur -R0). Les colorants d'entrée doivent être entiers (voir res et
options de pbc mol dans trjconv). Le moment dipolaire de transition de colorant doit être défini par au
au moins une seule paire d'atomes, cependant plusieurs paires d'atomes peuvent être fournies dans le fichier d'index.
La distance R est calculée sur la base des COM des paires d'atomes données. Les
-pbcdiste l'option calcule les distances jusqu'à l'image périodique la plus proche au lieu de la distance
dans la boite. Cela ne fonctionne cependant que pour les limites périodiques dans les 3 dimensions. Les
-norme L'option (area-) normalise les histogrammes.
OPTIONS
Options pour spécifier les fichiers d'entrée :
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectoire: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (index.ndx)
Fichier d'index
Options pour spécifier les fichiers de sortie :
-pas [<.xvg>] (rkappa.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr
-oo [<.xvg>] (insteff.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr
-o [<.dat>] (rkappa.dat) (Facultatif)
Fichier de données générique
-rhiste [<.xvg>] (rhist.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr
-khiste [<.xvg>] (khist.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr
D'autres options:
-b (0)
Première image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-e (0)
Dernière image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-toi (pss)
Unité pour les valeurs de temps : fs, ps, ns, us, ms, s
-[maintenant (non)
Afficher la sortie .xvg, .xpm, .eps ainsi que .pdb fichiers
-xvg
formatage du tracé xvg : xmgrace, xmgr, aucun
-[non]pbcdiste (non)
Distance R basée sur PBC
-[no]norme (non)
Normaliser les histogrammes
-bacs (50)
# de bacs d'histogrammes
-R0 (-1)
Rayon de Foerster y compris kappa^2=2/3 en nm
Utilisez gmx-dyecoupl en ligne en utilisant les services onworks.net
