Il s'agit de la commande gmx-dyndom qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gmx-dyndom - Interpoler et extrapoler les rotations de structure
SYNOPSIS
dyndom gmx [-f [<.pdb>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xtc/.trr/...>]]
[-premierangle ] [-dernier angle ] [-nframe ]
[-anglemax ] [-trans ] [-tête ]
[-queue ]
DESCRIPTION
gmx dydom lit un .pdb fichier de sortie de DynDom (http://www.cmp.uea.ac.uk/dyndom/). Il
lit les coordonnées, les coordonnées de l'axe de rotation, et un fichier d'index contenant
les domaines. De plus, il prend le premier et le dernier atome du fichier flèche comme commande
arguments de ligne (tête et queue) et enfin il prend le vecteur de traduction (donné dans
DynDom info file) et l'angle de rotation (également comme arguments de ligne de commande). Si l'angle
déterminé par DynDom est donné, on devrait pouvoir récupérer la deuxième structure utilisée pour
générer la sortie DynDom. En raison de la précision numérique limitée, cela devrait être
vérifié en calculant un RMSD tout-atome (en utilisant gmx confirme) plutôt que par comparaison de fichiers
(en utilisant diff).
Le but de ce programme est d'interpoler et d'extrapoler la rotation telle que trouvée par
DynDom. En conséquence des structures non physiques avec des liaisons longues ou courtes, ou des atomes qui se chevauchent
peut être produit. Une inspection visuelle et une minimisation de l'énergie peuvent être nécessaires pour valider
la structure.
OPTIONS
Options pour spécifier les fichiers d'entrée :
-f [<.pdb>] (dyndom.pdb)
Fichier de banque de données de protéines
-n [<.ndx>] (domaines.ndx)
Fichier d'index
Options pour spécifier les fichiers de sortie :
-o [<.xtc/.trr/...>] (rotation.xtc)
Trajectoire: xtc trr gro g96 pdb tng
D'autres options:
-premierangle (0)
Angle de rotation autour du vecteur de rotation
-dernier angle (0)
Angle de rotation autour du vecteur de rotation
-nframe (11)
Nombre d'étapes sur le chemin
-anglemax (0)
DymDom a déterminé l'angle de rotation autour du vecteur de rotation
-trans (0)
Translation (Angstrom) le long du vecteur de rotation (voir le fichier d'informations DynDom)
-tête (0 0 0)
Premier atome du vecteur flèche
-queue (0 0 0)
Dernier atome du vecteur flèche
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