Il s'agit de la commande gmx-gyrate qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gmx-gyrate - Calculer le rayon de giration
SYNOPSIS
gmx girate [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-acf [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[maintenant] [-xvg ] [-nmol ] [-[non]q]
[-[non]p] [-[non]moi] [-nz ] [-aflen ]
[-[non]normaliser] [-P ] [-fitfn ]
[-commencer ] [-ajustement d'extrémité ]
DESCRIPTION
gmx tournoyer calcule le rayon de giration d'une molécule et les rayons de giration environ
le x-, y- Et z-axes, en fonction du temps. Les atomes sont explicitement pondérés en masse.
Les composantes de l'axe correspondent à la moyenne quadratique pondérée en masse des rayons
composantes orthogonales à chaque axe, par exemple :
Rg(x) = sqrt((sum_i m_i (R_i(y)^2 + R_i(z)^2))/(sum_i m_i)).
Avec la collection -nmol option le rayon de giration sera calculé pour plusieurs molécules par
diviser le groupe d'analyse en parties de taille égale.
Avec la possibilité -nz Rayons de giration 2D dans le xy plan de tranches le long du z-axe sont
calculé.
OPTIONS
Options pour spécifier les fichiers d'entrée :
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectoire: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Structure+masse(db) : tpr gro g96 pdb freiner
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Facultatif)
Fichier d'index
Options pour spécifier les fichiers de sortie :
-o [<.xvg>] (girate.xvg)
fichier xvgr/xmgr
-acf [<.xvg>] (moi-acf.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr
D'autres options:
-b (0) en anglais
Première image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-e (0) en anglais
Dernière image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-DT (0) en anglais
N'utilisez la trame que lorsque t MOD dt = première fois (ps)
-[maintenant (non)
Afficher la sortie .xvg, .xpm, .eps et .pdb fichiers
-xvg
formatage du tracé xvg : xmgrace, xmgr, aucun
-nmol (1) en anglais
Le nombre de molécules à analyser
-[non]q (non)
Utiliser la valeur absolue de la charge d'un atome comme facteur de pondération au lieu de la masse
-[non]p (non)
Calculer les rayons de giration autour des axes principaux.
-[non]moi (non)
Calculer les moments d'inertie (définis par les axes principaux).
-nz (0) en anglais
Calculer les rayons de giration 2D de ce nombre de tranches le long de l'axe z
-aflen (-1)
Longueur de l'ACF, la valeur par défaut est la moitié du nombre d'images
-[non]normaliser (Oui)
Normaliser ACF
-P (0) en anglais
Ordre du polynôme de Legendre pour ACF (0 indique aucun): 0, 1, 2, 3
-fitfn (Aucun)
Fonction d'ajustement : aucune, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9
-commencer (0) en anglais
Moment où commencer l'ajustement exponentiel de la fonction de corrélation
-ajustement d'extrémité (-1)
Temps où se termine l'ajustement exponentiel de la fonction de corrélation, -1 est jusqu'à ce que le
fin
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