gmx-hbond - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

gmx-hbond - Calculer et analyser les liaisons hydrogène

SYNOPSIS

gmx hbond [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-sur une [<.xvg>]] [-g [<.log>]] [-ac [<.xvg>]]
[-dist [<.xvg>]] [-ang [<.xvg>]] [-hx [<.xvg>]]
[-hbn [<.ndx>]] [-hbm [<.xpm>]] [-Don [<.xvg>]]
[-dan [<.xvg>]] [-la vie [<.xvg>]] [-nhbdist [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-DT ] [-toi ]
[-xvg ] [-a ] [-r ] [-[non]da]
[-r2 ] [-une poubelle ] [-rbin ] [-[non]nitacc]
[-[Pas de contact] [-coquille ] [-fitstart ]
[-fitend ] [-température ] [-déverser ]
[-max_hb ] [-[pas]fusion] [-aflen ]
[-[non]normaliser] [-P ] [-fitfn ]
[-commencer ] [-ajustement d'extrémité ]

DESCRIPTION

gmx hbond calcule et analyse les liaisons hydrogène. Les liaisons hydrogène sont déterminées en fonction de
coupures pour l'angle Hydrogène - Donneur - Accepteur (zéro est étendu) et la distance
Donneur - Accepteur (ou Hydrogène - Accepteur utilisant -noda). Les groupes OH et NH sont considérés comme
donneurs, O est toujours un accepteur, N est un accepteur par défaut, mais cela peut être changé
grâce à -nitacc. Les atomes d'hydrogène factices sont supposés être connectés au premier précédent
atome non hydrogène.

Vous devez spécifier deux groupes pour l'analyse, qui doivent être identiques ou
sans chevauchement. Toutes les liaisons hydrogène entre les deux groupes sont analysées.

Si vous définissez -coquille, il vous sera demandé un groupe d'index supplémentaire qui devrait contenir
exactement un atome. Dans ce cas, seules les liaisons hydrogène entre les atomes à l'intérieur de la coquille
distance d'un atome sont considérées.

Avec l'option -ac, les constantes de vitesse pour la liaison hydrogène peuvent être dérivées avec le modèle de
Luzar et Chandler (Nature 394, 1996 ; J. Chem. Phys. 113:23, 2000) ou celui de Markovitz
et Agmon (J. Chem. Phys 129, 2008). Si la cinétique de contact est analysée en utilisant le
-option contact, alors n(t) peut être défini comme toutes les paires qui ne sont pas en contact
distance r à l'instant t (correspondant au fait de laisser l'option -r2 à la valeur par défaut 0) ou
toutes les paires qui sont à la distance r2 (correspondant à la définition d'une deuxième valeur de coupure
avec l'option -r2). Voir la littérature mentionnée pour plus de détails et de définitions.

Sortie :

· -sur une: nombre de liaisons hydrogène en fonction du temps.

· -ac: moyenne sur toutes les autocorrélations des fonctions d'existence (soit 0 soit 1)
de toutes les liaisons hydrogène.

· -dist: distribution à distance de toutes les liaisons hydrogène.

· -ang: distribution angulaire de toutes les liaisons hydrogène.

· -hx: le nombre de liaisons hydrogène n-n+i en fonction du temps où n et n+i se trouvent
pour les nombres de résidus et i varie de 0 à 6. Cela inclut les n-n+3, n-n+4 et
n-n+5 liaisons hydrogène associées aux hélices dans les protéines.

· -hbn: tous les groupes sélectionnés, donneurs, hydrogènes et accepteurs pour les groupes sélectionnés, tous
les atomes à liaison hydrogène de tous les groupes et tous les atomes de solvant impliqués dans l'insertion.

· -hbm: matrice d'existence pour toutes les liaisons hydrogène sur tous les cadres, elle contient également
informations sur l'insertion du solvant dans les liaisons hydrogène. La commande est identique à celle
in -hbn fichier index.

· -dan: notez le nombre de donneurs et d'accepteurs analysés pour chaque période. Cette
est particulièrement utile lors de l'utilisation -coquille.

· -nhbdist: calculer le nombre de HBonds par hydrogène afin de comparer les résultats à
Spectroscopie Raman.

Remarque : options -ac, -la vie, -hbn et -hbm nécessitent une quantité de mémoire proportionnelle à la
nombre total de donneurs multiplié par le nombre total d'accepteurs dans le(s) groupe(s) sélectionné(s).

OPTIONS

Options pour spécifier les fichiers d'entrée :

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectoire: xtc trr cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Fichier d'entrée d'exécution portable xdr

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Facultatif)
Fichier d'index

Options pour spécifier les fichiers de sortie :

-sur une [<.xvg>] (hbnum.xvg)
fichier xvgr/xmgr

-g [<.log>] (hbond.log) (Facultatif)
Fichier journal

-ac [<.xvg>] (hbac.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-dist [<.xvg>] (hbdist.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-ang [<.xvg>] (hbang.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-hx [<.xvg>] (hbhelix.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-hbn [<.ndx>] (hbond.ndx) (Facultatif)
Fichier d'index

-hbm [<.xpm>] (hbmap.xpm) (Facultatif)
Fichier de matrice compatible X PixMap

-Don [<.xvg>] (donateur.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-dan [<.xvg>] (danum.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-la vie [<.xvg>] (hblife.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-nhbdist [<.xvg>] (nhbdist.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

D'autres options:

-b (0)
Première image (ps) à lire à partir de la trajectoire

-e (0)
Dernière image (ps) à lire à partir de la trajectoire

-DT (0)
N'utilisez la trame que lorsque t MOD dt = première fois (ps)

-toi (pss)
Unité pour les valeurs de temps : fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg
formatage du tracé xvg : xmgrace, xmgr, aucun

-a (30)
Angle de coupure (degrés, Hydrogène - Donneur - Accepteur)

-r (0.35)
Rayon de coupure (nm, X - Accepteur, voir l'option suivante)

-[non]da (Oui)
Utiliser la distance Donneur-Accepteur (si VRAI) ou Hydrogène-Accepteur (FAUX)

-r2 (0)
Deuxième rayon de coupure. Principalement utile avec -prendre contact et -ac

-une poubelle (1)
Distribution de l'angle de la largeur du compartiment (degrés)

-rbin (0.005)
Distribution de la distance de la largeur de la baie (nm)

-[non]nitacc (Oui)
Considérer les atomes d'azote comme des accepteurs

-[Pas de contact (non)
Ne cherchez pas de liaisons hydrogène, mais simplement des contacts à l'intérieur de la distance de coupure

-coquille (-1)
quand > 0, ne calcule que les liaisons hydrogène dans la couche de # nm autour d'une particule

-fitstart (1)
Temps (ps) à partir duquel commencer à ajuster les fonctions de corrélation afin d'obtenir
les constantes de vitesse avant et arrière pour la rupture et la formation de HB. Avec -gemfit
nous suggestons -fitstart 0

-fitend (60)
Temps (ps) auquel arrêter l'ajustement des fonctions de corrélation afin d'obtenir le
constantes de vitesse avant et arrière pour la rupture et la formation de HB (uniquement avec
-gemfit)

-température (298.15)
Température (K) pour le calcul de l'énergie de Gibbs correspondant à la rupture HB et
réformer

-déverser (0)
Videz les premiers ACF de liaison hydrogène N dans un seul .xvg fichier pour le débogage

-max_hb (0)
Nombre maximum théorique de liaisons hydrogène utilisées pour normaliser HB
fonction d'autocorrélation. Peut être utile au cas où le programme l'estimerait mal

-[pas]fusion (Oui)
Les liaisons H entre le même donneur et accepteur, mais avec un hydrogène différent sont
traité comme une simple liaison H. Principalement important pour l'ACF.

-aflen (-1)
Longueur de l'ACF, la valeur par défaut est la moitié du nombre d'images

-[non]normaliser (Oui)
Normaliser ACF

-P (0)
Ordre du polynôme de Legendre pour ACF (0 indique aucun): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Aucun)
Fonction d'ajustement : aucune, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-commencer (0)
Moment où commencer l'ajustement exponentiel de la fonction de corrélation

-ajustement d'extrémité (-1)
Temps où se termine l'ajustement exponentiel de la fonction de corrélation, -1 est jusqu'à ce que le
fin

CONNUE QUESTIONS

· L'option -sel qui fonctionnait sur les hbonds sélectionnés est en panne, et donc pas
disponible pour le moment.

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