gmx-make_ndx - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

gmx-make_ndx - Créer des fichiers d'index

SYNOPSIS

gmx make_ndx [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx> [...]]] [-o [<.ndx>]]
[-natomes ] [-[ne pas gagner]

DESCRIPTION

Les groupes d'index sont nécessaires pour presque tous les programmes GROMACS. Tous ces programmes peuvent
générer des groupes d'index par défaut. Vous devez SEULEMENT utiliser gmx make_ndx quand vous avez besoin de SPÉCIAL
groupes d'index. Il existe un groupe d'index par défaut pour l'ensemble du système, 9 groupes d'index par défaut
pour les protéines, et un groupe d'index par défaut est généré pour chaque autre nom de résidu.

Lorsqu'aucun fichier d'index n'est fourni, également gmx make_ndx générera les groupes par défaut. Avec
l'éditeur d'index que vous pouvez sélectionner sur les noms et les nombres d'atomes, de résidus et de chaînes. Quand une course
Le fichier d'entrée est fourni, vous pouvez également sélectionner le type d'atome. Vous pouvez utiliser NOT, AND et OR, vous
peut diviser les groupes en chaînes, résidus ou atomes. Vous pouvez supprimer et renommer des groupes.

La numérotation des atomes dans l'éditeur et le fichier d'index commence à 1.

La -double switch duplique tous les groupes d'index avec un décalage de -natomes, ce qui est utile
pour les configurations de membrane double couche d'électrophysiologie computationnelle.

OPTIONS

Options pour spécifier les fichiers d'entrée :

-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro) (Facultatif)
Fichier de structure : gro g96 pdb brk ent esp tpr

-n [<.ndx> [...]] (index.ndx) (Facultatif)
Fichier d'index

Options pour spécifier les fichiers de sortie :

-o [<.ndx>] (index.ndx)
Fichier d'index

D'autres options:

-natomes (0)
définir le nombre d'atomes (par défaut : lire à partir du fichier de coordonnées ou d'index)

-[ne pas gagner (non)
Dupliquer tous les groupes d'index avec un décalage de -natoms

Utilisez gmx-make_ndx en ligne en utilisant les services onworks.net