Il s'agit de la commande gmx-sasa qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos nombreux postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gmx-sasa - Calcul de la surface accessible aux solvants
SYNOPSIS
gmx sasa [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-odg [<.xvg>]] [Ou [<.xvg>]] [-oa [<.xvg>]]
[-la télé [<.xvg>]] [-q [<.pdb>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-toi ] [-xvg ] [-[non]rmpbc]
[-[non]pbc] [-sf ] [-selrpos ] [-sonde ]
[-ndots ] [-[pas] de protection] [-dgs ]
[-surface ] [-sortir ]
DESCRIPTION
gmx Sasa Calcule les surfaces accessibles aux solvants. Voir Eisenhaber F, Lijnzaad P, Argos
P, Sander C, & Scharf M (1995) J. Comput. Chem. 16, 273-284 pour l'algorithme utilisé. Avec
-q, la surface de Connolly peut également être générée dans un .pdb fichier où se trouvent les nœuds
représentés sous forme d'atomes et les arêtes reliant les nœuds les plus proches sous forme d'enregistrements CONECT. -odg
permet d'estimer les énergies libres de solvatation à partir des énergies de solvatation par atome par
surface exposée.
Le programme nécessite une sélection pour le calcul de surface à spécifier avec
-surface. Cela devrait toujours être constitué de tous les atomes non solvants du système. L'aire de
ce groupe est toujours calculé. Facultativement, -sortir peut spécifier des sélections supplémentaires,
qui devraient être des sous-ensembles du groupe de calcul. Les zones accessibles aux solvants pour ces
des groupes sont également extraits de la surface entière.
La moyenne et l'écart type de la zone sur la trajectoire peuvent être calculés par
résidu et atome (options Ou et -oa).
Avec la collection -la télé option, le volume total et la densité de la molécule peuvent être calculés. Avec
-pbc (par défaut), vous devez vous assurer que votre molécule/groupe de surface n'est pas divisé
CBP. Sinon, vous obtiendrez des résultats incohérents. Veuillez également vérifier si
le rayon de sonde normal est approprié dans ce cas ou si vous préférez utiliser, par exemple, 0.
Il est bon de garder à l’esprit que les résultats pour le volume et la densité sont très approximatifs.
Par exemple, dans la glace Ih, on peut facilement insérer des molécules d'eau dans les pores, ce qui donnerait
un volume trop faible et une surface et une densité toutes deux trop élevées.
OPTIONS
Options pour spécifier les fichiers d'entrée :
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Facultatif)
Trajectoire d'entrée ou configuration unique : xtc trr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Facultatif)
Structure d'entrée : tpr gro g96 pdb freiner
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Facultatif)
Groupes d'index supplémentaires
Options pour spécifier les fichiers de sortie :
-o [<.xvg>] (zone.xvg)
Superficie totale en fonction du temps
-odg [<.xvg>] (dgsolv.xvg) (Facultatif)
Énergie libre de solvatation estimée en fonction du temps
Ou [<.xvg>] (resarea.xvg) (Facultatif)
Surface moyenne par résidu
-oa [<.xvg>] (atomarea.xvg) (Facultatif)
Surface moyenne par atome
-la télé [<.xvg>] (volume.xvg) (Facultatif)
Volume total et densité en fonction du temps
-q [<.pdb>] (connolly.pdb) (Facultatif)
Fichier PDB pour la surface de Connolly
D'autres options:
-b (0)
Première image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-e (0)
Dernière image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-DT (0)
N'utiliser le cadre que si t MOD dt == première fois (ps)
-toi (pss)
Unité pour les valeurs de temps : fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg (xmgrâce)
Formatage du tracé : aucun, xmgrace, xmgr
-[non]rmpbc (Oui)
Rendre les molécules entières pour chaque image
-[non]pbc (Oui)
Utiliser des conditions aux limites périodiques pour le calcul de la distance
-sf
Fournir des sélections à partir de fichiers
-selrpos (atome)
Positions de référence de sélection : atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
entier_res_com, entier_res_cog, entier_mol_com, entier_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog
-sonde (0.14)
Rayon de la sonde de solvant (nm)
-ndots (24)
Nombre de points par sphère, plus de points signifie plus de précision
-[pas] de protection (Oui)
Sortie de la protéine vers le Connolly .pdb fichier aussi
-dgs (0)
Valeur par défaut de l'énergie libre de solvatation par surface (kJ/mol/nm^2)
-surface
Sélection du calcul de surface
-sortir
Sélection(s) de sortie
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