gmx-sasa - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

gmx-sasa - Calculer la surface accessible au solvant

SYNOPSIS

sasa gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-odg [<.xvg>]] [Ou [<.xvg>]] [-oa [<.xvg>]]
[-la télé [<.xvg>]] [-q [<.pdb>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-toi ] [-xvg ] [-[non]rmpbc]
[-[non]pbc] [-sf ] [-selrpos ] [-sonde ]
[-points ] [-[pas] de protection] [-dgs ]
[-surface ] [-sortir ]

DESCRIPTION

gmx Sasa calcule les surfaces accessibles aux solvants. Voir Eisenhaber F, Lijnzaad P, Argos
P, Sander C et Scharf M (1995) J. Comput. Chem. 16, 273-284 pour l'algorithme utilisé. Avec
-q, la surface Connolly peut également être générée dans un .pdb fichier où se trouvent les nœuds
représentés par des atomes et les arêtes reliant les nœuds les plus proches par des enregistrements CONECT. -odg
permet d'estimer les énergies sans solvatation à partir des énergies de solvatation par atome par
surface exposée.

Le programme nécessite une sélection pour que le calcul de surface soit spécifié avec
-surface. Celui-ci doit toujours être constitué de tous les atomes non solvants du système. Le domaine de
ce groupe est toujours calculé. En option, -sortir peut spécifier des sélections supplémentaires,
qui devraient être des sous-ensembles du groupe de calcul. Les zones accessibles aux solvants pour ces
des groupes sont également extraits de toute la surface.

La moyenne et l'écart type de la zone sur la trajectoire peuvent être calculés par
résidu et atome (options Ou ainsi que -oa).

Avec la -la télé option, le volume total et la densité de la molécule peuvent être calculés. Avec
-pbc (par défaut), vous devez vous assurer que votre groupe molécule/surface n'est pas divisé entre
BPC. Sinon, vous obtiendrez des résultats absurdes. Veuillez également considérer si le
un rayon de sonde normal est approprié dans ce cas ou si vous préférez utiliser, par exemple, 0.
Il est bon de garder à l'esprit que les résultats pour le volume et la densité sont très approximatifs.
Par exemple, dans la glace Ih, on peut facilement insérer des molécules d'eau dans les pores, ce qui donnerait
un volume trop faible, une surface et une densité trop élevées.

OPTIONS

Options pour spécifier les fichiers d'entrée :

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Facultatif)
Trajectoire d'entrée ou configuration unique : xtc trr cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Facultatif)
Structure d'entrée : tpr gro g96 pdb freiner

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Facultatif)
Groupes d'index supplémentaires

Options pour spécifier les fichiers de sortie :

-o [<.xvg>] (zone.xvg)
Superficie totale en fonction du temps

-odg [<.xvg>] (dgsolv.xvg) (Facultatif)
Estimation de l'énergie libre de solvatation en fonction du temps

Ou [<.xvg>] (resarea.xvg) (Facultatif)
Superficie moyenne par résidu

-oa [<.xvg>] (atomare.xvg) (Facultatif)
Surface moyenne par atome

-la télé [<.xvg>] (volume.xvg) (Facultatif)
Volume total et densité en fonction du temps

-q [<.pdb>] (connolly.pdb) (Facultatif)
Fichier PDB pour la surface Connolly

D'autres options:

-b (0)
Première image (ps) à lire à partir de la trajectoire

-e (0)
Dernière image (ps) à lire à partir de la trajectoire

-DT (0)
N'utiliser le cadre que si t MOD dt == première fois (ps)

-toi (pss)
Unité pour les valeurs de temps : fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg (xmgrâce)
Formatage du tracé : aucun, xmgrace, xmgr

-[non]rmpbc (Oui)
Rendre les molécules entières pour chaque image

-[non]pbc (Oui)
Utiliser des conditions aux limites périodiques pour le calcul de la distance

-sf
Fournir des sélections à partir de fichiers

-selrpos (atome)
Positions de référence de sélection : atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
entier_res_com, entier_res_cog, entier_mol_com, entier_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog

-sonde (0.14)
Rayon de la sonde solvant (nm)

-points (24)
Nombre de points par sphère, plus de points signifie plus de précision

-[pas] de protection (Oui)
Transmettre la protéine au Connolly .pdb fichier aussi

-dgs (0)
Valeur par défaut pour l'énergie sans solvatation par surface (kJ/mol/nm^2)

-surface
Sélection du calcul de surface

-sortir
Sélection(s) de sortie

Utilisez gmx-sasa en ligne en utilisant les services onworks.net