gmx-tcaf - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

gmx-tcaf - Calculer les viscosités des liquides

SYNOPSIS

gmx tcaf [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-pas [<.xvg>]] [-oa [<.xvg>]] [-o [<.xvg>]] [-de [<.xvg>]]
[-oc [<.xvg>]] [-ov [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[maintenant] [-xvg ] [-[non]mol] [-[non]k34]
[-poids ] [-aflen ] [-[non]normaliser] [-P ]
[-fitfn ] [-commencer ] [-ajustement d'extrémité ]

DESCRIPTION

gmx tcaf calcule les autocorrélations de courant transversal. Ceux-ci sont utilisés pour estimer la
viscosité de cisaillement, eta. Pour plus de détails, voir : Palmer, Phys. Rév. E 49 (1994) pp 359-366.

Les courants transversaux sont calculés en utilisant les vecteurs k (1,0,0) et (2,0,0) chacun également dans
le y- Et z-direction, (1,1,0) et (1,-1,0) chacun également dans les 2 autres plans (ces
les vecteurs ne sont pas indépendants) et (1,1,1) et les 3 autres diagonales de boîte (pas non plus
indépendant). Pour chaque k-vecteur, le sinus et le cosinus sont utilisés, en combinaison avec le
vitesse dans 2 directions perpendiculaires. Cela donne un total de 16*2*2=64 transversal
courants. Une autocorrélation est calculée ajustée pour chaque k-vecteur, ce qui donne 16
TCAF. Chacun de ces TCAF est ajusté à f(t) = exp(-v)(cosh(Wv) + 1/W sinh(Wv)), v = -t/(2
tau), W = sqrt(1 - 4 tau eta/rho k^2), ce qui donne 16 valeurs de tau et eta. L'ajustement
les poids décroissent exponentiellement avec la constante de temps w (donnée avec -poids) comme exp(-t/w), et le
Le TCAF et l'ajustement sont calculés jusqu'au temps 5*w. Les valeurs eta doivent être ajustées à 1 - a
eta(k) k^2, à partir de laquelle on peut estimer la viscosité de cisaillement à k=0.

Lorsque la boîte est cubique, on peut utiliser l'option -oc, qui fait la moyenne des TCAF sur l'ensemble
k-vecteurs de même longueur. Cela se traduit par des TCAF plus précis. Tant le cubique
Les TCAF et les ajustements sont écrits sur -oc Les estimations de l'eta cubique sont également écrites en -ov.

Avec l'option -mol, le courant transversal est déterminé à partir de molécules au lieu d'atomes. Dans
dans ce cas, le groupe d'indice doit être constitué de numéros de molécules au lieu de numéros d'atomes.

Les viscosités k-dépendantes dans le -ov le fichier doit être ajusté à eta(k) = eta_0 (1 - ak^2)
pour obtenir la viscosité à longueur d'onde infinie.

Remarque: assurez-vous d'écrire les coordonnées et les vitesses assez souvent. La première,
non exponentielle, une partie de la fonction d'autocorrélation est très importante pour obtenir un
bon ajustement.

OPTIONS

Options pour spécifier les fichiers d'entrée :

-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
Trajectoire de précision complète : trr cpt tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Facultatif)
Structure+masse(db) : tpr gro g96 pdb freiner

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Facultatif)
Fichier d'index

Options pour spécifier les fichiers de sortie :

-pas [<.xvg>] (transcur.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-oa [<.xvg>] (tcaf_all.xvg)
fichier xvgr/xmgr

-o [<.xvg>] (tcaf.xvg)
fichier xvgr/xmgr

-de [<.xvg>] (tcaf_fit.xvg)
fichier xvgr/xmgr

-oc [<.xvg>] (tcaf_cub.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-ov [<.xvg>] (visc_k.xvg)
fichier xvgr/xmgr

D'autres options:

-b (0)
Première image (ps) à lire à partir de la trajectoire

-e (0)
Dernière image (ps) à lire à partir de la trajectoire

-DT (0)
N'utilisez la trame que lorsque t MOD dt = première fois (ps)

-[maintenant (non)
Afficher la sortie .xvg, .xpm, .eps ainsi que .pdb fichiers

-xvg
formatage du tracé xvg : xmgrace, xmgr, aucun

-[non]mol (non)
Calculer le TCAF des molécules

-[non]k34 (non)
Utilisez également k=(3,0,0) et k=(4,0,0)

-poids (5)
Temps de décroissance exponentielle pour les poids d'ajustement du TCAF

-aflen (-1)
Longueur de l'ACF, la valeur par défaut est la moitié du nombre d'images

-[non]normaliser (Oui)
Normaliser ACF

-P (0)
Ordre du polynôme de Legendre pour ACF (0 indique aucun): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Aucun)
Fonction d'ajustement : aucune, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-commencer (0)
Moment où commencer l'ajustement exponentiel de la fonction de corrélation

-ajustement d'extrémité (-1)
Temps où se termine l'ajustement exponentiel de la fonction de corrélation, -1 est jusqu'à ce que le
fin

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