Il s'agit de la commande gt-extractfeat qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gt-extractfeat - Extrait les fonctionnalités données dans le fichier GFF3 à partir du fichier de séquence.
SYNOPSIS
gt extraire l'exploit [option ...] [fichier_GFF3]
DESCRIPTION
De type [un magnifique]
définir le type d'entités à extraire (par défaut : undefined)
-rejoindre [oui|non]
joindre les séquences d'entités dans le même sous-graphe en un seul (par défaut : non)
-Traduire [oui|non]
traduire les caractéristiques (d'une séquence d'ADN) en protéine (par défaut : non)
-seqid [oui|non]
ajouter l'ID de séquence des caractéristiques extraites aux descriptions FASTA (par défaut : non)
-cible [oui|non]
ajouter les identifiants cibles des caractéristiques extraites aux descriptions FASTA (par défaut : non)
-coordonnées [oui|non]
ajouter l'emplacement des caractéristiques extraites aux descriptions FASTA (par défaut : non)
-retainids [oui|non]
utiliser les attributs d'ID des entités extraites comme descriptions FASTA (par défaut : non)
-gcode [Plus-value]
spécifier le code génétique à utiliser (par défaut : 1)
-fichier séq [nom de fichier]
définir le fichier de séquence à partir duquel prendre les séquences (par défaut : undefined)
-encseq [nom de fichier]
définir le nom d'index de séquence encodé à partir duquel prendre les séquences (par défaut :
indéfini)
-fichiers séq
définir les fichiers de séquence à partir desquels extraire les fonctionnalités utiliser -- terminer la liste
de fichiers séquences
-matchdesc [oui|non]
rechercher dans les descriptions de séquence des fichiers d'entrée les ID de séquence souhaités (en
GFF3), rapportant le premier match (par défaut : non)
-matchdescstart [oui|non]
correspondent exactement aux descriptions de séquences des fichiers d'entrée pour la séquence souhaitée
ID (dans GFF3) du début au premier espace (par défaut : non)
-utiliséesc [oui|non]
utiliser des descriptions de séquence pour mapper les ID de séquence (dans GFF3) à la séquence réelle
entrées. Si une description contient une plage de séquences (par exemple, III:1000001..2000000), le
la première partie est utilisée comme ID de séquence (III) et la première position de plage comme décalage
(1000001) (par défaut : non)
-regiomapping [un magnifique]
définir le fichier contenant le mappage de la région de séquence vers le fichier de séquence (par défaut : undefined)
-v [oui|non]
être verbeux (par défaut : non)
-largeur [Plus-value]
définir la largeur de sortie pour l'impression de séquence FASTA (0 désactive le formatage) (par défaut : 0)
-o [nom de fichier]
rediriger la sortie vers le fichier spécifié (par défaut : non défini)
-gzip [oui|non]
écrire le fichier de sortie compressé gzip (par défaut : non)
-bzip2 [oui|non]
écrire le fichier de sortie compressé bzip2 (par défaut : non)
-Obliger [oui|non]
forcer l'écriture dans le fichier de sortie (par défaut : non)
-Aide
afficher l'aide et quitter
-version
afficher les informations de version et quitter
Numéros de code génétique pour l'option -gcode:
1 : Standard 2 : Vertébré Mitochondrial 3 : Levure Mitochondriale 4 : Moisissure Mitochondriale ;
Mitochondrial de protozoaire ; Mitochondrial coelentéré ; Mycoplasme ; Spiroplasme 5:
Invertébré Mitochondrial 6 : Cilié Nucléaire ; Nucléaire Dasycladacean; Hexamita Nucléaire 9 :
Échinoderme mitochondrial ; Vers plat Mitochondrial 10 : Euplotid Nucléaire 11 : Bactérien,
Archaeal and Plant Plastid 12: Alternative Levure Nucléaire 13: Ascidian Mitochondrial 14:
Vers plat alternatif Mitochondrial 15 : Blepharisma Macronucléaire 16 : Chlorophycean
Mitochondrial 21 : Trématode Mitochondrial 22 : Scenedesmus obliquus Mitochondrial 23 :
Thraustochytrium Mitochondrial 24 : Pterobranchia Mitochondrial 25 : Candidat Division SR1
et Gracilibactéries
Format de fichier pour l'option -regiomapping:
Le fichier fourni à l'option -regionmapping définit un « mappage ». Une cartographie cartographie les
entrées de région de séquence données dans le GFF3_fichier dans un fichier de séquence contenant le
séquence correspondante. Les mappages peuvent être définis sous l'une des deux formes suivantes :
mappage = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz",
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}
or
mappage de fonction (sequence_region)
renvoie "hs_ref_"..sequence_region..".fa.gz"
fin
La première forme définit un Lua (http://www.lua.org) table nommée « mapping » qui mappe chacun
région de séquence dans le fichier de séquence correspondant. Le second définit une fonction Lua
« mapping », qui doit retourner le nom du fichier de séquence lorsqu'il est appelé avec le
sequence_region comme argument.
DE LA LIGNE BOGUES
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