Il s'agit de la commande gt-shredder qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gt-shredder - Déchiqueteuse de fichiers de séquences en morceaux consécutifs de longueur aléatoire.
SYNOPSIS
gt déchiqueteuse [option ...] [fichier_séquence ...]
DESCRIPTION
-couverture [Plus-value]
définir le nombre de fois que le fichier_séquence est déchiqueté (par défaut : 1)
-Longueur minimale [Plus-value]
définir la longueur minimale des fragments broyés (par défaut : 300)
-longueur maximale [Plus-value]
définir la longueur maximale des fragments déchiquetés (par défaut : 700)
-chevauchement [Plus-value]
définir le chevauchement entre les pièces consécutives (par défaut : 0)
-échantillon [Plus-value]
prélever des échantillons des séquences générées avec la probabilité donnée (par défaut :
(1.000000)
-clipdesc [oui|non]
descriptions de clips après le premier espace (trompé par \t, \n etc) ajoute un décalage et une longueur à
assurer l'identifiant unique (par défaut : non)
-largeur [Plus-value]
définir la largeur de sortie pour l'impression de séquence FASTA (0 désactive le formatage) (par défaut : 0)
-o [nom de fichier]
rediriger la sortie vers le fichier spécifié (par défaut : non défini)
-gzip [oui|non]
écrire le fichier de sortie compressé gzip (par défaut : non)
-bzip2 [oui|non]
écrire le fichier de sortie compressé bzip2 (par défaut : non)
-Obliger [oui|non]
forcer l'écriture dans le fichier de sortie (par défaut : non)
-Aide
afficher l'aide et quitter
-version
afficher les informations de version et quitter
Chaque séquence donnée dans fichier_séquence est déchiqueté en morceaux consécutifs aléatoires
longueur (entre -Longueur minimale et -longueur maximale) jusqu'à sa consommation. Par ce moyen le dernier
le fragment déchiqueté d'une séquence donnée peut être plus court que l'argument de l'option
-Longueur minimale. Pour vous débarrasser de ces fragments, utilisez gt seqfilter (voir l'exemple ci-dessous).
EXEMPLES:
Broyez un BAC donné :
destructeur $ gt U89959_genomic.fas > fragments.fas
Déchiquetez une collection EST en morceaux entre 50 et 100 pb et débarrassez-vous de tout (terminal)
fragments de moins de 50 pb :
$ gt broyeur -minlength 50 -maxlength 100 U89959_ests.fas \
| gt seqfilter -minlength 50 -> fragments.fas
# 130 des 1260 séquences ont été supprimées (10.317%)
Déchiquetez une collection EST et n'affichez que 10 % aléatoires des fragments résultants :
$ gt broyeur - échantillon 0.1 U89959_ests.fas
DE LA LIGNE BOGUES
Signaler des bogues à[email protected]>.
Utilisez gt-shredder en ligne en utilisant les services onworks.net
