Il s'agit de la commande idfetch qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
idfetch - récupère les données biologiques du serveur NCBI ID1
SYNOPSIS
idfetch [-] [-F str] [-G nom de fichier] [-Q nom de fichier] [-c N] [-d str] [-e N] [-f str] [-g N]
[-i N] [-l nom de fichier] [-n] [-o nom de fichier] [-q str] [-s str] [-t N]
DESCRIPTION
idfetch est un client pour le serveur ID1 de NCBI, qui contient une grande base de données de
séquences biologiques.
OPTIONS
Un résumé des options est inclus ci-dessous.
- Imprimer le message d'utilisation
-F str Ajouter les types de fonctionnalités spécifiés (délimités par des virgules) ; les valeurs autorisées sont CDD, SNP,
SNP_graph, MGC, HPRD, STS, ARNt et microARN.
-G nom de fichier
Fichier avec la liste des IG, les accessions (versionnées), les SeqID FASTA à vider
-Q nom de fichier
Générer une liste GI par requête Entrez dans nom de fichier; a besoin -dn or -dp.
-c N Complexité maximale :
0 obtenir le blob entier (par défaut)
1 obtenir le bioseq d'intérêt
2 obtenir le bioseq minimal contenant le bioseq d'intérêt
3 obtenir le nuc-prot minimal contenant le bioseq d'intérêt
4 obtenir le pub-set minimal contenant le bioseq d'intérêt
-d str Base de données à utiliser (avec -q, peut être soit n pour les nucléotides ou p pour les protéines).
-e N Numéro d'entité (numéro de récupération) à vider
-f str SeqId aplati. Formats possibles :
type([prénom][,[accession][,[libérer][,version]]]) comme '5(HUMHBB)'
type=accession
type:nombre
(type est un nombre indiquant le sous-type ASN.1 Seq-id.)
-g N Identifiant GI pour une seule entité à vider
-i N Type de recherche :
0 get Seq-entry (par défaut)
1 obtenir l'état GI (sortie vers stderr)
2 obtenir des SeqIds
3 obtenir l'historique GI (changement de séquence uniquement)
4 obtenir l'historique des révisions (toute modification de l'ASN.1)
-l nom de fichier
Fichier journal
-n Sortir uniquement la liste des IG (avec -q ainsi que -Q).
-o nom de fichier
Nom de fichier pour la sortie (par défaut = Stdout)
-q str Générer la liste gi par requête Entrez. A besoin -dn or -dp.
-s str Fasta style SeqId JOINT DE CITATIONS. Formats :
lcl|int or str
bbs|int
bbm|int
Go|selon|loc
emb|selon|loc
pir|selon|prénom
sp|selon|prénom
tapoter|Pays|brevet|suivants
gi|int
dbj|selon|loc
prf|selon|prénom
pb|entrée|chaîne
-t N Le type de sortie:
1 texte ASN.1 (par défaut)
2 ASN.1 binaire
3 GenBank (entrée Seq uniquement)
4 GenPept (entrée Seq uniquement)
5 FASTA (tableau pour l'historique)
6 scores de qualité (entrée Seq uniquement)
7 Entrez DocSums
8 complément inversé FASTA
Utiliser idfetch en ligne à l'aide des services onworks.net
