Il s'agit de la commande indexdb_rna qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
indexdb_rna - outil de filtrage, de mappage et de sélection OTU des lectures NGS (indexdb)
SYNOPSIS
indexdb_rna --réf db.fasta,db.idx [OPTIONS]
DESCRIPTION
SortMeRNA est un outil d'analyse de séquences biologiques pour le filtrage, la cartographie et la sélection d'OTU
NGS lit. L'algorithme de base est basé sur des graines approximatives et permet une
analyses sensibles des séquences nucléotidiques. La principale application de SortMeRNA est le filtrage
ARNr à partir de données métatranscriptomiques. Les applications supplémentaires incluent la sélection OTU et
attribution de taxonomie disponible via QIIME v1.9+ (http://qiime.org -v1.9.0-rc1).
SortMeRNA prend en entrée un fichier de lectures (format fasta ou fastq) et un ou plusieurs ARNr
fichier(s) de base de données et trie l'ARNr et les lectures rejetées en deux fichiers spécifiés par le
utilisateur. En option, il peut fournir des alignements locaux de haute qualité des lectures d'ARNr contre le
base de données d'ARNr. SortMeRNA fonctionne avec les données Illumina, 454, Ion Torrent et PacBio, et peut
produire des alignements de type SAM et BLAST.
OPTIONS
OBLIGATOIRE OPTIONS
--réf CHAINE, CHAINE
Fichier de référence FASTA, fichier d'index
Mise en situation :
--réf /chemin/vers/fichier1.fasta,/chemin/vers/index1
Si vous passez plusieurs fichiers de séquence de référence, séparez-les par ':'
Mise en situation :
--réf /chemin/f1.fasta,/chemin/index1:/chemin/f2.fasta,chemin/index2
EN OPTION OPTIONS
--vite BOOL
option suggérée pour aligner ~99 % d'espèces apparentées (par défaut : désactivé)
--sensible BOOL
option suggérée pour aligner ~75-98% des espèces apparentées (par défaut : activé)
--tmpdir STRING
répertoire où écrire les fichiers temporaires
-m INT la quantité de mémoire (en Mo) pour construire l'index (par défaut : 3072)
-L INT longueur de la graine (par défaut : 18)
--max_pos INT
nombre maximum de positions à stocker pour chaque L-mer unique (par défaut : 10000, réglage
--max_pos 0 stockera toutes les positions)
-v BOOL
verbeux
-h BOOL
aider
Utilisez indexdb_rna en ligne à l'aide des services onworks.net
