Il s'agit de la commande ipcress qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
ipcress - Système de simulation d'expériences PCR in-silico
SYNOPSIS
ipcress [ Options ] <primer fichier> <sequence chemins>
DESCRIPTION
ipcress est In-silico PCR Eexpérience Simiter Ssystème.
Il s'agit d'un outil de simulation d'expériences PCR. Vous fournissez un fichier contenant des amorces
et un ensemble de séquences, et il prédit les produits de PCR.
Ipress est similaire au programme e-PCR du NCBI, mais est beaucoup plus rapide et ne
souffrent de problèmes d'identification des correspondances lorsqu'il y a des symboles d'ambiguïté près de l'amorce
extrémités.
Si vous fournissez plusieurs paires d'amorces ensemble, ipcress simulera les expériences de PCR dans
parallèle, permettant la simulation à l'échelle du génome d'un grand nombre d'expériences. Il utilise beaucoup
bibliothèques de la disculper outil de comparaison de séquences.
CONTRIBUTION Format
L'entrée pour ipcress est un simple fichier délimité par des espaces blancs décrivant une expérience par
ligne. Chaque ligne contient les 5 champs suivants :
id Un identifiant pour cette expérience
amorce_A Séquence pour la première amorce
amorce_B Séquence pour la deuxième amorce
min_product_len Longueur minimale du produit à déclarer
max_product_len Longueur maximale du produit à déclarer
Voici un exemple de ligne dans ce format :
ID0001 CATGCATGCATGC CGATGCANGCATGCT 900 1100
SORTIE Format
Le format de sortie décrit un produit PCR par ligne,
et est préfixé par "ipcress:", suivi des 11 champs suivants :
id_séquence L'identifiant de la séquence
id_expérience L'identifiant de l'expérience PCR
longueur_produit La longueur du produit PCR
amorce_5 L'amorce 5' (soit A soit B)
pos_5 Position de l'amorce 5'
discordance_5 Nombre de discordances sur l'amorce 5'
amorce_3 |
pos_3 | Mêmes champs pour l'amorce 3'
discordance_3 |
la description Une description du produit PCR
Le champ de description est l'une des 4 chaînes suivantes :
: Produit normal, apprêt A suivi de B
révcomp Produit normal, apprêt B suivi de A
célibataire_A Mauvais produit généré par primer_A uniquement
célibataire_B Mauvais produit généré par primer_B uniquement
Il y a aussi une sortie lisible par l'homme affichée, n'est pas conçue pour l'analyse (voir :
-- joli ci-dessous).
GÉNÉRAL OPTIONS
La plupart des arguments ont des formes courtes et longues. Les formes longues
sont plus susceptibles d'être stables dans le temps et doivent donc être utilisés dans des scripts qui
appelez ippress.
-h | --shorthelp
Afficher l'aide. Cela affichera un résumé concis des options disponibles, les valeurs par défaut
et les valeurs actuellement définies.
--Aidez-moi
Cela montre toutes les options d'aide, y compris les valeurs par défaut, la valeur actuellement définie,
et la variable d'environnement qui peut être utilisée pour définir chaque paramètre. Il y aura
être une indication des options obligatoires. Les options obligatoires n'ont pas
par défaut, et doit avoir une valeur fournie pour qu'ipcress s'exécute. Si options obligatoires
sont utilisés dans l'ordre, leurs indicateurs peuvent être ignorés à partir de la ligne de commande (voir exemples
au dessous de). Contrairement à cette page de manuel, les informations de cette option seront toujours en place
à jour avec la dernière version du programme.
-v | --version
Afficher le numéro de version. Affiche également d'autres informations telles que la date de construction
et version glib utilisée.
DOSSIER CONTRIBUTION OPTIONS
-i | --saisir
Données d'expérience PCR dans le format de fichier ipcress décrit ci-dessus.
-s | --séquence
Précisez les séquences. Plusieurs fichiers peuvent être spécifiés ici, ce qui réduit le FSM
la surcharge de la construction et rend ipcress exécuté plus rapidement que l'exécution du processus
séparément.
IPCRESS PARAMETRES
-m | --décalage
Spécifiez le nombre de discordances autorisées par amorce. Autoriser les discordances réduit
la vitesse du programme en tant que grand quartier d'amorce doit être construit, et
moins d'expériences peuvent être mises en mémoire avant chaque balayage de la séquence
bases de données.
-M | --Mémoire
Spécifiez la quantité de mémoire que le programme doit utiliser. Le plus de mémoire fait
ipcress disponible, plus il s'exécutera rapidement, car plus d'expériences de PCR peuvent être menées
à chaque balayage des bases de données de séquences. Cela n'inclut pas la mémoire utilisée pendant
le scan (pour stocker les résultats partiels et les séquences), donc la quantité réelle de
la mémoire utilisée sera légèrement supérieure.
-p | --joli
Affichez les résultats dans un format lisible par l'homme, non conçu pour l'analyse.
-P | --des produits
Affichez les produits PCR sous forme de séquence au format FASTA.
-S | --la graine
Spécifiez la longueur de graine pour le motvoisinage pour le FSM. Si mis à zéro,
l'amorce complète est utilisée. Des mots plus courts réduisent la taille du quartier, mais
augmenter le temps pris par ippress pour filtrer les correspondances faussement positives.
ENVIRONNEMENT
Pas encore documenté.
EXEMPLES
ipcress test.ippress séquence.fasta
C'est la manière la plus simple d'utiliser ipcress.
ipcress dbsts_human.ippress --séquence ncbi30/*.fasta --décalage 1
Comparez un fichier d'entrée à un ensemble de fichiers fasta, en permettant une incompatibilité dans chacun
apprêt.
VERSION
Cette documentation accompagne la version 2.2.0 du package exonérer.
Utilisez ipcress en ligne en utilisant les services onworks.net
