Il s'agit du locuspocus de commande qui peut être exécuté dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
locuspocus - calcule les coordonnées du locus pour l'annotation de gène donnée
SYNOPSIS
locuspocus [Options] gff3fichier1 [gff3fichier2 gff3fichier3 ...]
DESCRIPTION
Options de base:
-d|--déboguer
imprimer des messages de débogage détaillés sur le terminal (erreur standard)
-h|--aide
imprimer ce message d'aide et quitter
-v|--version
imprimer le numéro de version et quitter
Analyse iLocus :
-l|--delta : INT
lors de l'analyse des loci d'intervalle, utilisez le delta suivant pour étendre les loci de gènes et inclure
régions réglementaires potentielles; la valeur par défaut est 500
-s|--saute
lors de l'énumération des loci d'intervalle, exclure non annoté (et vraisemblablement incomplet)
iLoci à chaque extrémité de la séquence
-e|--fin seulement
signaler uniquement les fragments iLocus incomplets aux extrémités non annotées des séquences
(complément de --saute)
-y|--skipiiloci
ne pas signaler les iLoci intergéniques
Options de raffinement :
-r|--affiner
par défaut, les gènes sont regroupés dans le même iLocus s'ils se chevauchent ; 'affiner'
le mode permet une gestion plus nuancée des gènes qui se chevauchent
-c|--cd
utiliser des CDS plutôt que des UTR pour déterminer le chevauchement des gènes ; implique le mode 'affiner'
-m|--minoverlap : INT
le nombre minimum de nucléotides que deux gènes doivent se chevaucher pour être regroupés dans le même
iLocus ; la valeur par défaut est 1
Options de sortie :
-n|--namefmt : STR
fournir une chaîne de format de style printf pour remplacer le format d'ID par défaut pour les nouveaux
lieux créés ; la valeur par défaut est 'locus%lu' (locus1, locus2, etc) pour les loci et 'iLocus%lu'
(iLocus1, iLocus2, etc.) pour les loci d'intervalle ; notez que la chaîne de format doit inclure un
spécificateur %lu unique à remplir avec une valeur entière longue non signée
-i|--ilens: FICHIER
créer un fichier avec les longueurs de chaque iLocus intergénique
-g|--genemap : FICHIER
imprimer une cartographie de chaque annotation de gène à son locus correspondant à la donnée
filet
-o|--outfile : FICHIER
nom du fichier dans lequel les résultats seront écrits ; la valeur par défaut est terminal (standard
production)
-T|--retainids
conserver les identifiants de fonction d'origine des fichiers d'entrée ; des conflits surgiront si l'entrée
contient des valeurs d'ID dupliquées
-t|--transmap: FICHIER
imprimer un mappage de chaque annotation de transcription à son locus correspondant au
fichier donné
-V|--verbeux
inclure toutes les sous-fonctionnalités du locus (gènes, ARN, etc.) dans la sortie GFF3 ; défaut
n'inclut que les caractéristiques de locus
Options de saisie :
-f|--filtre : TYPE
liste de types d'entités séparés par des virgules à utiliser dans la construction de loci/iLoci ; la valeur par défaut est
'gène'
-p|--parent : CT:PT
si une entité de type $CT existe sans parent, créez un parent pour cette entité
avec le type $PT ; par exemple, mRNA:gene créera une caractéristique de gène en tant que parent pour
toute caractéristique d'ARNm de haut niveau ; cette option peut être spécifiée plusieurs fois
-u|--pseudo
corriger les pseudogènes étiquetés par erreur
Utiliser locuspocus en ligne en utilisant les services onworks.net
