Il s'agit de la commande macs2_bdgdiff qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
macs2_bdgdiff - Analyse basée sur un modèle pour le séquençage de puces
DESCRIPTION
utilisation : macs2 bdgdiff [-h] --t1 T1BDG --t2 T2BDG --c1 C1BDG --c2 C2BDG
[-C COUPURE] [-l MINLEN] [-g MAXGAP] [--d1 PROFONDEUR1]
[--d2 PROFONDEUR2] [--outdir OUTDIR] (--o-préfixe OPRÉFIX | -o DOSSIBILITÉ DOSSIER DOSSIER)
facultatif arguments:
-h, --Aidez-moi
afficher ce message d'aide et quitter
--t1 T1BDG
Lit d'empilement MACSGraphique pour la condition 1. Incompatible avec callpeak --SPMR sortie.
REQUIS
--t2 T2BDG
Lit d'empilement MACSGraphique pour la condition 2. Incompatible avec callpeak --SPMR sortie.
REQUIS
--c1 C1BDG
MACS control lambda bedGraphique pour la condition 1. Incompatible avec callpeak --SPMR
sortir. OBLIGATOIRE
--c2 C2BDG
MACS control lambda bedGraphique pour la condition 2. Incompatible avec callpeak --SPMR
sortir. OBLIGATOIRE
-C COUPER, --couper COUPER
coupure logLR. PAR DÉFAUT : 3 (rapport de vraisemblance=1000)
-l MINLEN, --min-len MINLE
Longueur minimale de la région différentielle. Essayez une valeur plus élevée pour supprimer les petites régions.
PAR DÉFAUT : 200
-g MAXGAP, --max-écart ÉCART MAX
Écart maximum pour fusionner les régions différentielles voisines. Envisagez un écart plus large pour de larges
Des marques. L'écart maximum doit être inférieur à la longueur minimum (-g). PAR DÉFAUT : 100
--d1 PROFONDEUR1, --profondeur1 PROFONDEUR1
Profondeur de séquençage (nombre de lectures non redondantes en millions) pour la condition 1. Elle sera
utilisé avec --d2. Voir la description pour --d2 ci-dessous pour savoir comment les attribuer.
Par défaut: 1
--d2 PROFONDEUR2, --profondeur2 PROFONDEUR2
Profondeur de séquençage (nombre de lectures non redondantes en millions) pour la condition 2. Elle sera
utilisé avec --d1. DEPTH1 et DEPTH2 seront utilisés pour calculer la mise à l'échelle
facteur pour chaque échantillon, pour réduire l'échantillon plus grand au niveau du plus petit.
Par exemple, en comparant 10 millions de condition 1 et 20 millions de condition 2, utilisez
--d1 10 --d2 20, puis la valeur d'empilement dans bedGraph pour la condition 2 sera divisée par
2. Par défaut : 1
--répertoire extérieur EXTÉRIEUR
Si spécifié, tous les fichiers de sortie seront écrits dans ce répertoire. Par défaut : le
répertoire de travail actuel
--o-préfixe OPRÉFIX
Préfixe du fichier de sortie. Les fichiers réels seront nommés PREFIX_cond1.bed,
PREFIX_cond2.bed et PREFIX_common.bed. En exclusivité mutuelle avec -o/--fichier.
-o DOSSIERE FERMETURE FERMETURE, --offile FERMETURE FERMETURE FERMETURE
Noms de fichiers de sortie. Doit donner trois arguments dans l'ordre : 1. fichier pour les régions uniques dans
état 1 ; 2. fichier pour les régions uniques dans la condition 2; 3. fichier pour les régions communes
dans les deux conditions. Remarque : mutuellement exclusif avec --o-préfixe.
Utilisez macs2_bdgdiff en ligne à l'aide des services onworks.net
