Il s'agit de la commande macs2_bdgopt qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
macs2_bdgopt - Analyse basée sur un modèle pour le séquençage de puces
DESCRIPTION
utilisation : macs2 bdgopt [-h] -i IFILE [-m {multiplier,ajouter,p2q}]
[-p [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]]] [--outdir REPSORT] -o
DOSSIER
optionnel arguments:
-h, --Aidez-moi
afficher ce message d'aide et quitter
-i FICHIERS, --fichier FICHIERS
Score MACS dans bedGraph. Remarque : il doit s'agir d'un fichier bedGraph couvrant TOUT
génome. OBLIGATOIRE
-m {multiplier,ajouter,p2q}, --méthode {multiplier,ajouter,p2q}
Méthode pour modifier la colonne de score du fichier bedGraph. Les choix disponibles sont :
multiplier, additionner ou p2q. 1) multiplier, l'EXTRAPARAM est obligatoire et sera
multiplié par la colonne de score. Si vous avez l'intention de diviser la colonne de score par X, utilisez
valeur de 1/X comme EXTRAPARAM. 2) ajouter, l'EXTRAPARAM est requis et sera ajouté à
la colonne des scores. Si vous avez l'intention de soustraire la colonne de score par X, utilisez la valeur de -X
comme EXTRAPARAM. 3) p2q, cela convertira les scores de valeur p en scores de valeur q en utilisant
Processus Benjamini-Hochberg. L'EXTRAPARAM n'est pas nécessaire. Cette méthode suppose
les notes sont -log10 valeur p de MACS2. Tout autre type de score entraînera
erreurs inattendues.
-p [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM...]], --paramètres supplémentaires [EXTRAPARAMME [EXTRAPARAM ...]]
Le paramètre supplémentaire pour METHOD. Vérifiez le détail de -m option.
--répertoire extérieur EXTÉRIEUR
Si spécifié, tous les fichiers de sortie seront écrits dans ce répertoire. Par défaut : le
répertoire de travail actuel
-o DOSSIERS, --offile DOSSIER
Nom du fichier de sortie BEDGraph.
Utilisez macs2_bdgopt en ligne à l'aide des services onworks.net
