maqview - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

Maqview - Indexeur et visualiseur d'alignement Maq

SYNOPSIS

index maq -i|-v|-b [-c in.cns] dans.map [chr[:Commencer[-fin]] [...]]

vue maq [-c in.cns] dans.map

DESCRIPTION

Vue maq est un ensemble de programmes qui permet un accès aléatoire rapide au fichier d'alignement
généré par `mais Q map', et affiche l'alignement avec une belle interface graphique (Graphical User
Interface). Il est très efficace en termes de vitesse, de mémoire et d'utilisation du disque. Vue maq est basé sur
OpenGL et est connu pour fonctionner à la fois sur Mac OS X et Linux. Le portage vers Windows est en principe
facile.

index maq
index maq -i|-v|-b [-c in.cns] dans.map [chr[:Commencer[-fin]] [...]]

-i Indexer le fichier d'alignement

-v Imprimer l'alignement dans la région spécifiée au format `maq mapview'

-b Videz l'alignement dans la région spécifiée au format binaire .map

-c DOSSIER Indexer le fichier de consensus Maq pour l'afficher dans maqview en même temps

Programme index maq indexe un fichier d'alignement maq dans.map ou récupère rapidement toutes les lectures dans
une ou plusieurs régions. Un des -i, -v ainsi que -b doit être utilisé. Pour -v or -b, au moins un
Une région comme `chrX', `chrX:1000' ou `chrX:1,000-2,000' doit être spécifiée. Plusieurs régions
sont autorisés.

vue maq
vue maq [-c in.cns] dans.map

-c DOSSIER Le dossier de consensus Maq

Programme vue maq affiche l'alignement de lecture dans une fenêtre graphique. Lorsque in.cns is
spécifié, la séquence du haut est la référence, suivie de la séquence consensus Maq ;
sinon, le consensus de la règle majoritaire sera calculé.

Maqview a deux vues : la vue séquence et la vue boîte. Dans la vue des séquences, lisez les séquences
sera imprimé à l'écran. Les bases plus foncées indiquent les qualités de base inférieures et les rouges
montrer les différences par rapport à la référence si in.cns est spécifié ou au
consensus de la règle de la majorité sinon. Dans la vue boîte, différents types de nucléotides sont
représentés sous forme de cases de couleur avec du vert pour A, du cyan pour C, de l'orange pour G, du rouge pour T et du foncé
gris pour N. La saturation des couleurs indique les qualités de base et les lignes d'épaisseur
des lectures montre les qualités de mappage des alignements de lecture. Le zoom avant/arrière est pris en charge uniquement
dans la vue de la boîte. Dans les deux vues, la barre d'état au bas de la fenêtre affichera certains
informations sur les touches et lisez les noms et les qualités de base pointées par la souris.

La navigation dans l'alignement est accomplie par différentes combinaisons de touches.

· Raccourcis clavier:

? Afficher l'aide
Sortir
Vue séquence
Vue boîte
p Passer à la séquence de référence précédente
n Passer à la séquence de référence suivante
Rafraîchir

Déplacez-vous vers la position indiquée par
h/ Se déplacer d'une base à gauche
l/ Se déplacer d'une base à droite
k/ Remonter d'une ligne
j/ Descendre d'une ligne
> Passer à la lecture suivante
< Passer à la lecture précédente
g / Se déplacer au début de la référence actuelle
G / Aller à la fin de la référence courante
vous / Se déplacer d'une page à gauche
/ Déplacer vers la droite d'une page
Déplacez-vous de 100 bases
Déplacez-vous de 1000 bases

+ Ajouter une nouvelle vue
- Supprimer la vue actuelle

Activer/désactiver le défilement automatique vers la droite
^b Activer/désactiver le défilement automatique vers la gauche
+ Zoom avant
- Dézoomer
0 Zoom sur l'échelle par défaut
q Activer/masquer les qualités de mappage
e Basculer l'affichage des qualités de mappage SE/PE
o Ouvrir un nouveau fichier d'alignement

· Saisissez un nombre entier puis appuyez sur pour sauter à la position requise.

· Saisissez un nombre entier puis appuyez sur une touche autre que pour accélérer le défilement par le
facteur spécifié.

· Faites un clic gauche et faites glisser la croix jaune dans le carré pour vous déplacer le long de la séquence. Droit
cliquez sur la référence pour mettre une colonne en surbrillance.

Utiliser maqview en ligne à l'aide des services onworks.net