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mauveToXMFA - En ligne dans le Cloud

Exécutez mauveToXMFA dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks sur Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS

Il s'agit de la commande mauveToXMFA qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS

PROGRAMME:

PRÉNOM


addUnalignedIntervals - partie du package mauveAligner
AlignementProjector - partie du package mauveAligner
backbone_global_to_local - partie du paquet mauveAligner
bbAnalyze - fait partie du package mauveAligner
createBackboneMFA - partie du package mauveAligner
getAlignmentWindows - partie du package mauveAligner
getOrthologList - partie du package mauveAligner
makeBadgerMatrix - partie du package mauveAligner
mauveToXMFA - partie du package mauveAligner
mfa2xmfa - partie du package mauveAligner
projectAndStrip - partie du package mauveAligner
randomGeneSample - partie du package mauveAligner
scoreAlignment - fait partie du package mauveAligner
stripGapColumns - partie du package mauveAligner
stripSubsetLCBs - partie du package mauveAligner
toGrimmFormat - fait partie du package mauveAligner
toMultiFastA - fait partie du package mauveAligner
toRawSequence - partie du package mauveAligner
uniqueMerCount - fait partie du package mauveAligner
uniquifyTrees - partie du package mauveAligner
xmfa2maf - partie du package mauveAligner

DESCRIPTION


Ces outils appartiennent au package mauveAligner. Ils ne sont pas explicitement documentés mais
impriment une ligne de synthèse qui est répétée ici.

addUnalignedIntervals <input intervalle fichier> <output intervalle fichier>

alignementProjecteur <input xmfa> <output xmfa> <mfa suivants saisie> <mfa suivants sortie> <list of
séquences à comprendre, starting at 0>

backbone_global_to_local <xmfa fichier> <backbone fichier> <output fichier>

bbAnalyser <xmfa fichier> <guide arbre> <backbone seqpos fichier> <backbone avec fichier> <annotated
suivants index> <output fichier>

l'index de séquence annoté commence à 0.

createBackboneMFA <input intervalle fichier> <output MAE nom>

getAlignmentWindows <XMFA alignement> <window longueur> <window décalage montant> <base sortie
nom de fichier>

getOrthologList getOrthologList <input xmfa> <backbone suivants fichier> <reference génome> <CDS
orthologue nom de fichier> <CDS alignement base nom>

faireBadgerMatrix faireBadgerMatrix <input xmfa> <output blaireau fichier> <LCB coordonner fichier>

mauveVersXMFA mauveVersXMFA <Mauve Alignement saisie> <XMFA sortie>

mfa2xmfa <MFA alignement saisie> <XMFA alignement sortie> [Non aligné RapideA sortir]

projetEtStrip <input xmfa> <output xmfa> ...

Les identifiants de séquence numérique commencent à 0.

aléatoireGèneÉchantillon <input xmfa> <backbone suivants fichier> <sample génome> <number of gènes>
<output base nom> [Aléatoire la graine]

scoreAlignement <correct alignement> <calculated alignement> [évolué séquence déposer] [slagan]

bandeGapColonnes <input XMFA> <output XMFA>

stripSubsetLCBs <input xmfa> <input bbcols> <output xmfa> [min LCB Taille] [min génomes]
[au hasard sous-échantillon à X ko]

versGrimmFormat <Mauve Alignement> <genome 1 chr longueurs>... N chr longueurs>

versMultiFastA <input intervalle fichier> <output base nom>

toRawSequence <input séquence> <output fichier>

uniqueMerCount <Sorted Mer Liste>

uniquifyArbres <nexus contribution fichier> <nexus sortie fichier>

Tous les arbres du fichier d'entrée doivent avoir le même nombre de taxons et le même taxon
qui

xmfa2maf <xmfa saisie> <maf sortie>

Utilisez mauveToXMFA en ligne en utilisant les services onworks.net


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