Il s'agit de la commande mcmc_analysis qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
mcmc_analysis - Analyse du MCMC
SYNOPSIS
analyse_mcmc [OPTIONS] Données MCMC
DESCRIPTION
Ce programme lit la sortie MCMC, à partir d'un ou plusieurs fichiers, à partir de programmes dans le BEEP
emballer. Il est important que les mêmes colonnes soient présentes dans chaque fichier d'entrée.
Format d'entrée:
Sortie des itérations MCMC sur le format
De
est le logarithme de la vraisemblance au format flottant
est un espace de tabulation séparant les champs
est un entier pour l'ordinal de l'itération
est une liste de champs séparés par des points-virgules contenant
les paramètres du MCMC.
Les paramètres MCMC sont tapés et nommés par la première ligne du fichier,
qui est au format
# L N [ ( )]+
Les noms doivent être uniques, mais ne doivent pas nécessairement l'être. Les est une
of
flotter
flotteur
entier
arbre
orthologiepaires
et utilisé pour déduire comment analyser et analyser le reste des lignes.
Format de sortie:
Un rapport sur la course MCMC, avec des estimations postérieures des paramètres.
OPTIONS
-b [FLOTTEUR|INT]
Le pourcentage (0 <= x <1), ou le nombre de (x est un entier >= 1) de l'entrée à
jeté comme burnin. Par défaut : 0.1.
-p STRING
Tracer le paramètre nommé . La sortie est de deux colonnes, le numéro d'itération et
la valeur du paramètre dans l'itération.
-i STRING
Ignorez le paramètre nommé. Voir la ligne d'en-tête dans la sortie MCMC pour les noms de colonne. Tu
peut nommer plusieurs colonnes à la fois en utilisant un format délimité par des virgules, (par exemple -i
Longueur, Nom). Aucun espace autorisé entre les noms de colonnes.
-t Sortie LaTex pour l'analyse.
-l Comptez et rapportez le nombre d'échantillons dans le fichier d'entrée.
-mp NT Le nombre maximum de points à tracer.
-sp Indiquez explicitement les points dans les graphiques.
-coda Fichier de sortie pour le package CODA en R
-arbres coda
Identique à -coda, mais inclut des paramètres d'arborescence. Chaque arbre est généré sous forme d'ID entier
(ordre de visite en chaîne, 1,2,...). Assurez-vous d'utiliser -i pour masquer les arbres
contenant les longueurs/temps/taux.
-P Chaînes parallèles. Cela implique que plusieurs fichiers d'échantillons (parallèles) sont répertoriés.
URL
La page d'accueil de prime-phylo : http://prime.sbc.su.se
Utilisez mcmc_analysis en ligne en utilisant les services onworks.net
