mia-2dmyomilles - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

mia-2dmyomilles - Exécute un enregistrement d'une série d'images 2D.

SYNOPSIS

mia-2dmyomilles -i -o [choix]

DESCRIPTION

mia-2dmyomilles Ce programme est utilisé pour exécuter une version modifiée de l'ICA basé
l'approche d'enregistrement décrite dans Milles et al. 'Correction de mouvement entièrement automatisée dans
Séquences d'images IRM de perfusion myocardique de premier passage, Trans. Méd. Imagerie., 27(11),
1611-1621, 2008. Les modifications incluent l'extraction du mouvement quasi-périodique en libre
des ensembles de données acquis rapidement et la possibilité d'exécuter un enregistrement affine ou rigide à la place
de l'optimisation des traductions uniquement.

OPTIONS

Fichier-IO
-i --in-file=(entrée, requise); chaîne de caractères
jeu de données de perfusion d'entrée

-o --out-file=(sortie, requise); chaîne de caractères
ensemble de données de perfusion de sortie

-r --enregistré=
base de nom de fichier pour les fichiers enregistrés

--save-références=
enregistrer des images de référence synthétiques dans cette base de fichiers

--save-recadré=
enregistrer l'ensemble d'images recadrées dans ce fichier

--save-fonctionnalité=
enregistrer les images de caractéristiques issues de l'ICA et quelques images intermédiaires
utilisé pour la segmentation RV-LV avec la base de nom de fichier donnée aux fichiers PNG.
Enregistrez également les coefficients du meilleur mélange initial et final du CI
matrice.

d’aide & Info
-V --verbose=avertissement
verbosité de la sortie, imprimer des messages de niveau donné et de priorités plus élevées.
Les priorités prises en charge à partir du niveau le plus bas sont :
info ‐ Messages de bas niveau
tracer ‐ Trace d'appel de fonction
échouer ‐ Signaler les échecs des tests
avertissement - Mises en garde
erreur - Signaler les erreurs
déboguer ‐ Sortie de débogage
message ‐ Messages normaux
fatal ‐ Ne signaler que les erreurs fatales

--droits d'auteur
imprimer les informations de copyright

-h --aide
imprimer cette aide

- ? --usage
imprimer une courte aide

--version
imprimer le numéro de version et quitter

ICA
-C --composants=0
Composantes ICA 0 = estimation automatique Composantes ICA 0 = automatique
estimation

--normaliser
circuits intégrés normalisés

--no-meantrip
ne pas enlever la moyenne des courbes de mélange

-g --deviner
utiliser la supposition initiale pour la perfusion myocardique

-s --segscale=1.4
segmenter et mettre à l'échelle la zone de recadrage autour du segment LV (0=pas de segmentation) et
redimensionner la zone de recadrage autour du LV (0=pas de segmentation)

-k --skip = 0
sauter les images au début de la série car elles sont d'autres
les modalités ignorent les images au début de la série car elles sont d'autres
modalités

-m --max-ica-iter=400
nombre maximum d'itérations dans ICAnombre maximum d'itérations dans ICA

-E --segmethod=caractéristiques
Méthode de segmentation
delta-pic ‐ différence des images d'amélioration de pic
Caractéristiques - des images de vedette
delta-fonctionnalité ‐ différence des images caractéristiques

En cours
--threads = -1
Nombre maximum de threads à utiliser pour le traitement, ce nombre doit être inférieur
ou égal au nombre de cœurs de processeur logique dans la machine. (-1:
estimation automatique).Nombre maximum de threads à utiliser pour le traitement,Ceci
doit être inférieur ou égal au nombre de cœurs de processeur logique dans
la machine. (-1 : estimation automatique).

Inscription
-c --coût=ssd
critère d'inscription

-O --optimizer=gsl:opt=simplex,step=1.0
Optimiseur utilisé pour la minimisationOptimiseur utilisé pour la minimisation Pour
plugins pris en charge voir PLUGINS:minimizer/singlecost

-f --transForm=rigide
type de transformationtype de transformation Pour les plugins pris en charge, voir
PLUGINS:2dimage/transformer

-l --mg-niveaux=3
niveaux multi-résolutionniveaux multi-résolution

-R --référence=-1
La référence globale sur laquelle toutes les images doivent être alignées. Si défini sur une valeur non négative
valeur, les images seront alignées sur ces références et la sortie recadrée
la date de l'image sera injectée dans les images originales. Partez à -1 si vous
ne vous en souciez pas. Dans ce cas, toutes les images doivent être enregistrées à une position moyenne de
la référence movementGlobal sur laquelle toutes les images doivent être alignées. Si réglé sur un
valeur non négative, les images seront alignées sur ces références, et le
la date de l'image de sortie recadrée sera injectée dans les images d'origine. Laisser
à -1 si vous ne vous en souciez pas. Dans ce cas, toutes les images doivent être enregistrées dans un
position moyenne du mouvement

-P --passe=2
laissez-passer d'enregistrement laissez-passer d'enregistrement

PLUGINS : 1j/splinebc

miroir Conditions aux limites d'interpolation de spline qui se reflètent sur la limite

(pas de paramètres)

répéter Conditions aux limites d'interpolation de spline qui répètent la valeur à la limite

(pas de paramètres)

zéro Conditions aux limites d'interpolation spline qui supposent zéro pour les valeurs extérieures

(pas de paramètres)

PLUGINS : 1j/splinekernel

bspline Création du noyau B-spline, les paramètres pris en charge sont :

d = 3 ; entier dans [0, 5]
Degré de spline.

mamans Création du noyau OMoms-spline, les paramètres pris en charge sont :

d = 3 ; entier dans [3, 3]
Degré de spline.

PLUGINS : 2dimage/transformer

affiner Transformation affine (six degrés de liberté)., les paramètres pris en charge sont :

frontière img = miroir ; usine
conditions aux limites d'interpolation d'images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinebc

imgnoyau = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolateur d'image. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

rigide Transformations rigides (c'est-à-dire rotation et translation, trois degrés de
liberté)., les paramètres pris en charge sont :

frontière img = miroir ; usine
conditions aux limites d'interpolation d'images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinebc

imgnoyau = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolateur d'image. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

centre de pourriture = [[0,0]] ; 2dfvector
Le centre de rotation relatif, c'est-à-dire <0.5,0.5> correspond au centre du
rectangle de soutien.

rotation Transformations de rotation (c'est-à-dire rotation autour d'un centre donné, un degré de
liberté)., les paramètres pris en charge sont :

frontière img = miroir ; usine
conditions aux limites d'interpolation d'images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinebc

imgnoyau = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolateur d'image. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

centre de pourriture = [[0,0]] ; 2dfvector
Le centre de rotation relatif, c'est-à-dire <0.5,0.5> correspond au centre du
rectangle de soutien.

spline Transformation de forme libre qui peut être décrite par un ensemble de coefficients B-spline
et un noyau B-spline sous-jacent., les paramètres pris en charge sont :

aniser = [[0,0]] ; 2dfvector
taux de coefficient anisotrope en pixels, les valeurs non positives seront
écrasé par la valeur 'rate'.

frontière img = miroir ; usine
conditions aux limites d'interpolation d'images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinebc

imgnoyau = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolateur d'image. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

kernel = [bspline:d=3] ; usine
noyau spline de transformation. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

peine = ; usine
Terme de pénalité de transformation. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 2dtransform/spline pénalité

taux = 10 ; flotter dans [1, inf)
taux de coefficient isotrope en pixels.

traduire Traduction uniquement (deux degrés de liberté), les paramètres pris en charge sont :

frontière img = miroir ; usine
conditions aux limites d'interpolation d'images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinebc

imgnoyau = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolateur d'image. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

vf Ce plug-in implémente une transformation qui définit une traduction pour chaque
point de la grille définissant le domaine de la transformation., pris en charge
les paramètres sont :

frontière img = miroir ; usine
conditions aux limites d'interpolation d'images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinebc

imgnoyau = [bspline:d=3] ; usine
noyau d'interpolateur d'image. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

PLUGINS : 2dtransform/splinepénalité

diviser divcurl pénalité sur la transformation, les paramètres pris en charge sont :

boucle = 1 ; flotter dans [0, inf)
poids de pénalité sur curl.

div = 1 ; flotter dans [0, inf)
poids de pénalité sur divergence.

norme = 0 ; bobo
Mis à 1 si la pénalité doit être normalisée par rapport à l'image
Taille.

poids = 1 ; flotter dans (0, inf)
poids de l'énergie de pénalité.

PLUGINS : minimiseur/coût unique

gda Descente de gradient avec correction automatique de la taille du pas., les paramètres pris en charge sont :

folr = 0 ; double dans [0, inf)
Arrêtez si l'évolution relative du critère est en dessous.

max-pas = 2 ; doubler (0, inf)
Taille de pas absolue maximale.

maximum = 200 ; uint dans [1, inf)
Critère d'arrêt : le nombre maximum d'itérations.

min-pas = 0.1 ; doubler (0, inf)
Taille de pas absolue minimale.

Xtola = 0.01 ; double dans [0, inf)
Arrêtez si la norme inf du changement appliqué à x est en dessous de cette valeur.

gdsq Descente de gradient avec estimation du pas quadratique, les paramètres pris en charge sont :

folr = 0 ; double dans [0, inf)
Arrêtez si l'évolution relative du critère est en dessous.

gtola = 0 ; double dans [0, inf)
Arrêtez si la norme inf du gradient est en dessous de cette valeur.

maximum = 100 ; uint dans [1, inf)
Critère d'arrêt : le nombre maximum d'itérations.

escaliers = 2 ; doubler (1, inf)
Mise à l'échelle de la taille de pas fixe de secours.

étape = 0.1 ; doubler (0, inf)
Taille du pas initial.

Xtola = 0 ; double dans [0, inf)
Arrêtez-vous si la norme inf de x-update est inférieure à cette valeur.

gsl plugin d'optimisation basé sur les optimiseurs multimin de la bibliothèque scientifique GNU
(GSL) https://www.gnu.org/software/gsl/, les paramètres pris en charge sont :

eps = 0.01 ; doubler (0, inf)
optimiseurs basés sur le gradient : s'arrêter lorsque |grad| < eps, simplex : s'arrêter quand
taille simplex < eps..

iter = 100 ; uint dans [1, inf)
nombre maximal d'itérations.

opter = gd ; dict
Optimiseur spécifique à utiliser. Les valeurs prises en charge sont :
bfg ‐ Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann
bfgs2 ‐ Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann (version la plus efficace)
cg-fr ‐ Algorithme de gradient conjugué de Flecher-Reeves
gd - Descente graduelle.
simplex ‐ Algorithme simplex de Nelder et Mead
cg-pr ‐ Algorithme de gradient conjugué de Polak-Ribiere

étape = 0.001 ; doubler (0, inf)
taille de pas initiale.

tol = 0.1 ; doubler (0, inf)
certains paramètres de tolérance.

nlop Algorithmes de minimisation utilisant la bibliothèque NLOPT, pour une description des
optimiseurs s'il vous plaît voir 'http://ab-
initio.mit.edu/wiki/index.php/NLopt_Algorithms', les paramètres pris en charge sont :

ftola = 0 ; double dans [0, inf)
Critère d'arrêt : la variation absolue de la valeur objectif est inférieure
cette valeur.

folr = 0 ; double dans [0, inf)
Critère d'arrêt : la variation relative de la valeur objectif est inférieure
cette valeur.

augmentation = inf ; double
Limite supérieure (égale pour tous les paramètres).

opt-local = aucun ; dict
algorithme de minimisation local qui peut être requis pour le principal
algorithme de minimisation. Les valeurs prises en charge sont :
gn-orig-direct-l ‐ Division de rectangles (implémentation originale,
biaisé localement)
gn-direct-l-noscal ‐ Rectangles divisants (non mis à l'échelle, biaisés localement)
gn-isres ‐ Amélioration de la stratégie d'évolution du classement stochastique
ld-tnewton ‐ Newton tronqué
gn-direct-l-rand ‐ Division de rectangles (localement biaisée, randomisée)
ln-newuoa ‐ Optimisation sans contrainte et sans dérivée par itération
Approximation quadratique construite
gn-direct-l-rand-noscale ‐ Rectangles divisants (non mis à l'échelle, localement
biaisé, randomisé)
gn-orig-direct ‐ Division de rectangles (implémentation originale)
ld-tnewton-précond ‐ Newton tronqué préconditionné
ld-tnewton-redémarrer ‐ Newton tronqué avec redémarrage en descente la plus raide
gn-direct ‐ Division de rectangles
In-neldermead ‐ Algorithme du simplexe de Nelder-Mead
ln-cobyla ‐ Optimisation Contrainte PAR Approximation Linéaire
gn-crs2-lm ‐ Recherche aléatoire contrôlée avec mutation locale
ld-var2 ‐ Métrique variable à mémoire limitée décalée, rang 2
ld-var1 ‐ Métrique variable à mémoire limitée décalée, rang 1
ld-mma ‐ Méthode de déplacement des asymptotes
ld-lbfgs-nocedal - Rien
ld-lbfgs ‐ BFGS à faible stockage
gn-direct-l ‐ Division de rectangles (localement biaisée)
aucun ‐ ne pas spécifier d'algorithme
ln-bobyqa ‐ Optimisation contrainte-limitée sans dérivée
ln-sbplx ‐ Variante Subplex de Nelder-Mead
ln-newuoa-lié ‐ Optimisation contrainte-limitée sans dérivée par
Approximation quadratique construite de manière itérative
en pratique ‐ Optimisation locale sans gradient via l'axe principal
Method
gn-direct-noscal ‐ Division de rectangles (sans échelle)
ld-tnewton-precond-restart ‐ Newton tronqué préconditionné avec
redémarrage de la descente la plus raide

baisser = -inf; double
Limite inférieure (égale pour tous les paramètres).

maximum = 100 ; int dans [1, inf)
Critère d'arrêt : le nombre maximum d'itérations.

opter = ld-lbfgs ; dict
algorithme de minimisation principal. Les valeurs prises en charge sont :
gn-orig-direct-l ‐ Division de rectangles (implémentation originale,
biaisé localement)
g-mlsl-lds ‐ Liaison unique à plusieurs niveaux (séquence à faible écart,
nécessitent une optimisation et des limites basées sur le gradient local)
gn-direct-l-noscal ‐ Rectangles divisants (non mis à l'échelle, biaisés localement)
gn-isres ‐ Amélioration de la stratégie d'évolution du classement stochastique
ld-tnewton ‐ Newton tronqué
gn-direct-l-rand ‐ Division de rectangles (localement biaisée, randomisée)
ln-newuoa ‐ Optimisation sans contrainte et sans dérivée par itération
Approximation quadratique construite
gn-direct-l-rand-noscale ‐ Rectangles divisants (non mis à l'échelle, localement
biaisé, randomisé)
gn-orig-direct ‐ Division de rectangles (implémentation originale)
ld-tnewton-précond ‐ Newton tronqué préconditionné
ld-tnewton-redémarrer ‐ Newton tronqué avec redémarrage en descente la plus raide
gn-direct ‐ Division de rectangles
auglag-eq ‐ Algorithme lagrangien augmenté avec contraintes d'égalité
uniquement
In-neldermead ‐ Algorithme du simplexe de Nelder-Mead
ln-cobyla ‐ Optimisation Contrainte PAR Approximation Linéaire
gn-crs2-lm ‐ Recherche aléatoire contrôlée avec mutation locale
ld-var2 ‐ Métrique variable à mémoire limitée décalée, rang 2
ld-var1 ‐ Métrique variable à mémoire limitée décalée, rang 1
ld-mma ‐ Méthode de déplacement des asymptotes
ld-lbfgs-nocedal - Rien
g-mlsl ‐ Multi-Level Single-Linkage (nécessite une optimisation locale et
bornes)
ld-lbfgs ‐ BFGS à faible stockage
gn-direct-l ‐ Division de rectangles (localement biaisée)
ln-bobyqa ‐ Optimisation contrainte-limitée sans dérivée
ln-sbplx ‐ Variante Subplex de Nelder-Mead
ln-newuoa-lié ‐ Optimisation contrainte-limitée sans dérivée par
Approximation quadratique construite de manière itérative
août ‐ Algorithme lagrangien augmenté
en pratique ‐ Optimisation locale sans gradient via l'axe principal
Method
gn-direct-noscal ‐ Division de rectangles (sans échelle)
ld-tnewton-precond-restart ‐ Newton tronqué préconditionné avec
redémarrage de la descente la plus raide
ld-slsqp ‐ Programmation séquentielle des moindres carrés quadratique

étape = 0 ; double dans [0, inf)
Taille du pas initial pour les méthodes sans gradient.

Arrêtez = -inf; double
Critère d'arrêt : la valeur de la fonction est inférieure à cette valeur.

Xtola = 0 ; double dans [0, inf)
Critère d'arrêt : le changement absolu de toutes les valeurs x est inférieur à ce
valeur.

xtolr = 0 ; double dans [0, inf)
Critère d'arrêt : le changement relatif de toutes les valeurs x est inférieur à ce
valeur.

EXEMPLE

Enregistrez la série de perfusion donnée dans 'segment.set' en utilisant l'estimation ICA automatique.
Sautez deux images au début et sinon utilisez les paramètres par défaut. Stocker le
résultat dans 'registered.set'.

mia-2dmyomilles -i segment.set -o registration.set -k 2

Auteurs)

Gert Wollny

DROIT D'AUTEUR

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