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mia-2dseries2dordermedian - En ligne dans le Cloud

Exécutez mia-2dseries2dordermedian dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks sur Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS

Il s'agit de la commande mia-2dseries2dordermedian qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS

PROGRAMME:

PRÉNOM


mia-2dseries2dordermedian - Évaluer la dérivée du 2ème ordre de la médiane temps-intensité d'un
série.

SYNOPSIS


mia-2dseries2dordermédiane -i -o [choix]

DESCRIPTION


mia-2dseries2dordermédiane Ce programme évalue la médiane au niveau des pixels de l'absolu
valeurs de la dérivée temporelle d'ordre 2 filtrée en gauss d'une série d'images. Dans
De plus, il peut être utilisé pour produire la courbe temps-intensité d'un pixel donné. Le programme
prend en charge le pré-filtrage spatial par tranche en donnant des filtres supplémentaires en tant que paramètres libres
(filtre/2dimage).

OPTIONS


-i --in-file=(entrée, requise); chaîne de caractères
jeu de segmentation d'entrée

-o --out-file=(sortie, requise); io
nom de l'image de sortie Pour les types de fichiers pris en charge, voir PLUGINS:2dimage/io

-k --skip = 0
Ignorer les fichiers au début Ignorer les fichiers au début

-e --enlarge-boundary=5
Agrandir la cropbox par nombre de pixelsAgrandir la cropbox par nombre de pixels

-c --culture
recadrer l'image avant d'exécuter les statistiques

-g --gauss=1
largeur du filtre de Gauss pour le lissage du gradient largeur du filtre de Gauss pour le lissage
le dégradé

--itc-fichier=
fichier de sortie de courbe de temps d'intensité

--itc-loc=[0,0]
sortie de la courbe de temps d'intensité coordonnées en pixels sortie de la courbe de temps d'intensité
coordonnées des pixels

Aide & Information
-V --verbose=avertissement
verbosité de la sortie, imprimer des messages de niveau donné et de priorités plus élevées.
Les priorités prises en charge à partir du niveau le plus bas sont :
info ‐ Messages de bas niveau
tracer ‐ Trace d'appel de fonction
échouer ‐ Signaler les échecs des tests
avertissement - Mises en garde
erreur - Signaler les erreurs
déboguer ‐ Sortie de débogage
message ‐ Messages normaux
fatal ‐ Ne signaler que les erreurs fatales

--droits d'auteur
imprimer les informations de copyright

-h --aide
imprimer cette aide

- ? --usage
imprimer une courte aide

--version
imprimer le numéro de version et quitter

Traitement & Expédition
--threads = -1
Nombre maximum de threads à utiliser pour le traitement, ce nombre doit être inférieur
ou égal au nombre de cœurs de processeur logique dans la machine. (-1:
estimation automatique).Nombre maximum de threads à utiliser pour le traitement,Ceci
doit être inférieur ou égal au nombre de cœurs de processeur logique dans
la machine. (-1 : estimation automatique).

PLUGINS : 1j/noyau spatial


Cdiff Noyau de filtre de différence centrale, des conditions aux limites de miroir sont utilisées.

(pas de paramètres)

Gauss noyau de filtre de Gauss spatial, les paramètres pris en charge sont :

w = 1 ; uint dans [0, inf)
demi-largeur de filtre.

PLUGINS : 1j/splinekernel


bspline Création du noyau B-spline, les paramètres pris en charge sont :

d = 3 ; entier dans [0, 5]
Degré de spline.

mamans Création du noyau OMoms-spline, les paramètres pris en charge sont :

d = 3 ; entier dans [3, 3]
Degré de spline.

PLUGINS : 2dimage/combinateur


absdiff Combineur d'images 'absdiff'

(pas de paramètres)

ajouter Combineur d'images 'ajouter'

(pas de paramètres)

div Combineur d'images 'div'

(pas de paramètres)

mul Combineur d'images 'mul'

(pas de paramètres)

dessous Combineur d'images 'sous'

(pas de paramètres)

PLUGINS : 2dimage/filtre


adapté Filtre médian adaptatif d'image 2D, les paramètres pris en charge sont :

w = 2 ; int dans [1, inf)
demi-largeur de filtre.

méditer Un filtre moyen adaptatif qui fonctionne comme un filtre moyen normal, si l'intensité
la variation dans le masque filtrant est plus faible que la variation d'intensité dans le
image entière, que le utilise une formule spéciale si la variation locale est plus élevée
puis la variation d'intensité de l'image., les paramètres pris en charge sont :

w = 1 ; int dans [1, inf)
demi-largeur de filtre.

aniso Filtre d'image anisotrope 2D, les paramètres pris en charge sont :

epsilon = 1 ; flotter dans (0, inf)
seuil de changement d'itération.

iter = 100 ; entier dans [1, 10000]
nombre d'itérations.

k = -1; flotter dans [0, 100]
k le seuil de bruit (<=0 -> adaptatif).

n = 8 ; ensemble
quartier. Les valeurs prises en charge sont :( 4, 8, )

psi = tuque; dict
fonction d'arrêt de bord. Les valeurs prises en charge sont :
deviner - tester la fonction d'arrêt
tuckey ‐ fonction d'arrêt tukey
pm1 ‐ fonction d'arrêt 1
pm2 ‐ fonction d'arrêt 2

passe-bande filtre passe-bande d'intensité, les paramètres pris en charge sont :

max = 3.40282e+38 ; flotter
maximum de la bande.

min = 0 ; flotter
minimum de la bande.

binariser filtre de binarisation d'image, les paramètres pris en charge sont :

max = 3.40282e+38 ; flotter
maximum de la plage acceptée.

min = 0 ; flotter
minimum de la plage acceptée.

close proche morphologique, les paramètres pris en charge sont :

allusion = noir ; ensemble
un indice sur le contenu de l'image principale. Les valeurs prises en charge sont :( noir, blanc,
)

forme = [sphère:r=2] ; usine
élément structurant. Pour les plug-ins pris en charge, voir PLUGINS:2dimage/shape

combinateur Combinez deux images avec l'opérateur de combinaison donné. si 'reverse' est réglé sur
false, le premier opérateur est l'image passée à travers le pipeline de filtrage, et
la deuxième image est chargée à partir du fichier donné avec le paramètre 'image' le
au moment où le filtre est exécuté., les paramètres pris en charge sont :

image =(entrée, obligatoire, chaîne)
deuxième image qui est nécessaire dans le combineur.

op =(obligatoire, usine)
Combineur d'images à appliquer aux images. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 2dimage/combinateur

inverser = 0 ; bobo
inverser l'ordre dans lequel les images sont passées au combineur.

convertir filtre de conversion de format de pixel d'image, les paramètres pris en charge sont :

a = 1 ; flotter
paramètre de conversion linéaire a.

b = 0 ; flotter
paramètre de conversion linéaire b.

carte = opter ; dict
mappage de conversion. Les valeurs prises en charge sont :
opter ‐ appliquer une transformation linéaire qui mappe la plage d'entrée réelle sur
toute la plage de sortie
gamme ‐ appliquer une transformation linéaire qui mappe le type de données d'entrée
plage à la plage de type de données de sortie
copie ‐ copier les données lors de la conversion
linéaire ‐ appliquer la transformation linéaire x -> a*x+b
optstat ‐ appliquer une transformation linéaire qui correspond à la moyenne d'entrée et
variation sur toute la plage de sortie

représentant = uoctet ; dict
type de pixel de sortie. Les valeurs prises en charge sont :
aucun ‐ aucun type de pixel défini
flotter - virgule flottante 32 bits
octet ‐ signé 8 bits
longtemps - 64 bits non signé
double - virgule flottante 64 bits
Saint Nicolas ‐ signé 32 bits
ucourt - 16 bits non signé
court ‐ signé 16 bits
uint - 32 bits non signé
long ‐ signé 64 bits
peu - données binaires
uoctet - 8 bits non signé

récolte Recadrer une région d'une image, la région est toujours fixée à l'image d'origine
size., les paramètres pris en charge sont :

fin = [[-1,-1]] ; diffusable
fin de la zone de culture.

Commencez = [[0,0]] ; diffusable
début de la zone de culture.

dilater Filtre de dilatation de pile d'images 2D, les paramètres pris en charge sont :

allusion = noir ; ensemble
un indice sur le contenu de l'image principale. Les valeurs prises en charge sont :( noir, blanc,
)

forme = [sphère:r=2] ; usine
élément structurant. Pour les plug-ins pris en charge, voir PLUGINS:2dimage/shape

distance Filtre de distance d'image 2D, évalue la carte de distance pour un masque binaire.

(pas de paramètres)

bas de gamme Réduisez l'échelle de l'image d'entrée en utilisant une taille de bloc donnée pour définir la réduction d'échelle
facteur. Avant la mise à l'échelle, l'image est filtrée par un filtre de lissage pour
éliminer les données à haute fréquence et éviter les artefacts d'alias., pris en charge
les paramètres sont :

b = [[1,1]] ; 2dbounds
taille de bloc.

bx = 1 ; uint dans [1, inf)
taille de bloc dans la direction x.

by = 1 ; uint dans [1, inf)
taille de bloc dans la direction y.

kernel = gauss; chaîne de caractères
noyau de filtre de lissage à appliquer, la taille du filtre est estimée
basé sur la taille du bloc ..

éroder Filtre d'érosion de la pile d'images 2D, les paramètres pris en charge sont :

allusion = noir ; ensemble
un indice sur le contenu de l'image principale. Les valeurs prises en charge sont :( noir, blanc,
)

forme = [sphère:r=2] ; usine
élément structurant. Pour les plug-ins pris en charge, voir PLUGINS:2dimage/shape

Gauss filtre de Gauss 2D isotrope, les paramètres pris en charge sont :

w = 1 ; int dans [0, inf)
paramètre de largeur de filtre.

gradnorme Image 2D au filtre de norme de gradient, les paramètres pris en charge sont :

normaliser = 0 ; bobo
Normalisez les normes de gradient à la plage [0,1]..

inverser filtre inverseur d'intensité

(pas de paramètres)

kméens Filtre k-means d'image 2D. Dans l'image de sortie, la valeur du pixel représente le
l'appartenance à une classe et les centres de classe sont stockés en tant qu'attribut dans l'image.,
les paramètres pris en charge sont :

c = 3 ; int dans [2, inf)
nombre de cours.

étiquette Étiquetez les composants connectés dans une image 2D binaire. Les paramètres pris en charge sont :

n = 4n; usine
Masque de voisinage pour décrire la connectivité. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS:2dimage/forme

mappage d'étiquettes Filtre d'image pour remapper les identifiants des étiquettes. Applicable uniquement aux images avec une valeur entière
intensités/étiquettes., les paramètres pris en charge sont :

carte =(entrée, obligatoire, chaîne)
Fichier de mappage d'étiquettes.

échelle d'étiquette
Un filtre qui ne crée que des voxels de sortie déjà créés dans l'entrée
image. La mise à l'échelle est effectuée en utilisant un algorithme de vote qui sélectionne la cible
valeur de pixel basée sur le nombre de pixels le plus élevé d'une certaine étiquette dans le
région source correspondante. Si la région comprend deux labels de même
count, celui avec le nombre le plus bas gagne., les paramètres pris en charge sont :

surdimensionné =(obligatoire, 2dbounds)
taille cible donnée sous forme de deux valeurs séparées par une virgule.

charge Chargez l'image d'entrée à partir d'un fichier et utilisez-la pour remplacer l'image actuelle dans le
pipeline., les paramètres pris en charge sont :

filet =(entrée, obligatoire, chaîne)
nom du fichier d'entrée à charger depuis..

masque Masquage 2D, l'une des deux images d'entrée doit être de type bit., pris en charge
les paramètres sont :

remplir = min ; dict
style de remplissage pour les pixels à l'extérieur du masque. Les valeurs prises en charge sont :
max ‐ régler les valeurs en dehors du masque à la valeur maximale trouvée dans le
image..
zéro ‐ remettre à zéro les valeurs en dehors du masque.
min ‐ régler les valeurs en dehors du masque à la valeur minimale trouvée dans le
l'image.

contribution =(entrée, obligatoire, chaîne)
nom du deuxième fichier image d'entrée.

inverse = 0 ; bobo
défini sur true pour utiliser l'inverse du masque pour le masquage.

débit max Ce filtre implémente les utilisations de l'algorithme max-flow min-cut pour l'image
segmentation, les paramètres pris en charge sont :

évier-débit =(entrée, obligatoire, chaîne)
Image de type float pour définir le flux par pixel vers le récepteur.

flux-source =(entrée, obligatoire, chaîne)
Image de type float pour définir le flux par pixel vers la source.

signifier Filtre moyen d'image 2D, les paramètres pris en charge sont :

w = 1 ; int dans [1, inf)
demi-largeur de filtre.

médiane Filtre médian d'image 2D, les paramètres pris en charge sont :

w = 1 ; int dans [1, inf)
demi-largeur de filtre.

mlv Filtre d'image 2D de la moyenne de la moindre variance, les paramètres pris en charge sont :

w = 1 ; int dans [1, inf)
paramètre de largeur de filtre.

ngfnorm Image 2D vers un filtre à gradient de champ normalisé

(pas de paramètres)

bruit Filtre de bruit d'image 2D : ajoutez du bruit additif ou modulé à une image, pris en charge
les paramètres sont :

g = [gauss:mu=0,sigma=10] ; usine
générateur de bruit. Pour les plug-ins pris en charge, voir PLUGINS:générateur/bruit

mod = 0 ; bobo
bruit additif ou modulé.

ouvert Les paramètres morphologiques ouverts et pris en charge sont :

allusion = noir ; ensemble
un indice sur le contenu de l'image principale. Les valeurs prises en charge sont :( noir, blanc,
)

forme = [sphère:r=2] ; usine
élément structurant. Pour les plug-ins pris en charge, voir PLUGINS:2dimage/shape

taille Taille morphologique. L'élagage jusqu'à la convergence effacera tous les pixels mais
boucles fermées., les paramètres pris en charge sont :

iter = 0 ; entier dans [1, 1000000]
Nombre d'itérations à exécuter, 0=jusqu'à convergence.

régiongrandir
Région de plus en plus à partir d'une graine jusqu'à ce que le long des gradients croissants,
les paramètres pris en charge sont :

n = 8n; usine
Forme de quartier. Pour les plug-ins pris en charge, voir PLUGINS:2dimage/shape

seed =(entrée, obligatoire, chaîne)
image de départ (valeur en bits).

sable filtre sel et poivre 3d, les paramètres pris en charge sont :

battre = 100 ; flotter dans (0, inf)
valeur de seuil.

w = 1 ; int dans [1, inf)
paramètre de largeur de filtre.

escaliers Filtre de réduction d'échelle d'image 2D, les paramètres pris en charge sont :

interpréter = [bspline:d=3] ; usine
méthode d'interpolation à utiliser. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS : 1d/splinekernel

s = [[0,0]] ; 2dbounds
taille cible en tant que vecteur 2D.

sx = 0 ; uint dans [0, inf)
taille de la cible dans la direction x, 0 : utiliser la taille de l'entrée.

sy = 0 ; uint dans [0, inf)
taille de la cible dans la direction y, 0 : utilisez la taille de l'entrée.

sélectionnergrand Étiquette 2D sélectionner le plus grand filtre de composant

(pas de paramètres)

septconv Filtre de convolution séparable d'intensité d'image 2D, les paramètres pris en charge sont :

kx = [gauss:w=1] ; usine
filtrer le noyau dans la direction x. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS:1d/noyau spatial

ky = [gauss:w=1] ; usine
filtrer le noyau dans la direction y. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS:1d/noyau spatial

chier Filtre d'image 2D qui évalue la moyenne sur une forme de voisinage donnée,
les paramètres pris en charge sont :

forme = 8n; usine
forme de voisinage pour évaluer la moyenne. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS:2dimage/forme

Sobel Le filtre Sobel 2D pour l'évaluation des gradients. Notez que le type de pixel de sortie de
l'image filtrée est la même que le type de pixel d'entrée, donc la conversion de l'entrée
au préalable, une image à virgule flottante est recommandée., pris en charge
les paramètres sont :

dir =x ; dict
Sens du dégradé. Les valeurs prises en charge sont :
y ‐ gradient dans la direction y
x ‐ gradient dans la direction x

étiquette-tri
Ce plug-in trie les étiquettes d'une image en niveaux de gris de sorte que l'étiquette la plus basse
la valeur correspond à l'étiquette avec le plus de pixels. L'arrière-plan (0) n'est pas
touché

(pas de paramètres)

psl tête d'eau ensemencée. L'algorithme extrait exactement autant de régions que l'initiale
les étiquettes sont données dans l'image de départ., les paramètres pris en charge sont :

grad = 0 ; bobo
Interprétez l'image d'entrée comme un dégradé. .

marque = 0 ; bobo
Marquez les bassins versants segmentés avec une valeur d'échelle de gris spéciale.

n = [sphère:r=1] ; usine
Quartier pour la région de la tête d'eau en pleine croissance. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS:2dimage/forme

seed =(entrée, obligatoire, chaîne)
image d'entrée de départ contenant les étiquettes pour les régions initiales.

tee Enregistrez l'image d'entrée dans un fichier et transmettez-la également au filtre suivant,
les paramètres pris en charge sont :

filet =(sortie, obligatoire, chaîne)
nom du fichier de sortie pour enregistrer l'image aussi..

amincissement Amincissement morphologique. L'amincissement jusqu'à la convergence se traduira par un 8-connecté
squelette, les paramètres pris en charge sont :

iter = 0 ; entier dans [1, 1000000]
Nombre d'itérations à exécuter, 0=jusqu'à convergence.

battre Ce filtre met à zéro tous les pixels d'une image qui tombent en dessous d'un certain
seuil et dont les voisins dans une forme de quartier donnée tombent également en dessous d'un
ce seuil, les paramètres pris en charge sont :

forme = 4n; usine
forme du quartier à prendre en compte. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS:2dimage/forme

battre = 5 ; double
La valeur seuil.

transform Transformez l'image d'entrée avec la transformation donnée., paramètres pris en charge
sont:

filet =(entrée, obligatoire, chaîne)
Nom du fichier contenant la transformation..

ws segmentation de base de la tête d'eau., les paramètres pris en charge sont :

evalgrad = 0 ; bobo
Défini à 1 si l'image d'entrée ne représente pas une image de norme de gradient.

marque = 0 ; bobo
Marquez les bassins versants segmentés avec une valeur d'échelle de gris spéciale.

n = [sphère:r=1] ; usine
Quartier pour la région de la tête d'eau en pleine croissance. Pour les plug-ins pris en charge, voir
PLUGINS:2dimage/forme

battre = 0 ; flotter dans [0, 1)
Seuil de norme de gradient relatif. La valeur seuil de la valeur réelle est
seuil * (max_grad - min_grad) + min_grad. Bassins séparés par des dégradés
avec une norme inférieure seront rejoints.

PLUGINS : 2dimage/io


bmp Prise en charge d'entrée/sortie d'images BMP 2D

Extensions de fichiers reconnues : .BMP, .bmp

Types d'éléments pris en charge :
données binaires, 8 bits non signés, 16 bits non signés

pool de données E/S virtuelle vers et depuis le pool de données interne

Extensions de fichiers reconnues : .@

dico io d'image 2D pour DICOM

Extensions de fichiers reconnues : .DCM, .dcm

Types d'éléments pris en charge :
signé 16 bits, non signé 16 bits

exr un plugin 2dimage io pour les images OpenEXR

Extensions de fichiers reconnues : .EXR, .exr

Types d'éléments pris en charge :
32 bits non signé, virgule flottante 32 bits

jpg un plugin 2dimage io pour les images jpeg en niveaux de gris

Extensions de fichiers reconnues : .JPEG, .JPG, .jpeg, .jpg

Types d'éléments pris en charge :
8 bits non signé

png un plugin 2dimage io pour les images png

Extensions de fichiers reconnues : .PNG, .png

Types d'éléments pris en charge :
données binaires, 8 bits non signés, 16 bits non signés

brut Prise en charge de la sortie d'images RAW 2D

Extensions de fichiers reconnues : .RAW, .raw

Types d'éléments pris en charge :
données binaires, 8 bits signés, 8 bits non signés, 16 bits signés, 16 bits non signés,
signé 32 bits, non signé 32 bits, virgule flottante 32 bits, virgule flottante 64
peu

tif Prise en charge d'entrée/sortie d'images TIFF 2D

Extensions de fichiers reconnues : .TIF, .TIFF, .tif, .tiff

Types d'éléments pris en charge :
données binaires, 8 bits non signés, 16 bits non signés, 32 bits non signés

vue un plugin 2dimage io pour les images vista

Extensions de fichiers reconnues : .V, .VISTA, .v, .vista

Types d'éléments pris en charge :
données binaires, 8 bits signés, 8 bits non signés, 16 bits signés, 16 bits non signés,
signé 32 bits, non signé 32 bits, virgule flottante 32 bits, virgule flottante 64
peu

PLUGINS : 2dimage/forme


1n Une forme qui ne contient que le point central

(pas de paramètres)

4n Forme 4D du quartier 2n

(pas de paramètres)

8n Forme 8D du quartier 2n

(pas de paramètres)

rectangle créateur de masque de forme rectangulaire, les paramètres pris en charge sont :

remplir = 1 ; bobo
créer une forme remplie.

la taille = 2 ; int dans [1, inf)
hauteur du rectangle.

largeur = 2 ; int dans [1, inf)
largeur du rectangle.

kugla Forme de voisinage sphérique fermée de rayon r., les paramètres pris en charge sont :

r = 2 ; flotter dans (0, inf)
rayon de la sphère.

carré créateur de masque de forme carrée, les paramètres pris en charge sont :

remplir = 1 ; bobo
créer une forme remplie.

largeur = 2 ; int dans [1, inf)
largeur du rectangle.

PLUGINS : 2dtransform/io


bbs E/S sérialisées binaires (non portables) des transformations 2D

Extensions de fichiers reconnues : .bbs

pool de données E/S virtuelle vers et depuis le pool de données interne

Extensions de fichiers reconnues : .@

vue Stockage Vista des transformations 2D

Extensions de fichiers reconnues : .v2dt

xml IO sérialisé XML des transformations 2D

Extensions de fichiers reconnues : .x2dt

PLUGINS : générateur/bruit


Gauss Ce générateur de bruit crée des valeurs aléatoires qui sont distribuées selon un
Distribution gaussienne en utilisant la transformation de Box-Muller., pris en charge
les paramètres sont :

mu = 0 ; flotter
moyen de diffusion.

seed = 0 ; uint dans [0, inf)
définir une graine aléatoire (0 = init en fonction de l'heure du système).

sigma = 1 ; flotter dans (0, inf)
dérivation standard de la distribution.

uniforme Générateur de bruit uniforme utilisant C stdlib rand(), les paramètres pris en charge sont :

a = 0 ; flotter
borne inférieure si plage de bruit.

b = 1 ; flotter
borne supérieure si plage de bruit.

seed = 0 ; uint dans [0, inf)
définir une graine aléatoire (0 = init en fonction de l'heure du système).

EXEMPLE


Évaluer la médiane de la dérivée d'ordre 2 de la série donnée dans l'ensemble de segmentation
segment.set après filtrage avec une gaussienne de largeur 3. En plus écrire l'heure
courbe d'intensité du pixel <128,64> vers curve.txt.

mia-2dseries2dordermedian -i segment.set -o gradmedian.exr -g 1 --itc-file curve.txt
--itc-loc "<128,64>"

Auteurs)


Gert Wollny

DROIT D'AUTEUR


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avec ABSOLUMENT AUCUNE GARANTIE et vous pouvez le redistribuer selon les termes du GNU
LICENCE PUBLIQUE GENERALE Version 3 (ou ultérieure). Pour plus d'informations, exécutez le programme avec le
l'option '--copyright'.

Utilisez mia-2dseries2dordermedian en ligne à l'aide des services onworks.net


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