mia-3dfluid - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

mia-3dfluid - Recalage 3D dynamique des fluides

SYNOPSIS

mia-3dfluide -i -r -o [choix]

DESCRIPTION

mia-3dfluide Ce programme est utilisé pour l'enregistrement non rigide basé sur la dynamique des fluides comme
décrit dans : Wollny, G. et Kruggel, F., 'Computational cost of non-rigid registration
algorithmes basés sur la dynamique des fluides », IEEE Transactions on Medical Imaging, 11(8), p.
946-952, 2002, doi:10.1109/TMI.2002.803113. Il utilise SSD comme seul enregistrement
critère.

OPTIONS

Fichier-IO
-i --in-image=(entrée, requise); io
image d'entrée Pour les types de fichiers pris en charge, voir PLUGINS:3dimage/io

-r --ref-image=(entrée, requise); io
image de référence Pour les types de fichiers pris en charge, voir PLUGINS:3dimage/io

-o --out-transformation=(sortie, requise); io
transformation de sortie comprenant le champ de transformation d'enregistrement Pour
types de fichiers pris en charge voir PLUGINS:3dtransform/io

-d --out-image=(sortie); io
enregistrer l'image déformée Pour les types de fichiers pris en charge, voir PLUGINS:3dimage/io

d’aide & Info
-V --verbose=avertissement
verbosité de la sortie, imprimer des messages de niveau donné et de priorités plus élevées.
Les priorités prises en charge à partir du niveau le plus bas sont :
info ‐ Messages de bas niveau
tracer ‐ Trace d'appel de fonction
échouer ‐ Signaler les échecs des tests
avertissement - Mises en garde
erreur - Signaler les erreurs
déboguer ‐ Sortie de débogage
message ‐ Messages normaux
fatal ‐ Ne signaler que les erreurs fatales

--droits d'auteur
imprimer les informations de copyright

-h --aide
imprimer cette aide

- ? --usage
imprimer une courte aide

--version
imprimer le numéro de version et quitter

En cours
--threads = -1
Nombre maximum de threads à utiliser pour le traitement, ce nombre doit être inférieur
ou égal au nombre de cœurs de processeur logique dans la machine. (-1:
estimation automatique).Nombre maximum de threads à utiliser pour le traitement,Ceci
doit être inférieur ou égal au nombre de cœurs de processeur logique dans
la machine. (-1 : estimation automatique).

Inscription paramètres
--disable-multigrille
désactiver le traitement multi-grille

--disable-fullres
désactiver le traitement sur l'image en pleine résolution

--lambda=1
élasticité constanteélasticité constante

--mu=1
élasticité constanteélasticité constante

-s --start-size=16
taille multigrille initialetaille multigrille initiale

-m --method=sora
méthode de résolution de l'EDP
sor ‐ surrelaxation successive
sora ‐ La relaxation de Gauss Southwell

--étape = 0.8
Pas initialTaille initiale

-p --interpolateur=bspline:d=3
noyau d'interpolateur d'image noyau d'interpolateur d'image Pour les plugins pris en charge
voir PLUGINS:1d/splinekernel

--relax=1
facteur de sur-relaxation vor méthode sorfacteur de sur-relaxation vor méthode sor

--maxiter=10
itérations maxium itérations maxium

--epsilon=0.01
condition de troncaturecondition de troncature

--matière=4
intensité au-dessus de laquelle la matière réelle est supposée (expérimentale) intensité au-dessus
quelle matière réelle est supposée (expérimentale)

PLUGINS : 1j/splinekernel

bspline Création du noyau B-spline, les paramètres pris en charge sont :

d = 3 ; entier dans [0, 5]
Degré de spline.

mamans Création du noyau OMoms-spline, les paramètres pris en charge sont :

d = 3 ; entier dans [3, 3]
Degré de spline.

PLUGINS : image 3D/io

il analyse Analyser l'image 7.5

Extensions de fichiers reconnues : .HDR, .hdr

Types d'éléments pris en charge :
non signé 8 bits, signé 16 bits, signé 32 bits, virgule flottante 32 bits,
virgule flottante 64 bits

pool de données E/S virtuelle vers et depuis le pool de données interne

Extensions de fichiers reconnues : .@

dico Série d'images Dicom en 3D

Extensions de fichiers reconnues : .DCM, .dcm

Types d'éléments pris en charge :
signé 16 bits, non signé 16 bits

hdf5 E/S image 5D HDF3

Extensions de fichiers reconnues : .H5, .h5

Types d'éléments pris en charge :
données binaires, 8 bits signés, 8 bits non signés, 16 bits signés, 16 bits non signés,
signé 32 bits, non signé 32 bits, signé 64 bits, non signé 64 bits, flottant
virgule 32 bits, virgule flottante 64 bits

Inria image INRIA

Extensions de fichiers reconnues : .INR, .inr

Types d'éléments pris en charge :
signé 8 bits, non signé 8 bits, signé 16 bits, non signé 16 bits, signé 32
bit, 32 bits non signé, virgule flottante 32 bits, virgule flottante 64 bits

mhd IO d'image 3D MetaIO utilisant l'implémentation VTK (expérimental).

Extensions de fichiers reconnues : .MHA, .MHD, .mha, .mhd

Types d'éléments pris en charge :
signé 8 bits, non signé 8 bits, signé 16 bits, non signé 16 bits, signé 32
bit, 32 bits non signé, virgule flottante 32 bits, virgule flottante 64 bits

chouette E/S image 1D NIFTI-3

Extensions de fichiers reconnues : .NII, .nii

Types d'éléments pris en charge :
signé 8 bits, non signé 8 bits, signé 16 bits, non signé 16 bits, signé 32
bit, 32 bits non signé, 64 bits signé, 64 bits non signé, virgule flottante 32
bit, virgule flottante 64 bits

vff Format raster du soleil VFF

Extensions de fichiers reconnues : .VFF, .vff

Types d'éléments pris en charge :
non signé 8 bits, signé 16 bits

vue Vue 3D

Extensions de fichiers reconnues : .V, .VISTA, .v, .vista

Types d'éléments pris en charge :
données binaires, 8 bits signés, 8 bits non signés, 16 bits signés, 16 bits non signés,
signé 32 bits, non signé 32 bits, virgule flottante 32 bits, virgule flottante 64
Bits

vii Image 3D entrée et sortie VTK-XML (expérimental).

Extensions de fichiers reconnues : .VTI, .vti

Types d'éléments pris en charge :
signé 8 bits, non signé 8 bits, signé 16 bits, non signé 16 bits, signé 32
bit, 32 bits non signé, virgule flottante 32 bits, virgule flottante 64 bits

vtk Entrée et sortie héritées d'images VTK 3D (expérimentales).

Extensions de fichiers reconnues : .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage

Types d'éléments pris en charge :
données binaires, 8 bits signés, 8 bits non signés, 16 bits signés, 16 bits non signés,
signé 32 bits, non signé 32 bits, virgule flottante 32 bits, virgule flottante 64
Bits

PLUGINS : transformation 3d/io

bbs E/S sérialisées binaires (non portables) des transformations 3D

Extensions de fichiers reconnues : .bbs

pool de données E/S virtuelle vers et depuis le pool de données interne

Extensions de fichiers reconnues : .@

vue Stockage Vista des transformations 3D

Extensions de fichiers reconnues : .v, .v3dt

xml IO sérialisé XML des transformations 3D

Extensions de fichiers reconnues : .x3dt

EXEMPLE

Enregistrez l'image test.v dans l'image ref.v et écrivez le champ de vecteur de déformation regfield.v.
Commencez l'enregistrement à la plus petite taille au-dessus de 16 pixels.

mia-3dfluid -i test.v -r ref.v -o regfield.v -s 16

Auteurs)

Gert Wollny

DROIT D'AUTEUR

Ce logiciel est protégé par copyright (c) 1999‐2015 Leipzig, Allemagne et Madrid, Espagne. Ça arrive
avec ABSOLUMENT AUCUNE GARANTIE et vous pouvez le redistribuer selon les termes du GNU
LICENCE PUBLIQUE GENERALE Version 3 (ou ultérieure). Pour plus d'informations, exécutez le programme avec le
l'option '--copyright'.

Utilisez mia-3dfluid en ligne en utilisant les services onworks.net