minicarte - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

minimap - cartographie rapide entre de longues séquences d'ADN

SYNOPSIS

minicarte [-lSOV] [-k kmeur] [-w winTaille] [-I taille du lot] [-d dumpFichier] [-f occThres] [-r
bande passante] [-m minPartagé] [-c nombremin] [-L minMatch] [-g écart max] [-T poussièreThres] [-t
nThreads] [-x préréglé] cible.fa requête.fa > sortie.paf

DESCRIPTION

Minimap est un outil pour trouver efficacement plusieurs positions de cartographie approximatives entre deux
ensembles de longues séquences, comme entre les lectures et les génomes de référence, entre les génomes et
entre de longues lectures bruyantes. Minimap a une phase d'indexation et de cartographie. Dans l'indexation
phase, il collecte tous les minimiseurs d'un grand lot de séquences cibles dans une table de hachage ; dans
la phase de cartographie, il identifie les bons clusters de hits de minimiseur colinéaire. La mini-carte fait
ne pas générer d'alignements détaillés entre la cible et les séquences de requête. C'est seulement
génère les coordonnées approximatives de début et de fin de ces clusters.

OPTIONS

Indexage Options
-k INT Minimiseur longueur k-mer [15]

-w INT Taille de la fenêtre de minimisation [2/3 de la longueur k-mer]. Un minimiseur est le plus petit k-mer
dans une fenêtre de w k-mers consécutifs.

-I NUM Charge au maximum NUM bases cibles dans la RAM pour l'indexation [4G]. S'il y a plus de
NUM bases dans cible.fa, la minicarte doit être lue requête.fa plusieurs fois pour le mapper
contre chaque lot de séquences cibles. NUM peut se terminer par k/K/m/M/g/G.

-d DOSSIER Vider l'index du minimiseur dans DOSSIER [pas de décharge]

-l Indique que cible.fa est en fait un indice minimiseur généré par option -d, Pas
un fichier FASTA ou FASTQ.

Cartographie Options
-f FLOAT Ignorer le haut FLOAT fraction des minimiseurs les plus présents [0.001]

-r INT Bande passante approximative pour le clustering initial des hits du minimiseur [500]. UNE minimiseur
frapper est un minimiseur présent à la fois dans les séquences cible et de requête. UNE minimiseur
frapper grappe est un groupe d'impacts de minimiseur potentiellement colinéaires entre une cible
et une séquence de requêtes.

-m FLOAT Fusionner les clusters de hits du minimiseur initial si FLOAT ou fraction supérieure de minimiseurs
sont partagés entre les clusters [0.5]

-c INT Conserver un cluster de hits de minimiseur s'il contient INT ou plusieurs coups de minimiseur [4]

-L INT Jeter un cluster de hits de minimiseur si après la colinéarisation, le nombre de correspondances
les bases sont en dessous INT [40]. Cette option réduit principalement la taille de la sortie. Il a
peu d'effet sur la vitesse et la mémoire de pointe.

-g INT Diviser un cluster de hits de minimiseur à un écart INT-bp ou plus qui ne contient pas
tout minimiseur atteint [10000]

-T INT Masquer les régions sur les séquences de requêtes avec le seuil de score SDUST INT; 0 pour désactiver
[0]. SDUST est un algorithme pour identifier les sous-séquences de faible complexité. Ce n'est pas
activé par défaut. Si SDUST est préféré, une valeur entre 20 et 25 est
conseillé. Un seuil plus élevé masque moins de séquences.

-S Effectuez un mappage tout contre tout. Dans ce mode, si le nom de la séquence de requête est
lexicographiquement plus grand que le nom de la séquence cible, les hits entre eux
sera supprimé ; si le nom de la séquence de requête est le même que le nom cible,
les coups de minimiseur diagonal seront également supprimés.

-O Abandonnez un coup de minimiseur s'il est éloigné des autres coups (EXPERIMENTAL). Cette
Cette option est utile pour cartographier les longs chromosomes de deux espèces divergentes.

-x STR Modification de plusieurs paramètres en fonction de STR [pas encore défini]. Il est recommandé d'appliquer
cette option avant d'autres options, de sorte que les options suivantes peuvent remplacer
les multiples paramètres modifiés par cette option.

ava10k pour le mappage de lecture tout contre tout PacBio ou Oxford Nanopore (-Sw5 -L100 -m0).

D'entrée / sortie Options
-t INT Nombre de fils [3]. Minimap utilise au plus trois threads lors de la collecte
minimiseurs sur les séquences cibles et utilise jusqu'à INT+1 threads lors du mappage (le
thread supplémentaire est pour les E/S, qui sont fréquemment inactives et prennent peu de temps CPU).

-V Imprimer le numéro de version sur stdout

SORTIE Format

Minimap affiche les positions de mappage au format Pairwise mapping (PAF). PAF est un TAB-
format de texte délimité avec chaque ligne composée d'au moins 12 champs comme décrit dans
le tableau suivant :

?? ??
│Avec │ Type │ Description │
?? ??
│ 1 │ chaîne │ Nom de la séquence de requête │
│ 2 │ int │ Longueur de la séquence de requête │
│ 3 │ int │ Coordonnée de début de la requête (basée sur 0) │
│ 4 │ int │ Coordonnée de fin de requête (basée sur 0) │
│ 5 │ car │ `+' si requête et cible sur le même brin ; `-' si opposé
│ 6 │ chaîne │ Nom de la séquence cible │
│ 7 │ int │ Longueur de la séquence cible │
│ 8 │ int │ Coordonnée de départ cible sur le brin d'origine │
│ 9 │ int │ Coordonnée de fin cible sur le brin d'origine │
│ 10 │ int │ Nombre de bases correspondantes dans le mapping │
│ 11 │ int │ Bases de nombres, y compris les lacunes, dans le mappage │
│ 12 │ int │ Qualité de la cartographie (0-255 avec 255 pour manquant) │
?? ??

Lorsque l'alignement est disponible, la colonne 11 donne le nombre total de correspondances de séquence,
décalages et lacunes dans l'alignement ; la colonne 10 divisée par la colonne 11 donne l'alignement
identité. Comme la minicarte ne génère pas d'alignement détaillé, ces deux colonnes sont
approximatif. PAF peut éventuellement avoir des champs supplémentaires dans la valeur-clé typée SAM
format. Minimap écrit le nombre de hits de minimiseur dans un cluster dans la balise cm.

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