Il s'agit de la commande mipe2dbSTS qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
mipe2dbSTS.pl - Génère un fichier d'entrée à soumettre à dbSTS
inclus dans la sortie : section STS de la soumission dbSTS
basé sur la version MIPE v1.1
arguments : * fichier_mipe
* fichier de configuration
* (facultatif) liste des identifiants PCR
Le fichier de configuration se compose de lignes contenant une clé et une valeur, séparées par un signe égal ('=').
La clé est constituée du nom en minuscule du fichier de soumission NCBI (voir site Web dbSTS), suivi de
un trait de soulignement et le nom en minuscule du champ dans ce fichier.
Les champs suivants doivent être définis dans le fichier de configuration :
pub_titre=
pub_auteurs=
nom_source=
organisme_source=
nom_cont=
cont_fax=
cont_tel=
cont_email=
laboratoire_cont=
cont_inst=
cont_addr=
nom_protocole=
protocole_protocole=
nom_tampon=
buffer_buffer=
sts_pcr_profile=
Pour protocol_protocol, buffer_buffer et sts_pcr_profile, plus de lignes sont nécessaires (voir exemple).
Un exemple de fichier de configuration ressemble à ceci :
pub_title=Carte génétique des SNP de poulet
pub_authors=Aerts,JA ; Veenendaal, T. ; Crooijmans, RPMA; Groenen, MAM
source_name=ADN génomique de poulet
source_organism=Gallus gallus
cont_name=Jan Aerts
cont_fax=+31 317 483929
cont_tel=+31 317 483397
cont_email=[email protected]
cont_lab=Groupe Elevage Animal et Génomique
cont_inst=Université de Wageningen
cont_addr=PO Box 338, 6700 AH Wageningen, Pays-Bas
protocol_name=Protocole_Aerts
protocol_protocol=Modèle : 30-60 ng
protocol_protocol=Amorce : chaque 4 uM
protocol_protocol=dNTPs : chaque 200 uM
protocol_protocol=Taq : 0.3 unité
protocol_protocol=Volume : 12 ul
buffer_name=Buffer_Aerts
buffer_buffer=MgCl2 : 1.5 mM
buffer_buffer=(NH4)2SO4 : 20 mM
buffer_buffer=Tris-HCl : 75 mM
buffer_buffer=Tween 20 : 0.01 % (p/v)
buffer_buffer=pH : 8.8
Utilisez mipe2dbSTS en ligne en utilisant les services onworks.net
