mkdssp - En ligne dans le cloud

PROGRAMME:

Nom

mkdssp - Calculer la structure secondaire des protéines dans un fichier PDB

SYNOPSIS

mkdssp [OPTION] fichier pdb [fichier dssp]

DESCRIPTION

La mkdssp programme a été conçu à l'origine par Wolfgang Kabsch et Chris Sander pour
standardiser l'affectation des structures secondaires. DSSP est une base de données de structure secondaire
affectations (et bien plus) pour toutes les entrées de protéines dans la banque de données de protéines (PDB) et
mkdssp est l'application qui calcule les entrées DSSP à partir des entrées PDB. Veuillez noter
qui mkdssp ne sauraient prévoir structure secondaire.

OPTIONS

Si vous invoquez mkdssp avec un seul paramètre, il sera interprété comme le fichier PDB à
le processus et la sortie seront envoyés à stdout. Si un deuxième paramètre est spécifié, c'est
interprété comme le nom du fichier DSSP à créer. Le fichier d'entrée et le fichier de sortie
les noms peuvent avoir l'extension .gz ou .bz2 résultant en une compression appropriée.

-i, --saisir nom de fichier
Le nom de fichier d'un APB fichier formaté contenant les données de structure de la protéine. Cette
fichier peut être un fichier compressé par gzip ou bzip2.

-o, --output nom de fichier
Le nom de fichier d'un DSSP fichier à créer. Si le nom de fichier se termine par .gz ou .bz2 a
fichier compressé est créé.

-v, --verbeux
Écrivez les informations diagnostiques.

--version
Imprimez le numéro de version et quittez.

-h, --Aidez-moi
Imprimez le message d'aide et quittez. Le répertoire contenant les scripts d'analyseur pour
Madame.

THÉORIE

Le programme DSSP fonctionne en calculant l'affectation de structure secondaire la plus probable donnée
la structure 3D d'une protéine. Il le fait en lisant la position des atomes dans un
protéine (l'ATOM enregistre dans un fichier PDB) suivi du calcul de l'énergie de liaison H
entre tous les atomes. Les deux meilleures liaisons H pour chaque atome sont ensuite utilisées pour déterminer le plus
classe probable de structure secondaire pour chaque résidu dans la protéine.

Cela signifie que vous devez avoir une structure 3D complète et valide pour qu'une protéine puisse
calculer la structure secondaire. Il n'y a pas de magie dans DSSP, donc par exemple, il ne peut pas deviner le
structure secondaire pour une protéine mutée dont vous n'avez pas la structure 3D.

DSSP DOSSIER Format

La partie en-tête de chaque fichier DSSP s'explique d'elle-même, elle contient certaines des informations
copié à partir du fichier PDB et il y a des statistiques recueillies lors du calcul de la
structure secondaire.

La seconde moitié du fichier contient les informations de structure secondaire calculées par
résidu. Ce qui suit est une brève explication pour chaque colonne.

Colonne Nom Description
?? ??
# Le nombre de résidus tel que compté par mkdssp
RESIDUE Le numéro de résidu tel que spécifié par le fichier PDB
suivi d'un identifiant de chaîne.

AA Le code à une lettre pour l'acide aminé. Si ce
la lettre est en minuscule, cela signifie qu'il s'agit d'un
cystéine qui forment un pont soufre avec le
autre acide aminé dans cette colonne avec le même
lettre minuscule.
STRUCTURE Il s'agit d'une colonne complexe contenant plusieurs sous
Colonnes. La première colonne contient une lettre
indiquant la structure secondaire attribuée à
ce résidu. Les valeurs valides sont :
Code Description
Hélice alpha H
Pont B bêta
E brin
G Hélice-3
Je Helix-5
Tour en T
Courbe en S
Ce qui suit sont trois colonnes indiquant pour
chacun des trois types d'hélice (3, 4 et 5)
si ce résidu est candidat à la formation
cette hélice. UNE > caractère indique qu'il démarre un
hélice, un nombre indique qu'il est à l'intérieur d'un tel
hélice et un < caractère signifie qu'il termine l'hélice.
La colonne suivante contient un caractère S si ce
le résidu est un pli possible.
Ensuite, il y a une colonne indiquant la chiralité
et cela peut être positif ou négatif
(c'est-à-dire que la torsion alpha est soit positive soit
négatif).
Les deux dernières colonnes contiennent des libellés de pont bêta.
Les minuscules signifient ici pont parallèle et donc
majuscule signifie anti parallèle.
BP1 et BP2 La première et la deuxième paire de ponts candidats, cette
est suivi d'une lettre indiquant la feuille.
ACC L'accessibilité de ce résidu, c'est le
surface exprimée en ngstrom carré qui
accessible par une molécule d'eau.
NH-->O..O-->HN Quatre colonnes, elles donnent pour chaque résidu le
Énergie de liaison H avec un autre résidu où le
le résidu actuel est soit accepteur, soit donneur.
Chaque colonne contient deux nombres, le premier est
un décalage entre le résidu actuel et le
résidu partenaire dans cette liaison H (dans DSSP
numérotation), le deuxième nombre est le
énergie pour cette liaison H.
TCO Le cosinus de l'angle entre C=O du
résidu actuel et C=O du résidu précédent. Pour
hélices alpha, le TCO est proche de +1, pour les feuilles bêta
Le TCO est proche de -1. Non utilisé pour la structure
définition.
Kappa L'angle de liaison virtuel (angle de courbure) défini par
les trois atomes C-alpha du courant résiduel
- 2, courant et courant + 2. Permet de définir
coude (code de structure 'S').
Angles de torsion du squelette peptidique PHI et PSI IUPAC.
X-CA, Y-CA et Z-CA Les coordonnées C-alpha

HISTOIRE

L'application DSSP originale a été écrite par Wolfgang Kabsch et Chris Sander en Pascal.
Cette version est une réécriture complète en C++ basée sur le code source original. Quelques bogues
ont été corrigés depuis et les algorithmes ont été modifiés ici et là.

TOUT

Le code a désespérément besoin d'une mise à jour. La première chose à mettre en œuvre est la
meilleure reconnaissance des pi-hélices. Une deuxième amélioration serait d'utiliser dépendant de l'angle
Calcul de l'énergie de liaison H.

Utiliser mkdssp en ligne à l'aide des services onworks.net