ncks - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

ncks - évier de cuisine netCDF

SYNTAXE

ncks [-3] [-4] [-5] [-6] [-7] [-A] [-a] [-b bnr_fl] [--bfr sz][-C][-c] [--cdl] [--cnk_byt
sz][--cnk_dmn nm,sz] [--cnk_map plan] [--cnk_min sz] [--cnk_plc plc] [--cnk_scl sz] [-RÉ
dbg_lvl] [-d dim,[ m.][,[ max]][,[ foulée]]] [-F] [--fix_rec_dmn dim] [-G gpe_dsc] [-g
grp[,...]] [--glb att_name= att_val]] [--grp_xtr_var_xcl] [-H] [-h] [--hdn] [--hdr_pad
sz] [-L dfl_lvl] [-l chemin] [-M] [-m] [--carte fichier-map] [--md5] [--mk_rec_dmn dim] [--msa]
[--no_blank] [--no_tmp_fl] [-O] [-o fichier de sortie] [-P] [-p chemin] [--ppc var1[, var2[,...]]=
prc]] [-Q] [-q] [-R] [-r] [--rad] [--ram_all] [--rgr clé = vague]] [--rnr poids][-s le format][-t
thr_nbr][-u][--unn][-V][-v var[,...]] [-X boîte] [-x] [--xml] fichier-entrée [ fichier de sortie]

DESCRIPTION

ncks combine toutes les fonctionnalités auxquelles nous pourrions penser, à l'exception de l'évier de cuisine, en un seul polyvalent
utilitaire pour manipuler les fichiers netCDF. ncks extrait un sous-ensemble des données de fichier-entrée
et soit l'imprime sous forme de texte ASCII sur la sortie standard, soit l'écrit (ou le colle) dans fichier de sortie, ou
tous les deux.

ncks imprimera les données netCDF au format ASCII sur Stdout, comme cdump, mais avec ces
différences: ncks imprime les données dans un format tabulaire destiné à faciliter la recherche du
données souhaitées, une donnée par ligne d'écran, avec tous les indices de dimension et coordonnées
valeurs (le cas échéant) précédant la donnée. Option -s permet à l'utilisateur de formater les données à l'aide
Chaînes de format de style C.

Options -a, -F, -H, -M, -m, -Q, -q, -s, -uet -V contrôler l'apparence formatée du
revendre.

ncks extraira (et créera éventuellement un nouveau fichier netCDF composé de) uniquement sélectionné
variable du fichier d'entrée, comme ncextre mais avec ces différences : Seules les variables et
les coordonnées peuvent être spécifiquement incluses ou exclues --- tous les attributs globaux et tout
l'attribut associé à une variable extraite sera copié à l'écran et/ou en sortie
fichier netCDF. Options -c, -C, -vet -x contrôler quelles variables sont extraites.

ncks extraira les hyperslabs des variables spécifiées. En réalité ncks met en œuvre le
spécification nccut exactement. Option -d contrôle la spécification de l'hyperdalle.

Les dimensions d'entrée qui ne sont associées à aucune variable de sortie n'apparaîtront pas dans le
sortie netCDF. Cette fonctionnalité supprime les dimensions superflues d'un fichier netCDF.

ncks ajoutera les variables et les attributs du fichier-entrée à fichier de sortie if production-
filet est un fichier netCDF préexistant dont les dimensions pertinentes sont conformes aux tailles de dimension de
fichier-entrée. Les caractéristiques annexes de ncks sont destinés à fournir un moyen rudimentaire de
ajouter des données d'un fichier netCDF à un autre fichier netCDF conforme. En nommant
des conflits existent entre les deux fichiers, les données dans fichier de sortie est généralement écrasé par le
données correspondantes de fichier-entrée. Il est donc recommandé que la sauvegarde de l'utilisateur production-
filet au cas où des données importantes seraient accidentellement écrasées.

If fichier de sortie existe, l'utilisateur sera demandé s'il doit écraser, ajouter, ou sortie le
ncks appeler complètement. Choisir écraser détruit l'existant fichier de sortie et créer un
entièrement nouveau de la sortie du ncks appel. L'ajout a des effets différents selon
sur l'unicité des variables et des attributs produits par ncks: Si une variable ou
attribut extrait de fichier-entrée n'a pas de conflit de nom avec les membres de
fichier de sortie alors il sera ajouté à fichier de sortie sans écraser aucun des éléments existants
contenu de fichier de sortie. Dans ce cas, les dimensions pertinentes doivent concorder (conformément)
entre les deux fichiers ; de nouvelles dimensions sont créées dans fichier de sortie comme demandé. Quand un nom
conflit se produit, un attribut global de fichier-entrée écrasera le correspondant
attribut global de fichier de sortie. Si le conflit de nom se produit pour une variable non enregistrée,
puis les dimensions et le type de la variable (et de ses dimensions de coordonnées, le cas échéant)
doit être d'accord (conforme) dans les deux fichiers. Ensuite, les valeurs des variables (et toute coordonnée
valeurs de dimension) de fichier-entrée écrasera les valeurs des variables correspondantes (et
coordonnées des valeurs de cote, le cas échéant) dans fichier de sortie

Puisqu'il ne peut y avoir qu'une seule dimension d'enregistrement dans un fichier, la dimension d'enregistrement doit avoir la
même nom (mais pas nécessairement la même taille) dans les deux fichiers si une variable de dimension d'enregistrement
est à annexer. Si les dimensions de l'enregistrement sont de tailles différentes, la dimension de l'enregistrement
of fichier de sortie deviendra la plus grande des deux tailles de dimension d'enregistrement, l'enregistrement
variable de fichier-entrée écrasera toute contrepartie dans fichier de sortie et remplir les valeurs
sera écrit dans les lacunes laissées dans le reste des variables d'enregistrement (je pense). Dans tout
cas attributs variables dans fichier de sortie sont remplacés par des attributs du même nom
à partir de fichier-entrée, et laissé seul s'il n'y a pas de conflit de nom.

Certains utilisateurs peuvent souhaiter éviter les interactions ncks requêtes pour savoir s'il faut écraser l'existant
Les données. Par exemple, les scripts batch échoueront si ncks ne reçoit pas de réponses à ses
requêtes. Options -O et -A sont disponibles pour forcer l'écrasement des fichiers existants et
variables, respectivement.

Options spécifiques à ncks

La liste suivante fournit un bref résumé des caractéristiques uniques à ncks.

-a Ne classez pas les champs extraits par ordre alphabétique. Par défaut, les variables de sortie spécifiées
sont extraits, imprimés et écrits sur le disque par ordre alphabétique. Cela a tendance à
rendre les longues listes de sortie plus faciles à rechercher pour des variables particulières. En précisant -a
entraîne l'extraction, l'impression et l'écriture des variables sur le disque dans l'ordre
dans lequel ils ont été enregistrés dans le fichier d'entrée. Ainsi -a conserve la commande d'origine
des variables.

-d dim,[ m.][,[ max]][,[ foulée]] Ajouter foulée argument à hyperslabber.

-H Imprimer les données à l'écran. Le comportement par défaut est d'imprimer les données à l'écran si aucun netCDF
le fichier de sortie est spécifié. Utilisation -H pour imprimer les données à l'écran si une sortie netCDF est
spécifié (le même comportement s'applique à -m ). Sauf indication contraire (avec
-s), chaque élément de l'hyperdalle de données est imprimé sur une ligne distincte contenant
les noms, indices et valeurs, le cas échéant, de toutes les dimensions des variables. Les
les indices de dimension et de variable se réfèrent à l'emplacement des données correspondantes
élément par rapport à la variable telle qu'elle est stockée sur le disque (c'est-à-dire pas l'hyperslab).
% ncks -H -C -v three_dmn_var dans.nc
lat[0]=-90 lev[0]=100 lon[0]=0 three_dmn_var[0]=0
lat[0]=-90 lev[0]=100 lon[1]=90 three_dmn_var[1]=1
lat[0]=-90 lev[0]=100 lon[2]=180 three_dmn_var[2]=2
...
lat[1]=90 lev[2]=1000 lon[1]=90 three_dmn_var[21]=21
lat[1]=90 lev[2]=1000 lon[2]=180 three_dmn_var[22]=22
lat[1]=90 lev[2]=1000 lon[3]=270 three_dmn_var[23]=23
Impression de la même variable avec le -F option affiche la même variable indexée avec Fortran
conventions
% ncks -F -H -C -v three_dmn_var in.nc
lon(1) = 0 lev(1) = 100 lat(1)=-90 trois_dmn_var(1) = 0
lon(2) = 90 lev(1) = 100 lat(1)=-90 trois_dmn_var(2) = 1
lon(3) = 180 lev(1) = 100 lat(1)=-90 trois_dmn_var(3) = 2
...
L'impression d'une hyperslab n'affecte pas les indices de variable ou de dimension puisque ces indices
sont relatifs à la variable complète (telle qu'elle est stockée dans le fichier d'entrée), et le fichier d'entrée a
inchangé. Cependant, si l'hyperslab est enregistré dans un fichier de sortie et que ces valeurs sont
imprimé, les indices changeront :
% ncks -H -d lat,90.0 -d lev,1000.0 -v three_dmn_var in.nc out.nc
lat[1]=90 lev[2]=1000 lon[0]=0 three_dmn_var[20]=20
lat[1]=90 lev[2]=1000 lon[1]=90 three_dmn_var[21]=21
lat[1]=90 lev[2]=1000 lon[2]=180 three_dmn_var[22]=22
lat[1]=90 lev[2]=1000 lon[3]=270 three_dmn_var[23]=23
% ncks -H out.nc
lat[0]=90 lev[0]=1000 lon[0]=0 three_dmn_var[0]=20
lat[0]=90 lev[0]=1000 lon[1]=90 three_dmn_var[1]=21
lat[0]=90 lev[0]=1000 lon[2]=180 three_dmn_var[2]=22
lat[0]=90 lev[0]=1000 lon[3]=270 three_dmn_var[3]=23

-M Imprimez pour filtrer les métadonnées globales décrivant le fichier. Cela inclut le fichier
informations récapitulatives et attributs globaux.

-m Imprimer les métadonnées variables à l'écran (similaire à cdump -h). Cela affiche tout
métadonnées relatives à chaque variable, une variable à la fois.

-Q Basculez l'impression des indices de dimension et des valeurs de coordonnées lors de l'impression de tableaux.
Le nom de chaque variable apparaîtra à gauche dans la sortie. C'est utile
lorsque vous essayez de localiser des variables spécifiques lors de l'affichage de nombreuses variables avec
dimensions différentes. Le mnémonique de cette option est "silencieux".

-s le format Format de chaîne pour la sortie de texte. Accepte les séquences d'échappement en langage C et
printf () formats.

-u Accompagner l'impression des valeurs d'une variable de son attribut units, s'il
existe.

EXEMPLES

Afficher toutes les données dans netCDF in.nc, imprimé avec les conventions d'indexation Fortran :
ncks -H -F in.nc

Copiez le fichier netCDF in.nc déposer out.nc.
ncks -O entrée.nc sortie.nc
maintenant le fichier out.nc contient toutes les données de in.nc. Il y a cependant deux différences
jusqu'à XNUMX fois in.nc et out.nc. Premièrement la Histoire l'attribut global contiendra la commande
utilisé pour créer out.nc. Deuxièmement, les variables dans out.nc sera défini par ordre alphabétique
ordre. Bien sûr, le stockage interne de la variable dans un fichier netCDF doit être transparent
à l'utilisateur, mais il existe des cas où l'alphabétisation d'un fichier est utile (voir la description de
-a changer).

Variable d'impression trois_dmn_var à partir du fichier in.nc avec les notations par défaut. Impression suivante
trois_dmn_var sous forme de colonne de texte non annotée. puis imprimer trois_dmn_var signé avec très
haute précision. Enfin, imprimez trois_dmn_var sous forme de liste séparée par des virgules.
% ncks -H -C -v three_dmn_var dans.nc
lat[0]=-90 lev[0]=100 lon[0]=0 three_dmn_var[0]=0
lat[0]=-90 lev[0]=100 lon[1]=90 three_dmn_var[1]=1
...
lat[1]=90 lev[2]=1000 lon[3]=270 three_dmn_var[23]=23
% ncks -s "%f\n" -H -C -v three_dmn_var in.nc
0.000000
1.000000
...
23.000000
% ncks -s "%+16.10f\n" -H -C -v three_dmn_var in.nc
+0.0000000000
+1.0000000000
...
+23.0000000000
% ncks -s "%f, " -H -C -v three_dmn_var dans.nc
0.000000, 1.000000, ... , 23.000000,
Les deuxième et troisième options sont utiles lors du collage de données dans des fichiers texte tels que des rapports ou
papiers.

Les tableaux unidimensionnels de caractères stockés en tant que variables netCDF sont automatiquement imprimés
sous forme de chaînes, qu'elles soient ou non terminées par NUL, par exemple,
ncks -v fl_nm in.nc
L'exposition %c le code de formatage est utile pour imprimer des tableaux multidimensionnels de caractères
représentant des chaînes de longueur fixe
ncks -H -s "%c" -v fl_nm_arr dans.nc
Le %s code de format sur des chaînes qui ne se terminent pas par NUL (et donc pas techniquement
strings) est susceptible d'entraîner un vidage de mémoire.

Créer netCDF out.nc contenant toutes les variables et toutes les coordonnées associées, à l'exception
variable Paisible, à partir de netCDF in.nc:
ncks -x -v heure entrée.nc sortie.nc

Extraire des variables Paisible et la parfaite pression de netCDF in.nc. Si out.nc n'existe pas, il sera
Être créé. Sinon, vous serez invité à ajouter ou à écraser
out.nc:
ncks -v temps, pression in.nc out.nc
ncks -C -v temps, pression in.nc out.nc
La première version de la commande crée un out.nc qui contient Paisible, la parfaite pression, et n'importe quel
variables de coordonnées associées à la parfaite pressionL’ out.nc de la deuxième version est
garanti de ne contenir que deux variables Paisible et la parfaite pression.

Créer netCDF out.nc contenant toutes les variables du fichier in.nc. Restreindre les dimensions de
ces variables à une hyperdalle. Imprimer (avec -H) les hyperslabs à l'écran pour de bon
mesure. L'hyperdalle spécifiée est : la sixième valeur en dimension Paisible; le semi-ouvert
gamme lat <= 0.0 en coordonnée lat; la gamme semi-ouverte lon >= 330.0 en coordonnées lon;
l'intervalle fermé 0.3 <= bande <= 0.5 en coordonnée bande; et la section transversale la plus proche de
1000.0 en coordonnées lev. Notez que les limites appliquées aux valeurs de coordonnées sont spécifiées
avec un point décimal, et les limites appliquées aux indices de dimension n'ont pas de point décimal.
ncks -H -d heure,5 -d lat,,0. -d lon,330., -d bande,.3,.5 -d lev,1000. in.nc out.nc

Supposons le domaine de la coordonnée de longitude croissante monotone lon est 0 lon <
360. Ici, lon est un exemple de coordonnée enveloppée. ncks va extraire une hyperdalle
qui traverse le méridien de Greenwich en spécifiant simplement la longitude la plus à l'ouest comme m.
et la longitude la plus à l'est comme max, comme suit :
ncks -d lon,260.,45. in.nc sortie.nc

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