Il s'agit de la farce de commande qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
farce - Calcule des alignements de séquences multiples probabilistes
SYNOPSIS
farce fichier_séquence
farce [paramètres facultatifs] -d=fichier_séquence [paramètres facultatifs]
DESCRIPTION
Le kit d'alignement probabiliste (PRANK) est un programme d'alignement multiple probabiliste pour
Séquences d'ADN, de codons et d'acides aminés. Il est basé sur un nouvel algorithme qui traite
correctement les insertions et évite une surestimation du nombre d'événements de suppression.
De plus, PRANK emprunte des idées aux méthodes du maximum de vraisemblance utilisées en phylogénétique et
prend correctement en compte les distances évolutives entre les séquences. Enfin, PRANK
permet de définir une structure potentielle pour les séquences à aligner puis,
en même temps que l'alignement, prédit les emplacements des unités structurelles dans le
séquences.
OPTIONS
ENTRÉE / SORTIE PARAMETRES
-d=fichier_séquence
Le fichier de séquence d'entrée au format FASTA.
-t=fichier_arbre
Le fichier arborescent à utiliser. S'il n'est pas défini, un arbre NJ estimé est généré.
-o=fichier de sortie
Définissez le nom du fichier de sortie. S'il n'est pas réglé, fichier de sortie est fixé à sortie.
-f=format de sortie
Définissez le format de sortie. format de sortie peut être l'un des fasta (Par défaut), phylip,
philips, paml, ou lien.
-m=fichier_modèle
Le fichier modèle à utiliser. S'il n'est pas réglé, fichier_modèle est fixé à HKY2/WAG.
-soutien
Calculer le support postérieur.
-showxml
Fichier XML d'alignement de sortie.
-arbre d'exposition
Arbre guide d'alignement de sortie.
-montrer
Sortir les séquences ancestrales.
-Afficher tout
Sortez tout cela.
-pas d'ancres
Ne pas utiliser l'ancrage Exonerate. (Exonérer à installer séparément.)
-nomafft
Ne pas utiliser MAFFT pour l'arbre de guidage. (MAFFT à installer séparément.)
-njtree Estimer l'arbre à partir d'un alignement d'entrée (et réaligner).
-noms courts
Tronquer les noms au premier caractère espace.
-silencieux Réduire la sortie.
ALIGNEMENT FUSIONNER
-d1=fichier_alignement
Le premier fichier d'alignement d'entrée au format FASTA.
-d2=fichier_alignement
Le deuxième fichier d'alignement d'entrée au format FASTA.
-t1=fichier_arbre
Le fichier arborescent du premier alignement. S'il n'est pas défini, un arbre NJ estimé est
généré.
-t2=fichier_arbre
Le fichier arborescent du deuxième alignement. S'il n'est pas défini, un arbre NJ estimé est
généré.
MODÈLE PARAMETRES
-F, +F Forcer les insertions à toujours être ignorées.
-gaprate=#
Réglez le taux d'ouverture de l'écart. La valeur par défaut est 0.025 pour l'ADN et 0.005 pour les protéines.
-gapext=#
Définissez la probabilité d'extension de l'écart. La valeur par défaut est 0.75 pour l'ADN et 0.5 pour
les protéines.
-codon Utilisez un modèle de codon empirique pour coder l'ADN.
-ADN, -protéine
Utilisez respectivement un modèle d'ADN ou de protéine. Désactive la détection automatique du modèle.
-termgap
Pénaliser les espaces terminaux normalement.
-nomination
Aucune donnée manquante. Utilisation -F pour les espaces terminaux.
-garder Ne supprimez pas les espaces des séquences pré-alignées.
AUTRES PARAMETRES
-itérer=#
Cycles d'itération de réalignement ; par défaut, itérer cinq fois et garder le meilleur
résultat.
-une fois que Exécutez une seule fois. Identique à -iterate=1.
-prunier
Élaguez les branches de l'arbre guide sans données de séquence.
-prunedata
Élaguez les données de séquence sans feuilles d'arbre guide.
-journaux d'utilisation
Plus lent mais devrait fonctionner pour un plus grand nombre de séquences.
-Traduire
Traduire les données d'entrée en séquences de protéines.
-mttranslate
Traduisez les données d'entrée en séquences de protéines à l'aide de la table mt.
-convertir
N'alignez pas, convertissez simplement dans un format différent.
-ADN=fichier_dna_sequence
Fichier de séquence d'ADN pour la rétro-traduction de l'alignement des protéines.
-Aide Afficher une page d'aide étendue avec plus d'options.
-version
Afficher la version et rechercher des mises à jour.
AUTEURS
farce a été écrit par Ari Loytynoja.
Cette page de manuel a été initialement écrite par Manuel Prinz[email protected]> pour la Debian
projet (et peut être utilisé par d'autres).
Utilisez une farce en ligne en utilisant les services onworks.net
