Il s'agit de l'amorce de commande qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks à l'aide de l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS.
PROGRAMME:
Nom
amorces - Version simple de primer3 pour choisir les amorces PCR
SYNOPSIS
amorces -séquence suite [-région cible gamme] [-taille minimale entier] [-taille max entier]
[-maxdifftm flotter] [-expliquer le drapeau booléen] [-numretour entier] -fichier de sortie fichier de sortie
amorces -Aide
DESCRIPTION
amorces est un programme en ligne de commande d'EMBOSS (« the European Molecular Biology Open
suite logicielle"). Il fait partie du ou des groupes de commandes "Nucleic:Primers".
OPTIONS
Entrée
-séquence suite
La séquence à partir de laquelle choisir les amorces. La séquence doit être présentée 5' -> 3'
Supplémentaire
-région cible gamme
Si une ou plusieurs cibles sont spécifiées, une paire d'amorces légale doit flanquer au moins une
d'eux. Une cible peut être un simple site de répétition de séquence (par exemple une répétition CA) ou
un polymorphisme à paire de bases unique. La valeur doit être une liste séparée par des espaces de
, paires où est l'indice de la première base d'une cible, et
est le dernier Eg 50,51 nécessite des amorces pour entourer les 2 bases aux positions 50
et 51.
-taille minimale entier
Longueur minimale acceptable d'un apprêt. Doit être supérieur à 0 et inférieur ou égal
à MAX-SIZE. Valeur par défaut : 18
-taille max entier
Longueur maximale acceptable (en bases) d'un apprêt. Actuellement, ce paramètre ne peut pas être
supérieur à 35. Cette limite est régie par la taille maximale d'oligo pour laquelle Primer3
la température de fusion est valide. Valeur par défaut : 27
-maxdifftm flotter
Différence maximale acceptable (non signée) entre les températures de fusion des
amorces directes et inverses. Valeur par défaut : 100.0
Sortie
-expliquer le drapeau booléen
Si ce drapeau n'est pas à 0, produire LEFT-EXPLAIN et RIGHT-EXPLAIN, sortie, qui sont
destiné à fournir des informations sur le nombre de paires d'amorces examinées par Primer3,
et des statistiques sur le nombre de rejets pour diverses raisons. Valeur par défaut : N
-numretour entier
Le nombre maximum de paires d'amorces à renvoyer. Les paires d'amorces renvoyées sont triées par
leur « qualité », c'est-à-dire par la valeur de la fonction objectif (où une
nombre indique une meilleure paire d'amorces). Attention : régler ce paramètre sur une grande
valeur augmentera le temps de fonctionnement. Valeur par défaut : 5
-fichier de sortie fichier de sortie
Utilisez primerse en ligne en utilisant les services onworks.net
