psi3 - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

psi3 - pilote d'exécution maître pour les programmes PSI

DESCRIPTION

Le programme psi3 lit votre deck d'entrée, détermine quel type de calcul vous essayez
à exécuter et exécute les programmes appropriés. psi3 lit le fichier
/usr/local/psi3/share/psi.dat par défaut. Ce fichier contient des macros pour certains standards
calculs. Psi est cependant très flexible et tout ce qui se trouve dans le fichier psi.dat peut être
annulé par l'utilisateur. Ainsi, tout ce qui est écrit ci-dessous doit être pris avec un grain de
sel. L'expérimentation est le meilleur moyen d'apprendre psi3 commande, et rien de ce qui
écrit ici doit être considéré comme un évangile. Un bon endroit pour rechercher la syntaxe est dans le psi.dat
déposer. Espérons que cette page de manuel et le fichier psi.dat devraient vous dire tout ce que vous devez savoir
pour commencer.

LIGNE DE COMMANDE OPTIONS

Les arguments de ligne de commande suivants sont disponibles :

-i or -f
Ce drapeau est utilisé pour spécifier le nom du fichier d'entrée, par exemple psi3 -i h2o.in où h2o.in
est le nom du fichier d'entrée. Par défaut, psi3 et les modules PSI qu'il appelle auront l'air
pour entrée.dat .

-o Ce drapeau est utilisé pour spécifier le nom du fichier de sortie, par exemple psi3 -o h2o.out où
h2o.in est le nom du fichier de sortie. Par défaut, psi3 et les modules PSI qu'il appelle
cherchera sortie.dat .

-p Ce drapeau est utilisé pour spécifier le préfixe du fichier PSI, par exemple psi3 -p h2o.dzp où
h2o.dzp est le préfixe qui sera utilisé pour tous les fichiers PSI. Par défaut, psi3 et PSI
les modules qu'il appelle utiliseront psi pour le préfixe de fichier. Par conséquent, le fichier de point de contrôle
est appelé par défaut psi.32 .

--pas d'entrée or -n
Cela raconte psi3 pilote à ne pas exécuter contribution programme. Ce drapeau est utile pour les scripts
et le débogage.

--Chèque or -c
Cela raconte psi3 pilote pour vérifier l'entrée et imprimer la liste des programmes qui
serait exécuté. Équivalent au réglage VÉRIFIER=VRAI dans le fichier d'entrée.

--désordonné or -m
Cela raconte psi3 pilote pour ne pas exécuter le programme de nettoyage psipropre . Habituellement, le nettoyage
programme est appelé via le $fait macro définie dans psi.dat . Ce drapeau est utile
pour les scripts et le débogage.

CONTRIBUTION Format

Le psi3 le programme recherche dans le chemin de mot-clé par défaut (premier PSI et alors DEFAULT)
pour les mots-clés suivants :

TYPE D'EMPLOI = un magnifique
Cela dit au psi3 programme pilote quel type de calcul vous souhaitez exécuter.
Les choix acceptables sont : SP (pour un calcul d'énergie en un point), OPT (pour un
optimisation, soit par gradients, soit par énergies), FREQ (pour les vibrations harmoniques
fréquences), FC (pour les constantes de force par différences finies de coordonnées internes
), SYMM_FC (pour les constantes de force par différences finies de coordonnées internes,
modes symétriques uniquement), DISP (pour une série de points uniques à différents
géométries), DBOC (pour calculer la correction diagonale de Born-Oppenheimer [DBOC] pour
énergie électronique). La valeur par défaut est SP.

WFNPlus = un magnifique
C'est le type de fonction d'onde qui est finalement recherché. Au moment d'écrire ces lignes,
les valeurs acceptables pour WFN sont SCF, MP2, CCSD, CCSD_T, DETCI, CASSCF et RASSCF.
Avoir WFN défini comme autre chose n'est pas nécessairement mauvais, mais ne vous attendez pas psi3
pour savoir quoi faire. Si vous avez un WFN non standard, il
probablement mieux de fournir une section EXEC (voir ci-dessous). Il n'y a pas de défaut.

RÉFÉRENCE = un magnifique
Ceci spécifie la fonction d'onde de référence souhaitée. Il peut s'agir de l'un des FRH (pour un
Hartree-Fock à coque fermée à rotation restreinte), ROHF (pour une coque ouverte à rotation restreinte
Hartree-Fock), UHF (pour un Hartree-Fock à coque ouverte sans restriction de rotation), ou DEUX CONS
(pour un singulet à deux configurations). La valeur par défaut est FRH.

DERTYPE = un magnifique
Ceci spécifie l'ordre de dérivée qui doit éventuellement être fait. Le défaut
is NONE.

OPT = booléen
Définissez cette valeur sur true si vous effectuez une optimisation géométrique. Le défaut
c'est faux. Remarque : il s'agit d'un ancien mot-clé qui est désormais obsolète ; il a été remplacé
par le TYPE D'EMPLOI mot-clé.

NON = entier
Cela donne le nombre maximum d'itérations si OPT est vrai. La valeur par défaut est 1.

DISP = booléen
Définissez ce paramètre égal à vrai si vous effectuez des déplacements finis. Le défaut
c'est faux. Remarque : il s'agit d'un ancien mot-clé qui est désormais obsolète ; il a été remplacé
par le TYPE D'EMPLOI mot-clé.

NDISP = entier
Cela donne le nombre maximum de déplacements si DISP est vrai. La valeur par défaut est 1.

NCASITER = entier
Cela donne le nombre maximum d'itérations CASSCF si WFN = CASSCF. La valeur par défaut est
1.

COMMENCER = booléen
Si cela est vrai, alors psi3 analysera votre deck d'entrée et imprimera la séquence
de commandes à exécuter. Le défaut est faux.

EXEC = chaîne_vecteur
Le vecteur EXEC contient une liste de commandes à exécuter par psi3. Explicite
les commandes peuvent être saisies entre guillemets ou les variables prédéfinies peuvent être saisies à l'aide
le congrès $variable (voir exemples ci-dessous). Ainsi si vous voulez courir entiers at
à un moment donné, tu aurais pu

psi : (
exécutable = (
...
"ints"
...
)
)

or

psi : (
ints = "ints"
exécutable = (
...
$entiers
...
)
)

dans votre entrée.

BOUCLE CONTRÔLE

Le contrôle de boucle est géré via les commandes intégrées "répéter" et "fin". La syntaxe est

répéter n [commandes à exécuter] fin

où n est le nombre de répétitions de la boucle. Une inspection du fichier psi.dat
montrer que c'est ainsi que s'effectuent les optimisations géométriques et les déplacements finis ; dans
ces cas n est réglé égal à NOPT ou NDISP.

EXEMPLES

Disons que vous voulez faire une optimisation de la géométrie scf. Ton psi3 l'entrée pourrait alors être :

défaut: (
type de travail = opt
wfn = scf
dertype = premier
référence = rhf
non = 5
...
)

Ce que psi3 ferait avec cela est de regarder dans psi.dat ou votre entrée pour une variable appelée
SCFCLOSEDFIRSTOPT (vous voyez, psi enchaîne les valeurs (grossièrement) pour WFN, REFERENCE,
DERTYPE et OPT/DISP, approximativement dans cet ordre (la casse n'a pas d'importance)), puis
exécute les commandes définies dans le vecteur SCFCLOSEDFIRSTOPT. J'ai compris?

Alors maintenant, disons que vous voulez exécuter un programme "myscf" au lieu de n'importe quel scf psi3 pense
tu devrais courir. Ce que vous feriez est de mettre la ligne

scf = "myscf"

dans votre entrée.

Bon, un dernier exemple, alors vous êtes seul. je veux courir correct après dérivé dans mon
gradient scf. J'aurais plusieurs façons de le faire.

1) Force brute

défaut: (
exécutable = (
répéter 5
"cint"
"cscf"
$deriv % ceci est défini dans psi.dat comme "cints --deriv1"
"oeprop"
$geomupdate % ceci est défini dans psi.dat
fin
$fait
)
)

2) élégant

défaut: (
SCFFirst = ($ints $scf $deriv $oeprop)
)

3) Obscur

défaut: (
deriv = ("cints --deriv1" "oeprop")
)

Et il y en a d'autres. La seule limite est votre propre imagination torturée.

Comme je l'ai dit, la meilleure façon de savoir ce que psi3 peut faire est de regarder dans psi.dat, et de jouer
autour pendant un certain temps. L'option CHECK est très utile pour cela. Bonne chance!

25 Août, 2003 psi3(1)

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