restricte - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

restrict - Indiquer les sites de clivage des enzymes de restriction dans une séquence nucléotidique

SYNOPSIS

restreindre -séquence suite -fichier de données fichier de données -mfichier fichier de données -sitelen int
-enzymes string -min int -max int -solofragment booléen -Célibataire booléen
-cru booléen -gluant booléen -ambiguïté booléen -plasmide booléen
-méthylation booléen -commercial booléen -limite booléen -alphabétique booléen
-fragments booléen -patate douce booléen -fichier de sortie rapport

restreindre -Aide

DESCRIPTION

restreindre est un programme en ligne de commande d'EMBOSS (« the European Molecular Biology Open
suite logicielle"). Il fait partie du ou des groupes de commandes "Nucleic:Restriction".

OPTIONS

Entrée
-séquence suite

-fichier de données fichier de données

-mfichier fichier de données
Valeur par défaut : Emethylsites.dat

Requis
-sitelen int
Cela définit la longueur minimale du site de reconnaissance de l'enzyme de restriction. Toutes les enzymes
avec des sites plus courts que cela sera ignoré. Valeur par défaut : 4

-enzymes string
Le nom 'all' lit tous les noms d'enzymes de la base de données REBASE. Vous pouvez spécifier
enzymes en donnant leurs noms avec des virgules entre les deux, tels que :
'HincII,hinfI,ppiI,hindiii'. La casse des noms n'a pas d'importance. Vous pouvez spécifier un
fichier de noms d'enzymes à lire en donnant le nom du fichier contenant l'enzyme
les noms précédés du caractère '@', par exemple '@enz.list'. Des lignes vides et
lignes commençant par un caractère dièse ou '!' sont ignorés et toutes les autres lignes sont
concaténés avec une virgule ',' puis traités comme la liste des
enzymes à rechercher. Un exemple de fichier de noms d'enzymes est : ! mes enzymes HincII,
ppIII ! autres enzymes hindiii HinfI PpiI Valeur par défaut : tous

Avancé
-min int
Cela définit le nombre minimum de coupes pour toute enzyme de restriction qui sera
pris en considération. Toutes les enzymes qui coupent moins de fois que cela seront ignorées. Valeur par défaut:
1

-max int
Ceci définit le nombre maximum de coupes pour toute enzyme de restriction qui sera
pris en considération. Toutes les enzymes qui coupent plus de fois que cela seront ignorées. Valeur par défaut:
2000000000

-solofragment booléen
Cela donne les longueurs de fragments du brin sens direct produit par complète
restriction par chaque enzyme de restriction seule. Les résultats sont ajoutés à la queue
partie du rapport. Valeur par défaut : N

-Célibataire booléen
Si cela est défini, cela force les valeurs des qualificateurs mincuts et maxcuts à
les deux sont à 1. Toute autre valeur que vous avez définie sera ignorée. Valeur par défaut : N

-cru booléen
Cela permet aux enzymes qui coupent à la même position en avant et en arrière
brins à considérer. Valeur par défaut : O

-gluant booléen
Cela permet aux enzymes qui coupent à des positions différentes en avant et en arrière
brins, laissant un surplomb, à considérer. Valeur par défaut : O

-ambiguïté booléen
Cela permet aux enzymes qui ont un ou plusieurs codes d'ambiguïté 'N' dans leur modèle
à considérer Valeur par défaut : O

-plasmide booléen
Si cela est défini, cela permet les recherches de site de reconnaissance d'enzyme de restriction et
des positions de coupe qui s'étendent sur la fin de la séquence à considérer. Valeur par défaut : N

-méthylation booléen
Si cela est défini, les sites de reconnaissance RE ne correspondront pas aux bases méthylées. Défaut
valeur : N

-commercial booléen
Si cette option est définie, seules les enzymes avec un fournisseur commercial seront recherchées
pour. Ce qualificatif est ignoré si vous avez spécifié une liste explicite d'enzymes à
rechercher, plutôt que de rechercher parmi « toutes » les enzymes dans la base de données REBASE. Ce
est supposé que, si vous demandez une enzyme explicite, alors vous savez probablement
d'où l'obtenir et donc tous les noms d'enzymes que vous avez demandé à rechercher,
et quelle coupe, seront signalés, qu'ils aient ou non un fournisseur commercial.
Valeur par défaut : O

Sortie
-limite booléen
Cela limite la déclaration des enzymes à une seule enzyme de chaque groupe de
isoschizomères. L'enzyme choisie pour représenter un groupe isoschizomère est le prototype
indiqué dans le fichier de données 'embossre.equ', qui est créé par le programme
'rebaseextraire'. Si vous préférez utiliser différents prototypes, faites une copie de
embossre.equ dans votre répertoire personnel et modifiez-le. Si cette valeur est définie sur false, alors
toutes les enzymes d'entrée seront signalées. Vous pouvez définir cette valeur sur false si vous
fournissent un ensemble explicite d'enzymes plutôt que de les rechercher « toutes ». Défaut
valeur : O

-alphabétique booléen
Valeur par défaut : N

-fragments booléen
Cela donne les longueurs de fragments du brin sens direct produit par complète
restriction utilisant toutes les enzymes d'entrée ensemble. Les résultats sont ajoutés à la queue
partie du rapport. Valeur par défaut : N

-patate douce booléen
Valeur par défaut : N

-fichier de sortie rapport

Utilisez restricte en ligne en utilisant les services onworks.net