snap-aligner-paired - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

snap-aligner_paired - programme d'alignement de nucléotides évolutif

DESCRIPTION

Bienvenue dans SNAP version 1.0beta.18.

Trop peu de paramètres Utilisation : snap-aligner apparié [ ] où
est une liste de fichiers à traiter.

OPTIONS

-o alignements de sortie du nom de fichier sur le nom de fichier au format SAM ou BAM, selon le fichier
extension ou spécificateur de type explicite (voir ci-dessous). Utiliser un tiret avec un type explicite
spécificateur à écrire sur stdout, donc par exemple -o -sam - écrirait la sortie SAM sur
Stdout

-d distance d'édition maximale autorisée par lecture ou paire (par défaut : 15)

-n nombre de graines à utiliser par lecture

-sc Couverture de semences (c'est-à-dire readSize/seedSize). Point flottant. Exclusivité avec -n.
(par défaut utilise -n)

-h nombre maximum de coups à prendre en compte par graine (par défaut : 300)

-SP nombre minimum de correspondances par emplacement (par défaut : 1)

-t nombre de threads (par défaut un par cœur)

-b lier chaque thread à son processeur (c'est la valeur par défaut)

--b Ne pas lier chaque thread à son processeur (notez le double tiret)

-P désactive la prélecture du cache dans le génome ; peut être utile pour les machines avec de petits
caches ou beaucoup de cœurs/cache

-donc trier le fichier de sortie par emplacement d'alignement

-sm mémoire à utiliser pour le tri en Go

-x explorer quelques hits de graines trop populaires (utiles pour filtrer)

-f s'arrêter au premier match dans la limite de distance d'édition (mode de filtrage)

-F sortie du filtre (a=aligné uniquement, s=single hit uniquement (MAPQ >= 10), u=unaligned only,
l=assez long pour aligner (voir -mrl))

-S supprimer le traitement supplémentaire (sortie BAM triée uniquement) i=index, d=duplicate
des

-I ignorer les ID qui ne correspondent pas dans l'aligneur apparié

-Cxx doit être suivi de deux symboles + ou - indiquant s'il faut couper de faible qualité

bases de l'avant et de l'arrière de la lecture respectivement ; par défaut : retour uniquement (C-+)

-M indique que les chaînes CIGAR dans le fichier SAM généré doivent utiliser M (alignement
match) plutôt que = et X (séquence (mis-)match). C'est la valeur par défaut

-= utilisez les nouvelles chaînes CIGAR avec = et X plutôt que M. Le contraire de -M

-G spécifier une pénalité d'écart à utiliser lors de la génération de chaînes CIGAR

-pf spécifier le nom d'un fichier pour contenir la vitesse d'exécution

--hp Indique de ne pas utiliser de pages volumineuses (cela peut accélérer le chargement de l'index et ralentir
alignement)
C'est la valeur par défaut

-hp Indique d'utiliser des pages volumineuses (cela peut accélérer l'alignement et ralentir le chargement de l'index).

-D Spécifie la profondeur de recherche supplémentaire (la distance d'édition au-delà du meilleur coup que SNAP
utilise pour calculer MAPQ). Par défaut 2

-rg Spécifiez le groupe de lecture par défaut s'il n'est pas spécifié dans le fichier d'entrée

-R Spécifiez toute la ligne du groupe de lecture pour la sortie SAM/BAM. Cela doit inclure une pièce d'identité
étiqueter. S'il ne commence pas par '@RG', SNAP l'ajoutera. Spécifiez les onglets par \t. Deux
les barres obliques inverses généreront une seule barre oblique inverse. barre oblique inverse suivie de quoi que ce soit d'autre
est illégal. Ainsi, '-R @RG\tID:foo\tDS:my data' générerait des lectures avec la balise defualt
foo, et une ligne @RG qui comprenait également le champ de données DS:my.

-sa Inclure les lectures des fichiers SAM ou BAM avec le secondaire (0x100) ou supplémentaire
(0x800) jeu d'indicateurs ; par défaut, c'est de les supprimer.

-om Sortir plusieurs alignements. Prend en paramètre la distance d'édition supplémentaire maximale
par rapport au meilleur alignement pour permettre des alignements secondaires

-omax Limiter le nombre d'alignements par lecture générés par -om.
Cela signifie que si -om générerait plus

que -omax alignements secondaires, SNAP n'écrira que les meilleurs -omax d'eux,
où « meilleur » signifie « avec la distance d'édition la plus faible ». Les liens sont rompus arbitrairement.

-mpc Limiter le nombre d'alignements générés par -om à ce nombre par contig
(entrée de chromosome/FASTA) ;

« mpc » signifie « max par contig ; par défaut illimité.
Ce filtre est appliqué avant -omax. L'alignement principal

est compté.

-pc Conserver le soft clipping pour les lectures provenant de fichiers SAM ou BAM

-xf Augmenter le facteur d'expansion pour les fichiers BAM et GZ (par défaut 1.0)

-hdp Utilisez des préfixes de style Hadoop (reporter:status:...) sur les messages d'erreur et émettre
messages de progression de style hadoop

-mrl Spécifiez la longueur de lecture minimale à aligner, lit plus courte que cela (après écrêtage)
rester non aligné.
Cela devrait être

un peu plus grand que la longueur de la graine ou vous pourriez obtenir des alignements douteux.
Par défaut 50

-map Utilisez le mappage de fichiers pour charger l'index plutôt que de le lire.
Cela pourrait accélérer le chargement de l'index dans les cas

où SNAP est exécuté de manière répétée sur le même index, et l'index est supérieur à la moitié de
la taille de la mémoire de la machine. Sur certains systèmes d'exploitation, le chargement d'un index avec
-map est beaucoup plus lent que sans si l'index n'est pas en mémoire. Vous pourriez envisager
ajoutant -pré pour précharger l'index dans le cache système lors du chargement avec -map lorsque vous
ne vous attendez pas à ce que l'index soit dans le cache.

-pré Préchargez l'index dans le cache système.
Ceci n'a de sens qu'avec -map, et n'aide que si l'index n'est pas

déjà en mémoire et votre système d'exploitation est lent à lire les fichiers mappés (c'est-à-dire,
certaines versions de Linux, mais pas de Windows).

-lp Exécutez SNAP avec une priorité de planification faible (implémenté uniquement sur Windows)

-nu No Ukkonen : ne réduisez pas la recherche à distance d'édition en fonction des candidats précédents. Cette
L'option sert uniquement à évaluer l'effet sur les performances de l'utilisation de l'algorithme d'Ukkonen
plutôt que Smith-Waterman, et le spécifier ralentira l'exécution sans
améliorer les alignements.

-non No Ordering : n'ordonnez pas l'évaluation des lectures afin de sélectionner les plus probables
candidats en premier. Cette option sert uniquement à évaluer l'effet sur les performances de
l'ordre d'évaluation de lecture, et le spécifier ralentira l'exécution sans
améliorer les alignements.

-NT Ne tronquez pas les recherches basées sur les résultats manqués. Cette option est purement pour
évaluer l'effet sur les performances de la troncature candidate et la spécifier
ralentir l'exécution sans améliorer les alignements.

-wbs Taille du tampon d'écriture en mégaoctets. Ne le spécifiez pas sauf si vous avez une erreur
message disant de l'agrandir. Par défaut 16.

Vous pouvez traiter plusieurs alignements sans redémarrer SNAP, et si possible sans
rechargement de l'index. Pour cela, listez en ligne de commande tous les paramètres
pour le premier alignement, suivi d'une virgule (séparée par un espace de l'autre
paramètres) suivis des paramètres du prochain alignement (y compris simple ou
jumelé). Vous pouvez en avoir autant que vous le souhaitez. Si deux alignements consécutifs utilisent
le même index, il ne sera pas rechargé. Ainsi, par exemple, vous pourriez faire 'snap-aligner
seul hg19-20 foo.fq -o foo.sam , jumelé hg19-20 end1.fq end2.fq -o paired.sam' et il
ne rechargerait pas l'index entre les alignements simples et appariés. Lors de la spécification d'un
fichier d'entrée ou de sortie, vous pouvez simplement lister le nom du fichier, auquel cas SNAP déduira le
type du fichier à partir de l'extension de fichier (.sam ou .bam par exemple), ou vous pouvez explicitement
spécifiez le type de fichier en faisant précéder le nom du fichier de l'un des

spécificateurs de type suivants (qui sont sensibles à la casse) :

-rapide

-compresséFastq

-sam

-bam

-pairedFastq

-pairedInterleavedFastq

-pairedCompressedInterleavedFastq

Ainsi, par exemple, vous pouvez spécifier -bam input.file pour que SNAP traite input.file comme un BAM
même s'il supposerait normalement un fichier FASTQ pour l'entrée ou un fichier SAM pour
sortie lorsqu'il ne reconnaît pas l'extension de fichier. Pour utiliser un nom de fichier qui
commence par un « - » et que SNAP ne le traite pas comme un commutateur, vous devez spécifier explicitement le
taper. Mais vraiment, c'est juste déroutant et vous ne devriez pas le faire. L'entrée et la sortie peuvent
également être de/vers stdin/stdout. Pour ce faire, utilisez un - pour le nom du fichier d'entrée ou de sortie et
donner un spécificateur de type explicite. Ainsi, par exemple, snap-aligner aligner single myIndex
-rapide - -o -sam - lirait FASTQ à partir de stdin et écrirait SAM sur stdout.

-s espacement min et max à autoriser entre les extrémités appariées (par défaut : 50 1000).

-fs l'espacement des forces doit se situer entre min et max.

-H max hits pour l'aligneur d'intersection (par défaut : 2000).

-mcp spécifie la taille maximale du pool de candidats (une structure de données interne.

N'augmentez cette valeur que si vous obtenez un message d'erreur vous invitant à le faire. Si tu cours
de mémoire, vous voudrez peut-être le réduire. Par défaut : 1000000)

-F b option supplémentaire pour -F exiger que les deux partenaires satisfassent au filtre (la valeur par défaut n'est qu'un)

Si vous spécifiez -F b avec l'un de l'autre -F options, -F b DOIT être le deuxième

-ku Conservez les lectures non appariées dans l'entrée SAM/BAM. Normalement, si une lecture ne
spécifiez les informations de compagnon (le champ RNEXT est * et/ou PNEXT est 0) puis le code qui
matchs reads le rejettera immédiatement. La spécification de cet indicateur peut entraîner de gros
utilisation de la mémoire pour certains fichiers d'entrée, mais peut être nécessaire pour certains étrangement
fichiers d'entrée formatés. Vous devrez également spécifier ce drapeau pour les fichiers SAM/BAM
qui ont été alignés par un aligneur à une extrémité.

Utilisez l'appariement snap-aligner en ligne à l'aide des services onworks.net