Il s'agit de la commande supermatchere qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
supermatcher - Calcule les alignements locaux approximatifs par paires de séquences plus grandes
SYNOPSIS
super matcher -une séquence suite -bséquence ensemble de séquences [-fichier de données matricef] [-minscore flotter]
-gapopen flotter -gapeétendre flotter [-largeur int] [-wordlen int]
-fichier de sortie aligner [-erreurfichier fichier de sortie]
super matcher -Aide
DESCRIPTION
super matcher est un programme en ligne de commande d'EMBOSS (« the European Molecular Biology Open
suite logicielle"). Il fait partie du ou des groupes de commandes "Alignement:Local".
OPTIONS
Entrée
-une séquence suite
-bséquence ensemble de séquences
-fichier de données matricef
Il s'agit du fichier de matrice de notation utilisé lors de la comparaison des séquences. Par défaut c'est le
fichier 'EBLOSUM62' (pour les protéines) ou le fichier 'EDNAFULL' (pour les séquences nucléiques). Ces
se trouvent dans le répertoire 'data' de l'installation d'EMBOSS.
-minscore flotter
Score d'alignement minimum pour signaler un alignement.
Requis
-gapopen flotter
Valeur par défaut : @($(acdprotein)? 10.0 : 10.0)
-gapeétendre flotter
Valeur par défaut : @($(acdprotein)? 0.5 : 0.5)
Supplémentaire
-largeur int
Valeur par défaut : 16
-wordlen int
Valeur par défaut : 6
Sortie
-fichier de sortie aligner
-erreurfichier fichier de sortie
Fichier d'erreur dans lequel écrire pour les alignements échoués Valeur par défaut : supermatcher.error
Utilisez supermatchere en ligne en utilisant les services onworks.net
