Il s'agit de la commande tantan qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos nombreux postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
tantan - masqueur de répétition en tandem et à faible complexité pour les bioséquences
SYNOPSIS
tantan [Options] fichier(s) de séquence fasta
DESCRIPTION
Trouver des répétitions simples dans des séquences
Options (défaut Les paramètres):
-p interpréter les séquences comme des protéines
-x lettre à utiliser pour le masquage, au lieu de minuscules
-c conserver les majuscules/minuscules dans les régions non masquées
-m fichier pour les scores des paires de lettres (+1/-1, mais -p sélectionne BLOSUM62)
-r probabilité d'une répétition commençant par position (0.005)
-e probabilité d'une fin de répétition par position (0.05)
-w période maximale de répétition en tandem à prendre en compte (100, mais -p sélectionne 50)
-d décroissance de probabilité par période (0.9)
-a coût d'existence de l'écart (0)
-b coût d'extension de l'écart (infini : pas d'écart)
-s probabilité minimale de répétition pour le masquage (0.5)
-f type de sortie : 0 = séquence masquée, 1 = probabilités de répétition,
2 = nombre de répétitions, 3 = LIT (0)
-h, --Aidez-moi
afficher le message d'aide, puis quitter
--version
afficher les informations de version, puis quitter
DE LA LIGNE BOGUES
Signalez les bogues à: [email protected]
Page d'accueil: http://www.cbrc.jp/tantan/
Utilisez Tantan en ligne avec les services onworks.net
