uchime - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

uchime - lit un fichier fasta et un fichier de référence et génère des séquences potentiellement chimériques

DESCRIPTION

La commande chimera.uchime lit un fichier fasta et un fichier de référence et génère potentiellement
séquences chimériques. Le programme uchime original a été écrit par Robert C. Edgar.

SYNOPSIS

uchime --saisir query.fasta [--db db.fasta] [--uchimeout résultats.uchime]

[--uchimealns résultats.alns]

OPTIONS

--saisir nom de fichier

Séquences de requêtes au format FASTA. Si la --db l'option n'est pas spécifiée, uchime utilise
détection de novo. En mode de novo, l'abondance relative doit être donnée par une chaîne
/ab=xxx/ quelque part dans l'étiquette, où xxx est un nombre à virgule flottante, par exemple
>F00QGH67HG/ab=1.2/.

--db nom de fichier

Base de données de référence au format FASTA. Facultatif, si non spécifié uchime utilise de novo
.

***AVERTISSEMENT*** La base de données est recherchée UNIQUEMENT sur le brin plus. Vous DEVEZ inclure
séquences complémentées en inverse dans la base de données si vous voulez que les deux brins soient
cherché.

--abskew x

Asymétrie d'abondance minimale. Par défaut 1.9. Mode de novo uniquement. L'asymétrie d'abondance est :

min [ abondant(parent1), abondant(parent2) ] / abondant(requête).

--uchimeout nom de fichier

Sortie au format tabulé avec un enregistrement par séquence de requête. Le premier champ est le score
(h), le deuxième champ est le libellé de la requête. Pour plus de détails, voir le manuel.

--uchimealns nom de fichier

Alignements multiples de séquences de requêtes aux parents dans un format lisible par l'homme.
Les alignements montrent des colonnes avec des différences qui soutiennent ou contredisent un chimérique
.

--minh h

Score minimum pour signaler la chimère. Par défaut 0.3. Les valeurs de 0.1 à 5 peuvent être
raisonnable. Des valeurs plus faibles augmentent la sensibilité mais peuvent rapporter plus de faux positifs.
Si vous diminuez --xn, vous devrez peut-être augmenter --minh, et vice versa.

--esprit div

Rapport de divergence minimum, par défaut 0.5. Le rapport div est de 100 % - % d'identité entre la requête
séquence et le candidat le plus proche pour être un parent. Si vous ne vous souciez pas de très
fermer les chimères, alors vous pourriez augmenter --esprit à, disons, 1.0 ou 2.0, et aussi
diminuer --min h, disons à 0.1, pour augmenter la sensibilité. À quel point cela fonctionne-t-il
dépendent de vos données. Le mieux est de régler les paramètres sur un bon benchmark.

--xn bêta

Poids d'un non, également appelé paramètre bêta. Par défaut 8.0. Diminuer ce
un poids à environ 3 ou 4 peut donner de meilleures performances sur les données débruitées.

--dn n

Pseudo-compte a priori sur le nombre de non-votes. Par défaut 1.4. Probablement aucune bonne raison de
changez cela à moins que vous ne puissiez revenir à une bonne référence pour vos données. Raisonnable
les valeurs sont probablement comprises entre 0.2 et 2.

--xa w

Poids d'un vote d'abstention. Défaut 1. Jusqu'à présent, les résultats ne semblent pas très
sensible à ce paramètre, mais si vous avez un bon ensemble d'entraînement cela peut valoir la peine
en essayant. Les valeurs raisonnables peuvent aller de 0.1 à 2.

--morceaux n

Nombre de fragments à extraire de la séquence de requête lors de la recherche de parents.
Par défaut 4.

--[no]ovmorceaux

[Ne pas] utiliser des morceaux qui se chevauchent. Par défaut, non.

--minchunk n

Longueur minimale d'un morceau. Par défaut 64.

--idsmoothwindow w

Longueur de la fenêtre de lissage d'identifiant. Par défaut 32.

--minsmoothid f

Identité factionnelle minimale sur la fenêtre lissée du parent candidat. Par défaut 0.95.

--maxp n

Nombre maximum de parents candidats à considérer. Par défaut 2. Dans les tests jusqu'à présent,
croissant --maxp n'apporte qu'une très faible amélioration de la sensibilité mais tend à
augmenter un peu le taux d'erreur.

--[no]sauts --[no]ignorer les lacunes2

Ces options contrôlent la manière dont les colonnes espacées affectent le comptage des différences. Si --skipgaps
est spécifié, les colonnes contenant des espaces ne sont pas trouvées en tant que différences. Si --skipgaps2 is
spécifié, si la colonne est immédiatement adjacente à une colonne contenant un espace, il est
pas compté comme un diff. La valeur par défaut est --skipgaps --skipgaps2.

--minlen L --maxlen L

Longueur de séquence minimale et maximale. Par défaut 10, 10000. S'applique à la fois à la requête et
séquences de référence.

--ucl

Utilisez des alignements locaux-X. La valeur par défaut est global-X. Sur les tests jusqu'à présent, global-X est toujours
meilleur; cette option est conservée car elle pourrait bien fonctionner sur un type futur
de données.

--queryfract f

Fraction minimale de la séquence de requête qui doit être couverte par un alignement local-X.
Par défaut 0.5. S'applique uniquement lorsque --ucl est spécifié.

--silencieux

N'affiche pas les messages de progression sur stderr.

--Journal nom de fichier

Écrivez diverses informations dans le fichier journal. Surtout qui m'intéresse (le
développeur d'algorithmes). Utilisation --verbeux pour plus d'information.

--soi

En mode base de données de référence, exclure une séquence de référence si elle a le même label
comme requête. Ceci est utile pour l'analyse comparative en utilisant la base de données ref comme requête pour
tester les faux positifs.

--abskew
vous aider

--absorber
vous aider

--abx
vous aider

--toutes les paires
vous aider

--alpha
vous aider

--bande
vous aider

--blast6out
vous aider

--[no]blast_termgaps
vous aider

--faire exploser
vous aider

--cogner
vous aider

--[no]cartoon_orfs
vous aider

--cc
vous aider

--chain_evalue
vous aider

--chain_targetfract
vous aider

--coups de chaîne
vous aider

--chaine
vous aider

--morceaux
vous aider

--clstr2uc
vous aider

--touffe
vous aider

--clump2fasta
vous aider

--clumpfasta
vous aider

--clumpout
vous aider

--grappe
vous aider

--informations sur le compilateur
Écrivez des informations sur les types de compilateur et #defines dans stdout.

--computekl
vous aider

--db
vous aider

--dbstep
vous aider

--[non]denovo
vous aider

--derep
vous aider

--diffchar
vous aider

--dn
vous aider

--doug
vous aider

--droppct
vous aider

--évaluer
vous aider

--evalue_g
vous aider

--exact
vous aider

--[non]alignement rapide
vous aider

--fastapaires
vous aider

--fastq2fasta
vous aider

--findorfs
vous aider

--[non]flushuc
vous aider

--Cadre
vous aider

--fspénalité
vous aider

--gapext
vous aider

--gapopen
vous aider

--getseqs
vous aider

--mondial
vous aider

--hacher vous aider

--hashsize
vous aider

--Aidez-moi Affichez les options de la ligne de commande.

--location
vous aider

--hspalpha
vous aider

--identifiant
vous aider

--idchar
vous aider

--iddef
vous aider

--préfixe d'identifiant
vous aider

--identifiants
vous aider

--idsmoothwindow
vous aider

--idsuffixe
vous aider

--indexstats
vous aider

--saisir
vous aider

--[non]sortir
vous aider

--k
vous aider

--ka_dbsize
vous aider

--ka_gapping_k
vous aider

--ka_gapped_lambda
vous aider

--ka_ungapped_k
vous aider

--ka_ungapped_lambda
vous aider

--[non]label_ab
vous aider

--Étiquettes
vous aider

--[no]juste à gauche
vous aider

--lext
vous aider

--locale
vous aider

--Journal
Nom du fichier journal.

--[no]log_hothits
vous aider

--[non]log_query
vous aider

--[no]logmemggrows
vous aider

--logopts
Options de journal.

--[no]logwordstats
vous aider

--ouvrir
vous aider

--makeindex
vous aider

--rencontre
vous aider

--matrice
vous aider

--max2
vous aider

--maxaccepte
vous aider

--maxclump
vous aider

--maxlen
vous aider

--maxovd
vous aider

--maxp
vous aider

--maxpoly
vous aider

--maxqgap
vous aider

--maxrejects
vous aider

--maxspan1
vous aider

--maxspan2
vous aider

--maxcibles
vous aider

--maxtgap
vous aider

--mcc
vous aider

--mergeclumps
vous aider

--tri par fusion
vous aider

--minchunk
vous aider

--mincodons
vous aider

--mindiffs
vous aider

--esprit
vous aider

--minh
vous aider

--minhsp
vous aider

--minlen
vous aider

--minorfcov
vous aider

--minspanratio1
vous aider

--minspanratio2
vous aider

--[no]moins_frames
vous aider

--décalage
vous aider

--mkctest
vous aider

--[non]nb
vous aider

--optimale
vous aider

--orfstyle
vous aider

--otusort
vous aider

--output
vous aider

--[no]output_rejects
vous aider

--probmx
vous aider

--mettre en doute
vous aider

--queryfract
vous aider

--querylène
vous aider

--silencieux
Désactivez les messages de progression.

--graine
vous aider

--réaligner
vous aider

--[pas]rév
vous aider

--[non]juste
vous aider

--rowlen
vous aider

--secs
vous aider

--des graines
vous aider

--graines
vous aider

--seedt1
vous aider

--seedt2
vous aider

--soi vous aider

--[non]égoïste
vous aider

--simcl
vous aider

--[no]sauts
vous aider

--[no]ignorer les lacunes2
vous aider

--sorte
vous aider

--sortuc
vous aider

--sparsediste
vous aider

--sparsedistparams
vous aider

--diviser
vous aider

--[non]sort
vous aider

--spénalité
vous aider

--[non]stable_sort
vous aider

--staralign
vous aider

--mots-étapes
vous aider

--brin
vous aider

--targetfract
vous aider

--cible
vous aider

--tmpdir
vous aider

--[pas] de trace
vous aider

--trace
vous aider

--[no]tronclabels
vous aider

--[pas]deux coups
vous aider

--uc
vous aider

--uc2clstr
vous aider

--uc2fasta
vous aider

--uc2fastax
vous aider

--uchime
vous aider

--uchimealns
vous aider

--uchimeout
vous aider

--[non]ucl
vous aider

--uhir
vous aider

--non relié
vous aider

--champs utilisateur
vous aider

--userout
vous aider

--usersort
vous aider

--uslien
vous aider

--[no]ussort
vous aider

--utax
vous aider

--[non] verbeux
vous aider

--version
Afficher la version et quitter.

--w
vous aider

--weak_evalue
vous aider

--id_faible
vous aider

--[no]wordcountreject
vous aider

--[pas] poids des mots
vous aider

--xa
vous aider

--xdrop_g
vous aider

--xdrop_nw
vous aider

--xdrop_u
vous aider

--xdrop_ug
vous aider

--xframe
vous aider

--xlat vous aider

--xn
vous aider

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