Il s'agit de la commande vcf_filter qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks à l'aide de l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
vcf_filter - Filtre un fichier VCF
SYNOPSIS
vcf_filtre [-h] [--no-short-circuit] [--no-filtered] [--output OUTPUT] [--local-script
LOCAL_SCRIPT] filtre d'entrée [filter_args] [filter [filter_args]] ...
DESCRIPTION
Ce script fait partie de PyVCF.
OPTIONS
positionnel arguments:
fichier d'entrée à traiter (utiliser - pour STDIN) (par défaut : aucun)
facultatif arguments:
-h, --Aidez-moi
Affichez ce message d'aide et quittez. (par défaut : Faux)
--pas de court-circuit
Ne pas arrêter le traitement du filtre sur un site si un filtre est déclenché (par défaut : False)
--output SORTIE
Nom du fichier à afficher [STDOUT] (par défaut : <_io.TextIOWrapper name=' 'mode='w'
encodage='ANSI_X3.4-1968'>)
--non-filtré
Afficher uniquement les sites passant les filtres (par défaut : False)
--script-local SCRIPT_LOCAL
Fichier Python dans le répertoire de travail actuel avec les classes de filtre (par défaut : aucun)
mgq :
Filtre les sites avec uniquement des variantes de faible qualité. Il est possible d'avoir un emplacement élevé
qualité avec de nombreux appels de mauvaise qualité. Ce filtre exige qu'au moins un appel soit au-dessus
une qualité seuil.
--génotype-qualité GÉNOTYPE_QUALITÉ
Filtrer les sites sans génotypes au-dessus de cette qualité (par défaut : 50)
snp uniquement :
Choisissez uniquement les variantes SNP
dps :
Seuil de profondeur de lecture par échantillon
--profondeur-par-échantillon DEPTH_PER_SAMPLE
Couverture minimale requise dans chaque échantillon (par défaut : 5)
moy-dps :
Seuil de profondeur de lecture moyenne par échantillon (read_depth / sample_count)
--moyenne-profondeur-par-échantillon AVG_DEPTH_PER_SAMPLE
Couverture moyenne minimale requise par échantillon (par défaut : 3)
eb:
Filtrez les sites qui ressemblent à des erreurs de séquençage corrélées. Certains séquençage
les technologies, notamment le pyroséquençage, produisent des points chauds de mutation où il y a un
niveau de bruit constant, produisant des appels de référence et des appels hétérozygotes. Cette
le filtre calcule un facteur de Bayes pour chaque site en comparant la vraisemblance binomiale
des profondeurs alléliques observées sous : * Un modèle avec une erreur constante égale à la
MAF. * Un modèle où chaque échantillon est la ploïdie rapportée par l'appelant. Le test
valeur est le log du facteur bayes. Des valeurs plus élevées sont plus susceptibles d'être des erreurs.
Remarque : ce filtre nécessite rpy2
--eblr EBLR
Filtrer les sites au-dessus de ce rapport de cotes du journal des erreurs (par défaut : - 10)
m² :
Filtrer les sites de faible qualité
--qualité-site SITE_QUALITÉ
Filtrer les sites en dessous de cette qualité (par défaut : 30)
Utilisez vcf_filter en ligne à l'aide des services onworks.net
