Il s'agit de la commande viewmol qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
viewmol - une interface graphique pour les programmes de chimie computationnelle
SYNOPSIS
vuemol
DESCRIPTION
vuemol est une interface graphique pour les programmes de chimie computationnelle. Il est capable de
aider graphiquement à la génération de structures moléculaires pour les calculs et à
visualiser leurs résultats. Les capacités du programme comprennent :
· Construction et édition de molécules
· Visualisation de la géométrie d'une molécule
· Traçage d'une optimisation géométrique ou d'une trajectoire MD
· Animation des vibrations normales ou pour les montrer sous forme de flèches
· Dessin des spectres de diffusion IR, Raman et inélastique des neutrons
· Dessin d'un diagramme de niveau d'énergie ou de densité d'états MO
· Dessin des fonctions de base, des orbitales moléculaires et des densités électroniques
· Affichage des forces agissant sur chaque atome dans une certaine configuration
· Affichage des plans de Miller en cristaux
· Calcul des propriétés thermodynamiques des molécules et réactions
· Dessins générés par vuemol peut être enregistré sous forme de fichiers TIFF, HPGL ou PostScript
· Les animations des modes normaux peuvent être converties en un fichier vidéo (MPEG), par exemple pour l'inclusion
dans des documents World Wide Web (nécessite des programmes supplémentaires disponibles sur Internet)
· Interface avec le programme gratuit de lancer de rayons RAYONNAGE (génération de fichiers d'entrée et utilisation de
RAYONNAGE de l'Intérieur vuemol)
· Entrée et sortie dans une variété de formats, de nouveaux formats peuvent être ajoutés facilement par l'utilisateur
vuemol inclut un interpréteur Python pour l'automatisation.
Maintenant vuemol inclut des filtres d'entrée pour DÉCOUVRIR, Démolir, GAMESS, GAUSSE 9X, GULP,
MOPACet TURBOMOLE sorties ainsi que pour les fichiers PDB (vuemol est donc adapté comme un
visionneuse de données structurelles sur le World Wide Web). Les structures peuvent être enregistrées en tant que MSI car-
fichiers, fichiers MDL et TURBOMOLE fichiers de coordonnées. vuemolle format de fichier de a été ajouté à
Babel de sorte que Babel peut servir d'entrée ainsi qu'un filtre de sortie pour les coordonnées.
vuemol prend en charge une boule spatiale comme périphérique d'entrée.
Les programmes d'assistance pour la conversion vers et depuis les différents types de fichiers de coordonnées peuvent
potentiellement être utiles en tant qu'utilitaires autonomes. Ils sont répartis entre /usr/share/viewmol
(scripts) et /usr/lib/viewmol (binaires C), mais la documentation individuelle pour eux n'est pas
disponible.
Utilisez viewmol en ligne en utilisant les services onworks.net
