Il s'agit de l'application Linux nommée CNVision à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom CNVision.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée CNVision pour une exécution gratuite sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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CNVision fonctionnera sous Linux en ligne
DESCRIPTION
CNVision est un script Perl qui exécute les données de génotypage Illumina (toutes les puces de 300k au dernier Omni) via PennCNV, QuantiSNPv2.3 et GNOSIS (un algorithme intégré). Il fusionne les résultats et évalue la qualité des données brutes. CNVision peut également identifier les CNV de novo dans les données familiales à l'aide d'un algorithme très précis qui considère la possibilité de CNV chez l'un ou l'autre des parents sur la base des données de génotypage brutes.Le script est optimisé pour fonctionner dans un environnement UNIX ; cela devrait fonctionner sous Windows, mais l'exécution du composant PennCNV génère des erreurs avec les versions les plus récentes de PennCNV.
CNVision a été écrit pour analyser les données de la Simons Simplex Collection (SSC) sur l'autisme. Une description complète des méthodes est donnée dans l'article suivant qui peut être utilisé pour référencer CNVision :
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21658581
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Console/Terminal
Langage de programmation
Perl
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/cnvision/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
