Il s'agit de l'application Linux nommée datasw à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom datasw-mac.zip. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée datasw pour une exécution gratuite sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
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datasw à exécuter sous Linux en ligne
DESCRIPTION
La diffusion des rayons X aux petits angles (SAXS) en solution est une méthode courante à basse résolution qui peut compléter efficacement les informations à haute résolution obtenues par cristallographie ou RMN. La monodispersité de l'échantillon est la clé d'une interprétation fiable des données SAXS et de la construction de modèles. Les configurations de lignes de lumière avec chromatographie liquide haute performance (HPLC) en ligne sont particulièrement utiles pour le profilage précis d'échantillons hétérogènes. Le programme DATASW effectue la moyenne des trames de données individuelles de l'expérience HPLC-SAXS à l'aide d'une fenêtre glissante d'une taille spécifiée par l'utilisateur, calcule les paramètres globaux (I(0), Rg, Dmax et MW) et prédit l'état de pliage (plié/déplié) de l'échantillon. Les applications de DATASW sont illustrées pour plusieurs protéines avec divers comportements d'oligomérisation enregistrés sur différentes lignes de lumière.Si vous utilisez DATASW dans votre travail, veuillez citer :
Shkumatov AV & Strelkov SV (2015) Acta Cryst. D71, 1347-1350
Fonctionnalités:
- soustraction tampon
- moyenne d'images à l'aide d'une fenêtre glissante de taille spécifiée par l'utilisateur
- calcul de Rg, I0, Dmax soit par approximation de Guinier soit par transformée de Fourier indirecte
- estimation du poids moléculaire en utilisant le volume de Porod, le volume de corrélation et SAXS MoW
- détection de pic(s)
- tracer les résultats de manière interactive avec les limites des différents axes
- graphique de Kratky sans dimension pour l'échantillon et deux protéines de référence (BSA et hTau40wt déplié)
- moyenne interactive des trames de données et normalisation du tracé de Kratky sans dimension
Audience
Science/Recherche, Éducation
Interface utilisateur
Ligne de commande
Langage de programmation
Perl
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/datasw/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
