Il s'agit de l'application Linux nommée kSNP à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom kSNP3.1_Linux_package.zip. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée kSNP pour une exécution gratuite sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
kSNP pour fonctionner sous Linux en ligne
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DESCRIPTION
kSNP identifie les SNP pangénomiques dans un ensemble de séquences génomiques et estime les arbres phylogénétiques sur la base de ces SNP. La découverte de SNP est basée sur l'analyse k-mer et ne nécessite aucun alignement de séquences multiples ou la sélection d'un génome de référence, donc kSNP peut prendre des centaines de génomes microbiens en entrée. Un locus SNP est défini par un oligo de longueur k entourant un allèle SNP central. kSNP peut analyser à la fois des génomes complets (finis) et des génomes inachevés dans des contigs assemblés ou des lectures brutes non assemblées. Les génomes finis et inachevés peuvent être analysés ensemble, et kSNP peut télécharger automatiquement les fichiers Genbank des génomes finis et incorporer les informations de ces fichiers dans l'annotation SNP.Gardner, SN et Hall, BG 2013. Quand les alignements de génomes entiers ne fonctionnent tout simplement pas : logiciel kSNP v2 pour la découverte de SNP sans alignement et la phylogénétique de centaines de génomes microbiens. PLoS ONE, 8(12):e81760.doi:10.1371/journal.pone.0081760
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/ksnp/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
