Il s'agit de l'application Linux locusvu, utilisable en ligne sous Linux. Sa dernière version est téléchargeable sous le nom LocusVu.tar.gz. Elle est également disponible en ligne sur l'hébergeur gratuit OnWorks pour postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée locusvu pour l'exécuter sous Linux en ligne avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
Ad
locusvu s'exécutera sous Linux en ligne
DESCRIPTION
LocusVu est un nouvel outil logiciel basé sur Java qui accepte une liste de loci génomiques (positions sur le chromosome) en entrée et automatise la récupération des informations associées (bande cytogénétique, nom du gène, données OMIM, etc.) à partir de bases de données publiques telles que le navigateur de génome UCSC base de données. Il permet ensuite plusieurs workflows sur les résultats récupérés, comme la comparaison de plusieurs ensembles de données (génomique comparative), la visualisation des gènes voisins pour un loci depuis l'outil lui-même, ou la représentation graphique de ces résultats dans des graphiques à barres/camemberts. LocusVu dispose d'une interface graphique simple et facile à utiliser sur le front-end qui permet une interaction intuitive de l'utilisateur avec la logique sous-jacente.L'outil peut être facilement étendu pour ajouter le support d'autres bases de données (par exemple Ensembl) ou pour récupérer des informations
à partir d'autres tables de la base de données. Ainsi, LocusVu fournit un cadre de base qui peut être utilisé par les utilisateurs et les développeurs pour simplifier les flux de travail existants et en créer de nouveaux pour prendre en charge l'analyse des données en génomique.
Fonctionnement
- Automatise la récupération des données à partir des bases de données (actuellement base de données du navigateur génomique UCSC)
- Active les workflows sur les résultats récupérés comme ..
- ..comparer plusieurs jeux de données (génomique comparative)
- ..voir les gènes voisins pour un locus (depuis l'outil lui-même)
- ..représenter graphiquement les résultats (barres / camemberts)
- GUI facile à utiliser sur le frontend pour une utilisation intuitive
- Journalisation avec Log4j pour un débogage facile
- Facilement extensible
Audience
Science/Recherche, Développeurs
Interface utilisateur
Balançoire Java
Langage de programmation
Java
Environnement de base de données
MySQL
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/locusvu/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
