Il s'agit de l'application Linux lr2rmats, utilisable en ligne sous Linux. Sa dernière version est téléchargeable sous le nom lr2rmats-v0.1-alpha.tar.gz. Elle peut être exécutée en ligne sur l'hébergeur gratuit OnWorks pour postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée lr2rmats pour l'exécuter sous Linux en ligne avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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lr2rmats pour fonctionner sous Linux en ligne
DESCRIPTION
lr2rmats est un pipeline léger basé sur Snakemake qui est conçu pour utiliser à la fois les données RNA-seq à lecture longue de troisième génération et à lecture courte de deuxième génération pour générer un fichier d'annotation de gènes amélioré. Le fichier d'annotation nouvellement généré pourrait être fourni à rMATS pour une analyse différentielle d'épissage alternatif.Plus d'informations peuvent être trouvées à https://sourceforge.net/p/lr2rmats/wiki/Home/
Comment ça marche
- Longue lecture
- ARN-séq
- Épissage alternatif
- Biosciences du Pacifique
- Technologies d'Oxford Nanopore
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Ligne de commande
Langage de programmation
Shell Unix, Python, C
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/lr2rmats/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
