Il s'agit de l'application Linux nommée MethyMer dont la dernière version peut être téléchargée sous MethyMer.plus.DB.v.1.1.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée MethyMer avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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MéthyMer
DESCRIPTION
MethyMer est un outil basé sur Python visant à sélectionner des amorces spécifiques pour l'amplification d'îlots CpG complets. Ces régions sont difficiles en termes de sélection d'amorces appropriées en raison de leur faible complexité, de leur richesse en polyN, en CG, etc.
MethyMer dispose d'un système de notation flexible capable de sélectionner des amorces dans des régions problématiques (par exemple, les îles SpG) et comprend un test de spécificité (basé sur l'alignement en nœud papillon contre le génome traité au bisulfite).
Il intègre également les données de méthylation TCGA CpG (microarrays) et d'expression génique (RNA-Seq), ainsi que les résultats d'analyse de corrélation méthylation-expression pour 20 types de cancers humains.
Les données d'annotation des régions du génome ENCODE sont également intégrées dans MethyMer
Fonctionnement
- choisir des combinaisons de paires d'amorces capables d'amplifier un îlot CpG complet ou d'autres régions génomiques cibles ;
- système de notation flexible et modifiable
- test de spécificité
- données de méthylation CpG intégrées (puces Illumina Infinium Human Methylation 450K) pour 20 types de tumeurs, dérivées du TCGA
- données d'étude d'associations de méthylation TCGA RNA-Seq – CpG intégrées
- visualisation : tracé du contenu CG, tracé des scores, tracé de la spécificité des amorces, annotation du génome ENCODE, données TCGA
Interface utilisateur
Console/Terminal
Langage de programmation
Python
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/methymer/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
