Il s'agit de l'application Linux nommée ParamIT à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous ParamITPack-1.0.tar.bz2. Il peut être exécuté en ligne chez le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée ParamIT pour fonctionner gratuitement sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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ParamIT pour fonctionner sous Linux en ligne
DESCRIPTION
ParamIT est une boîte à outils aidant au développement de la paramétrisation du champ de force mécanique moléculaire de petites molécules de type traînée dans le protocole CHARMM de champ de force général (CGenFF). La boîte à outils développée aide les chercheurs des manières suivantes : 1) automatiser la création de plusieurs fichiers d'entrée pour les programmes de mécanique quantique et moléculaire, 2) automatiser l'analyse de sortie et 3) remplacer l'utilisation de programmes MM complets par un programme spécialisé plus rapide. Les outils développés comprennent : 1) un générateur de complexes molécule-eau avec une interface utilisateur graphique (GUI), 2) une analyse de fréquence semi-automatique à l'aide d'une matrice de distribution d'énergie potentielle symbolique et une comparaison de coordonnées internes optimisées, 3) une interface graphique pour l'ajustement de la charge avec trois modes : manuel, échantillonnage Monte-Carlo ou force brute, et 4) GUI pour l'ajustement des termes dièdres. L'utilisation de ces outils diminue l'effort de main-d'œuvre, réduit les erreurs de saisie manuelle et réduit le temps nécessaire pour des efforts de paramétrage MM précis.Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Ligne de commande, Tk
Langage de programmation
C, Python
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/paramit/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
