Il s'agit de l'application Linux nommée Pontos à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom Pontos-3.0.jar. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée Pontos pour une exécution gratuite sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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Pontos pour fonctionner sous Linux en ligne
DESCRIPTION
Pontos est un programme Java graphique facile à utiliser pour le calcul de matrices de distance (ou de similarité) non corrigées à partir d'alignements de séquences d'ADN au format PHYLIP. Il crée également des alignements de « différence » par rapport aux alignements réguliers (et vice-versa).Il peut gérer les lacunes et les ambiguïtés de différentes manières.
Les écarts peuvent être :
- tous utilisés ;
- tous ignorés ;
- ignoré uniquement aux extrémités des séquences, par paires ;
- ignoré uniquement aux extrémités, mais maintenant globalement (en fait, rognage de tout l'alignement aux séquences les plus éloignées des extrémités).
Les ambiguïtés (des choses comme R, Y, N, W, etc. dans une séquence d'ADN) peuvent être traitées comme :
- considérer les ambiguïtés comme toujours différentes ;
- considérer l'ambiguïté comme partiellement différente (par exemple, R serait 0.5 différent de A ou G) ;
- ignorer les ambiguïtés dans chaque comparaison par paires ;
- supprimer toutes les colonnes, globalement, qui montrent une ambiguïté.
Pontos a été écrit sous Linux, mais devrait fonctionner sur n'importe quel système sur lequel Java fonctionne. Pontos est sous licence GPL version 3.
Audience
Science/Recherche, Utilisateurs finaux/De bureau
Interface utilisateur
Balançoire Java
Langage de programmation
Java
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/pontos/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.