Il s'agit de l'application Linux RGAAT, utilisable en ligne sous Linux. Sa dernière version est téléchargeable sous le nom RGAAT.tar.gz. Elle est également disponible en ligne sur l'hébergeur gratuit OnWorks pour postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée RGAAT pour l'exécuter sous Linux en ligne avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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RGAAT fonctionnera en ligne sous Linux
DESCRIPTION
Ce programme peut assembler et/ou annoter le génome pour un nouveau génome et une mise à niveau du génome connu à l'aide d'un fichier d'alignement de séquences (format SAM ou BAM), d'un fichier de variante de séquence (format VCF ou tableau à cinq colonnes (délimité par des tabulations, y compris le chromosome, la position, l'identifiant, la référence) allèle et allèle alternatif)) ou un nouveau fichier de séquence du génome (format FASTA) basé sur le fichier de séquence du génome de référence (format FASTA) et le fichier d'annotation (format TBL, GTF, GFF, GFF3 ou BED).Comment ça marche
- identification des variations de séquence
- construction de la séquence consensus du génome
- modification du génome
- comparaison du génome
- annotation du génome
- construction de la conversion des coordonnées du génome entre différentes versions d'assemblage du génome
Audience
Science / Recherche
Langage de programmation
Perl
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/rgaat/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
