Il s'agit de l'application Linux nommée SSC dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom SSC0.1.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée SSC avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
SSC
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DESCRIPTION
SSC est un outil permettant de prédire l'efficacité des ARNsg à partir de séquences d'espacement. Il prend en charge les applications d'optimisation des bibliothèques d'ARNsg dans les écrans d'inhibition/activation CRISPR/Cas9 ou CRISPR/dCas9.Fonctionnalités:
- Extraction des séquences d'espacement candidates du fichier .fasta
- Prédisez l'efficacité du sgRNA à partir des séquences d'espacement, pour la conception de la bibliothèque dans le knock-out CRISPR/Cas9 et l'inhibition ou l'activation de CRISPR/dCas9.
- fournir des matrices prenant en charge : des espaceurs de 19-20 bps dans le knock-out CRISPR/Cas9, optimisés pour le génome humain et murin.
- fournir des matrices prenant en charge : des espaceurs de 19-21 bps dans CRISPR/dCas9, optimisés pour le génome humain.
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/spacerscoringcrispr/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.