Il s'agit de l'application Linux nommée VCF Explorer à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom VCFExplorer.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée VCF Explorer pour une exécution gratuite sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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VCF Explorer pour fonctionner sous Linux en ligne
DESCRIPTION
La baisse des coûts des technologies à haut débit a conduit à un certain nombre de projets de séquençage comprenant des milliers de génomes entiers. Le changement de paradigme de l'exome au génome entier entraîne une augmentation significative de la taille des fichiers de sortie. La plupart des outils existants qui sont développés pour analyser les fichiers d'exome ne sont pas adaptés aux gros fichiers VCF produits par les études du génome entier. Dans ce travail, nous présentons VCF-Explorer, un logiciel d'analyse de variantes capable de gérer des fichiers volumineux. La gestion efficace de la mémoire du programme et l'élimination de l'étape d'analyse préliminaire permettent d'effectuer l'analyse sur des ordinateurs ordinaires. VCF-Explorer présente un environnement facile à utiliser où différents types de requêtes pour l'annotation et les échantillons peuvent être définis. VCF-Explorer peut être exécuté dans différents environnements et plates-formes de calcul allant d'un ordinateur portable standard à un serveur avancé.Features
- Un environnement simple d'utilisation
- Gestion efficace de la mémoire
- Traitement de fichiers VCF de grande taille (génome entier)
- Utilisable sur un ordinateur personnel ayant des ressources de calcul limitées
Interface utilisateur
Qt
Langage de programmation
C++, C
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/vcfexplorer/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
